康熙十四年( 1675年)初,耿精忠與鄭經互相通使，協同對清軍作戰。十一月,鄭經出兵攻陷漳州，斬殺清朝澄海公黃芳度，又取興化、汀州。十二月，鄭經水軍進攻溫州，清水師提督常進功等自定海出海抵禦。康熙十五年(1676)三月，傑書遣傅喇塔等進軍溫州。耿精忠部將曾養性等率兵迎戰，被清軍擊敗。六月,耿精忠部耿繼善棄建昌城逃走。八月，傑書派都統賴塔等攻衢州，耿部馬九玉敗逃。九月,清傑書部傅喇塔、李之芳等追擊馬九玉,進人仙霞關，耿部金應虎投降。十月，傑書部抵達延平。耿精忠見大勢已去，誠惶誠恐，只好派兒子耿顯祚去清營請降。這樣的話，耿精忠的勢利也算全部報銷了，清軍的壓力瞬間小了很多，不僅僅如此，耿精忠還被說服參加清廷的部隊，跟著清廷一起去打叛軍，這就很難受了，第一個捱揍的就是鄭經，鄭經也是很堅強的一個人，身邊的人都投降了，只有他這一隻寧死不降，結果可想而知，很壯烈的慘敗，屢敗屢戰屢戰屢敗，一度打的自閉。
隨後，孔四貞到北京也向清廷請降。駐守柳州的馬雄，降清後不久，再度起兵反叛,但很快失敗。馬雄病死,其子馬承蔭降清。這樣,廣西的反清叛亂也被平定下去。康諭詔次第十五年(1676年)春，吳三桂自湖南出兵，攻打廣東肇慶。吳三桂授尚之信為招討大將軍、輔德親王。但吳三桂要求廣大派兵卻遭到尚之信的拒絕，吳、尚間矛盾日深。此時，清軍在福建、廣西連本獲勝，尚之信便又突然背叛吳軍，暗中派人向移駐南昌的清簡親王喇布行告請降。同時他又率軍蘺發迎降，於十二月“以廣州歸誠”。清廷遂命他立功贖罪。號為“三藩”之一一的尚之信，只是由於爭奪王位，才在吳三桂發動的叛亂戰爭轉人低潮時鋌而走險，舉起叛旗，但數月後又向清朝投降，因而在整個戰爭中處於無足輕重的地位。
總起來說，吳三桂等人發動的叛亂局勢剛剛高漲起來，就很快走向低潮，各路反叛大軍敗的敗、降的降，唯有吳三桂還保存有相當的實力。吳三桂攻佔湖南後，主力軍一直在湖南鎮守，與清軍長期展開拉鋸戰，各有勝負。嶽樂軍屢攻長沙、萍鄉，都未能攻克，湖南的吳三桂軍仍是善戰的勁旅。康熙十五年(1676年)春。吳三桂兵人廣東，尚之信起兵響應。吳三桂另派部將韓大任攻下吉安。清嶽樂軍攻下萍鄉後，再進取長沙，由於吳三桂婿胡國柱死守長沙，清軍一再攻而不克。吳部大將韓大任又奪回萍鄉， 截斷清軍後路。康熙帝命喇布自江西出兵援救嶽樂軍，抵達吉安，也大敗而歸。陝甘王輔臣降清以後,康熙帝調遣攻打陝西的穆佔軍南下荊州，專力攻打湖南。康照十六年(1677年)初，清穆佔軍與嶽樂軍夾攻長沙。雖然長沙未能攻下，卻逼迫韓大任逃離吉安。吳三桂自嶽麓山移駐衡州(今湖南衡陽),出兵廣西，殺死孫延齡，企圖打開通路，由於孔四貞等降清而受到阻遏。康熙十七年(1678年)初，嶽樂軍所向披靡，先後攻克平江、湘陰，又在湘潭招降吳三桂水師將軍林興珠，命為建義將軍。清穆佔軍也頻傳捷報，連續攻下永興、郴州、桂陽等十三城。另外,喇布軍進擊韓大任,兵抵寧都城下，韓大任敗走,最後向福建清軍投降。
總之，從康熙十五年(1676年)冬到次年春，整個戰爭形勢發生了急劇的轉變。王輔臣、耿精忠、孫延齡、尚之信等相繼降清，鄭經敗走，這就使吳三桂日益陷人孤立。康熙帝更加緊了對叛軍的進攻，並取得了一連串的重大勝利，從根本上扭轉了不利的戰爭局勢。看來，吳三桂等人敗亡的命運難以避免了。
曾經烜赫一時的吳三桂見大勢已去，仍想做垂死掙扎。他不得不求助於蒙古，並許以割地納款，乞求蒙古發兵秦蜀，以挽回敗局。但是，蒙古卻留住來使，不予理睬。這樣，吳三桂的最後希望也破滅了。隨著軍事上的清敗，吳三桂在政治上也逐漸遭受到人們的唾棄，叛軍內部人心浮動，士氣低落。吳三桂預感到大難臨近，決定趁死期未到，“姑稱帝以自娛”，同時藉以鼓舞軍心作垂死的掙扎。於是，吳三桂便匆匆忙忙地開始演出登基稱帝的醜劇。
康熙十七年(1678年)三月，吳三桂派人在衡州(今湖南衡陽)草草修建了百餘間蘆舍。用黃漆塗刷房頂，權當皇宮。二十八日，吳三桂登上臨時搭成的祭壇,祭祀天地,終於做起真命天子來了。他定衡州為國都，稱為定天府，改國號為周，年號昭武,封妻子張氏為皇后，孫子吳世璠為太孫。同時他又設置百官，冊封部下分別為國公、郡公、侯、伯。正當吳三桂登基稱帝時，突然間風雨大作，蘆舍朝殿被颳得東搖西晃，黃漆房頂被弄得面目全非。這使吳三桂和他的“百官”十分掃興。這場登基醜劇就這樣在風雨中草草收場。
登基結束後，吳三桂為裝點門面，籠絡民心，又匆忙舉行了雲南鄉試,蒐羅了73名“舉人”，為吳氏小朝廷效力。由於吳三桂徹底撕下了“復明”的假面具,連支持他的明朝舊臣也都反對他了。這就使吳三桂在政治上徹底陷人了孤立無助的境地。吳三桂稱帝后，即臥病不起。他聞知清軍正向他的大本營一步步逼近，更是惶恐不已。在病床上的吳三桂還經常做惡夢,面容也日益憔悴。他不停地獨自悲嘆道:“何苦，何苦!”悔恨當初不該起兵反叛，以致鬧得身敗名裂,家破人亡。吳三桂在極度的驚恐中，患了中風、噎膈等病(可能為食道癌)。據說有一次，一隻狗跳到吳三桂面前的桌案上，他被驚嚇得全身顫抖不止，更加重了他的病情，不久即下痢身亡。
吳三桂僅僅做了不足五個月的“皇帝”，聲威雖曾烜赫一時，但終究在內外交困中，於康熙十七年(1678年)八月十七日一命嗚呼,時年66歲。吳三桂之孫吳世璠，自雲南來奔喪，行至貴陽,在眾將官的擁護下，繼位稱帝，改年號洪化。在清軍強大的攻勢面前，他嚇得膽戰心驚，到衡州帶了吳三桂的靈柩狼狽地逃回雲南。吳世璠稱帝后，更難得到部屬的擁護，他的敗亡已難以避免了。但憑藉吳三桂在西南多年積蓄的兵力，吳世璠仍與清軍對抗了三年之久。
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