七月，威虜將軍馮峻攻下江州，俘虜了田戎。九月，吳漢在廣都大敗公孫述的將領謝豐，殺了他。輔威將軍臧宮攻下涪城，殺了公孫恢，大司空李通被罷免了。十一月，吳漢、藏宮與公孫述在成都大戰，大敗了他。公孫述受了重傷，晚上就死了。不久，吳漢攻下成都，並且屠城了，誅殺了公孫述和延岑的九族。十二月，揚武將軍馬成被任命為大司空。這一年，九真外的蠻夷張遊率領部族歸順，被封為歸漢里君。撤銷了金城郡，把它的土地併到隴西。參狼羌人侵擾武都，隴西太守馬援攻打併招降了他們。下詔讓邊軍的官兵如果沒有能力出戰就守城，追擊敵軍的時候看敵軍的進退決定我軍的進退，不用，害怕不敢前進的法律來約束將領。橫野大將軍王常去死了。派驃騎大將軍杜茂率領各個郡裡受過刑罰的罪犯去屯守北邊，築起瞭望遠方的哨所，修建烽火臺。
十三年正月，大司空侯霸死了。二月，派捕虜將軍馬武駐紮在滹沱河來防守匈奴。盧芳從五原逃往匈奴。封了宗室子弟一百三十七個人為諸侯。三月，任命沛郡太守韓歆為大司徒。之後又罷免了大司空馬成。四月，大司馬吳漢從蜀地回到京城，於是舉辦盛大宴會來犒勞眾將士。頒佈有功勞的人的名字並把他們記錄在冊子上。。增封的功臣人數有三百六十五個。其中因為是外戚而分封的有四十五個人。撤銷左右將軍官。罷免建威大將軍耿弇。益州官員把公孫述的樂師、樂器等東西都送來京城，於是各種皇家儀仗都完備了。這時天下已經沒有什麼戰爭了，通過文書調用勞役，儘量做到簡省，於是調發勞役的文書是過去的十分之一。任命冀州刺史竇融為大司空。五月，匈奴侵擾河東。七月，廣漢邊境以外白馬羌人的頭領率領族人歸順漢朝。九月，日南邊境外的蠻夷貢獻白雞、白兔。十二月，下詔讓益州人民在建武八年以後被捉去做奴隸的人都變為平民。或者依靠別人而做了別人的妻妾的人，如果想要離開，都聽任他們。敢拘留要離開的人，就按照掠奪人口的刑法定罪。又設置了金城郡。
十四年正月，修造南宮前殿。匈奴派使者貢獻，光武帝派中郎將前去還禮。四月，封孔子後代孔志為褒成侯。越巂人任貴自稱太守，派使者送上戶籍賬簿。九月，平城人賈丹殺了盧芳的將領尹由來投降。這一年，會稽發生大的瘟疫。莎車國、鄯善國派使者來貢獻。十二月，下詔讓益州、涼州人民在建武八年以後被捉去做奴隸的人都變為平民。賣身的人不用還錢給主人。 十五年正月，大司徒韓歆被罷免，自殺了。任命汝南太守歐陽歙為大司徒。建義大將軍朱祐去世。二月，把雁門、代郡、上谷的官民遷移到常山關、居庸關東邊的地方去。開始時，巴蜀已經平定了，大司馬吳漢上書請求封立皇子，光武帝不同意。於是接連上了幾年的奏章。三月，光武帝把吳漢的話告訴群臣，讓他們討論。大司空竇融等人都認為分封諸皇子好。於是光武帝才同意。四月，光武帝祭祀宗廟，讓竇融稟告祖宗，大封各位皇子。追諡劉伯升為齊武公、劉仲為魯哀公。
六月，又設置了屯騎、長水、射聲三校尉官；改青巾左校尉為越騎校尉。下詔讓州郡核實開墾土地的數目和戶口人數年齡等信息，還要考察郡守的屬官中貪贓枉法的人。 十一月，大司徒歐陽歙犯罪入獄死了。十二月，任命關內侯戴涉為大司徒。盧芳從匈奴地盤進入高柳居住。這年，驃騎大將軍杜茂被罷免、虎牙大將軍蓋延去世了。 十六年二月，交趾女首領徵側反叛，侵佔了幾座城池。三月，有日食發生。九月，河南尹張伋和各郡的郡守十多人因為核實田地數據不屬實被關進監獄死了。 郡國的大族和軍吏、盜賊狼狽為奸、攻擊他們所在的州縣，殺害長官。郡縣發兵討伐他們，他們就解散；軍隊一走，他們有集結起來作亂。青州、徐州、幽州、冀州這四個周尤其嚴重。十月，派使者到各地郡國去傳令：讓盜賊可以相互揭發來贖罪，沒五個人殺了一個人就赦免他們的罪過。官吏有推延、迴避甚至包庇盜賊的都不予追究。牧守放任盜賊而不收捕或者害怕而棄城逃跑的人都不怪罪他們。憑著官吏獲得的賊寇數目來獎勵他們。只有私藏盜賊的人才怪罪他。於是盜賊們爭相追捕自己人，盜賊於是紛紛解散。把他們的首領遷徙到其他郡，給他們田地，讓他們自力更生。從此之後放牧的牛馬不需要人來看守、城門也不用關閉。盧芳派人來乞求投降。十二月，封盧芳為代王。
開始時，王莽作亂之後，廢除五銖錢，貨幣使用的有布、帛、金、粟等。這年，開始發行五銖錢。 十七年正月，趙公劉良去世。二月，又發生日食。四月，光武帝向南巡視。五月，回宮。六月，臨淮公劉衡死了。七月，妖道李廣等人造反佔據皖城，派虎賁中郎將馬援、驃騎將軍段志討伐他們。九月，攻下皖城，殺了李廣等人。十月，廢光後郭氏為中山太后，冊立貴人陰氏為皇后。（光武帝當初為了爭取郭皇后母家的支持，才讓郭皇后做正妻，現在天下平定，就廢除郭後，立自己喜歡的陰氏為後。當初劉秀尚未發跡時，說過一句話，“仕宦當作執金吾，娶妻當得陰麗華。”後來都實現了，實在引人佩服。）升右翊公劉輔為中山王，食邑為常山郡。其餘得九位劉秀兒子都從國公升到王。
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