本片涉及了大量中国历史、医史，收集了大量历史故事和珍贵文物，从远古，到伏羲、神农、黄帝，到夏商周秦汉唐宋元明清，使深奥的理论通俗化趣味化。
除了关照对中国传统文化感兴趣的观众外，影片还针对中医爱好者、中医学子，精心挑选了八十多个古代医案，令本片更加妙趣横生。同时，我们采访了数十位当今中国第一流中医专家，可令中医从业人员大大获益。
《黄帝内经》目录：
1、神奇的秘笈
2、赫赫始祖（上）
3、赫赫始祖（下）
4、遥远的生命呼唤
5、走出洪荒的岁月（上）
6、走出洪荒的岁月（下）
7、石破天惊
8、千秋圣典（上）
9、千秋圣典（中）
10、千秋圣典（下）
11、闲云野鹤
12、仙风道骨（上）
13、仙风道骨（下）
14、妙手回春
15、杏林魂
16、灵丹妙药
17、撩开气的盖头（上）
18、撩开气的盖头（下）
19、忧患的乾坤
20、大智者的玄思
21、阴阳流变
22、绝妙的辩证（上）
23、绝妙的辩证（中）
24、绝妙的辩证（下）
25、五行大法
26、天才的表述
27、五行循环天地人
28、五脏的奥秘（上）
29、五脏的奥秘（下）
30、情绪与生命（上）
31、情绪与生命（下）
32、神妙的经络（上）
33、神妙的经络（下）
34、阴晴圆缺
35、风调雨顺
36、生存的空间
37、望闻问切
38、秋山红叶
39、孤帆远影
40、风雨潇潇说君王
41、仁者寿（上）
42、仁者寿（下）
43、但愿人长久
44、生命水
45、万世清香
46、对酒当歌
47、曲水流觞
48、不治已病未病
49、天若有情（上）
50、天若有情（下）
53、魂断广陵散
54、生命的强者
55、长寿之道
56、谨和五味
57、生存的空间（上）
58、生存的空间（下）
59、起居有常
60、蓬蓬远春
《黄帝内经》仅代表当时医学理论水平，它是以自然哲学的思维来解释自然科学问题的理论假说，虽然发现了许多客观的规律与结论，也有不少错误的猜测。《黄帝内经》中概念多，但定义少，需要辩证体会；书中有些概念的含义与现代不同，要区别对待。
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