莫臥爾王朝第三代帝王是阿克巴。他即位時的處境與清朝的康熙帝相似。當時他只有十四歲政權完全操縱在首相手裡。首相自恃有功，驕橫跋扈，濫殺異己，甚至將阿克巴的好友一個個處死，還陰謀算奪王位。
但阿克巴剛滿十八歲時便奪回了大權，親自主持朝政。阿克巴執政以後，貴族、教派叛亂頻繁，王位很不穩固。
於是阿克巴親自率領大軍鎮壓了各地叛亂。他將二千多人的頭蓋骨築成一座可怕的骨塔，以此來警告叛亂者。
隨後，他又對內部事務進行整頓。他首先下令重新丈量田地，嚴格分別等級徵稅，不得任意增減，還責令取消人頭稅以及田賦附加稅，以減輕農民負擔遇到嚴重天災，一律免繳田賦，此外對農業生產和水利也採取了一些有效措施。
印度從公元四世紀笈多王朝時就形成 一種愚昧、殘忍的風俗：丈夫死了，妻子常常要跳入火堆為丈夫殉葬，阿克巴對這個相傳一千多年的惡習十分痛恨。他委派幾位督察專員到各地去辨明誰是真心自願殉葬的寡婦，以便保護那些不肯為此斷送性命的婦女。
有一天，阿克巴正在富中舉行盛大宴飲。突然得到消息說孟加拉已故總督的寡婦要跳火殉葬了。
阿克巴放下酒杯，騎上快馬匆匆趕往孟加拉總督府。他知道，總督夫人是一位聰明能幹的年輕女子，她決不會自願跳進火堆的。
阿克巴走近哭泣著準備跳入熊熊火堆的總督夫人，詢問她這樣做，是否自願。那個絕望的女人痛哭著告訴皇帝，是夫家不願意讓她分享她丈夫的遺產才逼她殉葬的。
阿克巴聽後，當場下令：“今後任何人不得逼迫寡婦殉葬，違者嚴懲。”
孟加拉已故總督的寡婦得救了但這種殉葬的殘酷行為仍無法完全禁止。直到二百五十年以後，印度才有停止跳火殉夫的法令。可是在當今印度社會，強迫寡婦殉葬的事件仍時有發生。
莫臥兒帝國是一個伊斯蘭教國家，而印度占主導地位宗教的是印度數，因此宗教鬥爭和教派起義十分頻繁。阿克巴為了協調印度教和伊斯蘭教之間的關係，宣佈信教自由、教派平等。他特別挑選了一些印度教人士做高級官員，又娶了信奉印度教的貴族女兒為王后。1581年，他又創立了一個沒有上帝、沒有先知、沒有教條的“聖教”。聖教徒把阿克巴當上帝看待，彼此遇見時總要呼阿克巴的名字。這種“聖教”既無廟宇，又不祈禱，只是要求在平時愛護動物生命，儘可能舍施、賑濟或做些好事。阿克巴創立的“聖教”有一個特點，就是並不強迫人們都相信聖教”。因此，印度教徒改信“聖教”的人並不多，伊斯蘭教徒反對“聖教”的也不少。阿克巴對此並不介意。這些措施，緩和了印度人民反伊斯蘭教的情緒，宗教起義也得到了平息。
阿克巴與同樣英明神武的康熙帝不同，康熙帝是個飽學皇帝，對各種學問都有廣泛涉獵，而阿克巴卻是目不識丁的個文盲。但阿克巴有一套獲取知識和信息的獨特辦法。他幾乎每天都要求臣子將各種書籍讀給他聽。他讀書的人按所讀頁數得到報酬。他有很強的記憶力，聽讀以後便能記住，並經常以淵博的知識同一些有學問的人討論文學、哲學、宗教等方面的問題。他供養了一百多位畫家，其中主要是印度教徒。中每月開繪畫展覽三、四次，他對每一幅畫都要加以評論並分別賞賜。
阿克巴還供養了許多音樂家，每天輪流聽取印度、波斯中亞、克什米爾等地的音樂。他自已也能作曲，還命令將梵文樂譜譯成波斯文，再用波斯文演唱。許多印度教的官史學習了波斯文，同時許多伊斯蘭教官吏也能寫出印度文詩歐，這樣就促進了波斯文化與印度文化的交流。
由於阿克巴善於理財和用人，加上在政治上主張民族、宗教平等，這樣就緩和了國內矛盾，使百姓過著較為安定的生活。
在軍事上，從一五六O年起，阿克巴用了十五年時間統一了北印度，又用了十六年時間把版圖擴大到遙遠的西北地方最後，又用三年的時間，平定了南方的幾個王國，從而建立起一個強大的莫臥兒王朝。
1605年10月，阿克巴去世，由傑漢基、沙傑罕和奧蘭則布等人相繼為王，這時仍然是莫臥兒王朝最強盛的時期。
奧蘭則布去世後，子孫們爭奪王位，經常發生內戰。這種混亂局面給入侵者帶來可乘之機。1764年英國人闖了進來，征服了印度，成為印度半島的統治者。從此，莫臥兒王國淪為英國的殖民地。
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