崇禎十六年（1643年）五月，李自成擊敗三邊總督孫傳庭統率的陝西官軍後，麾下大軍發展到百萬規模。次年，李自成率軍進入北京掌握政權，但短短的42天后就被多爾袞、吳三桂聯手趕了出來，一路從陝西敗退到湖北，最後消失在九宮山的崇山峻嶺中。那麼曾經跟隨他征伐天下的大順軍又去了哪裡呢？
受不了經濟盤剝，投降了一批
李自成及其將領掌握北京政權後，沒有及時制定相應的稅收政策，而是繼續實行“追贓助餉”，要求歸順的官紳地主們拿錢供養大軍，供養已經初具規模的大順政權，這些官紳的體面隨同他們的金錢掃地以盡。在此過程中，大順軍將士“馳馬驅逐，驅趕眾官如羊豕，稍稍行慢些，立時刀背亂下，打得各官哀嚎不已，甚至有僕地暈倒，被踏作肉泥者。嚇得各人魂飛魄散，甚至嚎啕大哭”。
這種毫無區別、不分良莠的野蠻手段和搜光刮淨的經濟盤剝，導致剛剛投降歸附的士紳官僚集團對大順政權心生怨恨、離心離德。但懾於大順政權的百萬雄兵，還沒有出現大規模反抗。山海關決戰中，大順軍主力受重創，而清廷又公佈了保護漢族官紳的政策，通過種種渠道勸降，使得原先歸附了大順政權的明朝官吏尤其是武將幾乎全部降清。
遭到了清軍追殺，潰散了一批
清軍進駐北京以後，並沒有放鬆對大順軍的追殲。當年10月份，攝政王多爾袞的兩個親弟弟——豫親王多鐸和英親王阿濟格兩路大軍向敗退陝西的李自成發動了猛烈進攻。1645年正月十三，李自成不得不主動放棄西安，兵分兩路撤出陝西。他自己與大將劉宗敏、田見秀等率領東路軍經藍田、商洛撤往河南、湖北，計劃順長江而下奪取南京，作為抗清鬥爭的基地。為了集中兵力，他把原駐湖北襄陽等地的7萬軍隊集中起來，連同西安撤下的主力13萬餘人，仍有超過20萬人馬。
但李自成一味地尋求向東進發，沒有對跟蹤而來的清軍組織有效的反擊，致使大順軍遭受了意想不到的沉重打擊。據英親王阿濟格報稱，“清軍分水陸兩軍躡其後，追擊於鄧州、承天、德安、武昌、富池口、桑家口、九江等7處，降者撫之，拒者誅之。窮追至賊老營，大敗賊兵8次。”無數大順軍將士從夢中驚醒，倉促應戰，但遭到八旗精銳的砍殺，損失慘重。
李自成僅率3千殘兵趁亂過江，但逃到離九江大約20公里的桑家口時，清兵再次從水陸兩路追來，剛剛聚攏的大順軍再次潰散，船隻被清軍所奪，大將劉宗敏、軍師宋獻策及一妻二媳均被俘虜。李自成死戰脫險，身邊僅剩5百餘人，又不幸遭到南明節制下的鄉勇伏擊。清順治二年（1645年）5月4日，李自成在湖廣興國州通山縣九宮山神秘失蹤。
剩下的與南明合力抗清，最終敗亡
李自成失蹤後，潰散的東路軍在田見秀等人率領下，決定聯合南明湖廣總督何騰蛟共同抗清。可惜，何騰蛟心胸狹窄，畏敵如虎，處處排擠田見秀等人。此時，李自成侄子李過率領的西路軍一路匯合甘肅、寧夏和青海的大順軍餘部繞道四川，來到湖北。田見秀等人於是離開了何騰蛟，跟李過所部會師。會和後的大順軍舊將仍然決定聯合南明抗清，並選了新任湖廣巡撫堵胤錫為合作對象，受到一定程度的禮遇，軍隊也被改編為“忠貞營”。
但在隨後恢復湖北的戰鬥中，由於何騰蛟指揮的南明軍隊臨陣脫逃，李過等人也很快就被清軍大敗，部分將領叛變，餘部退往鄂西山中休整，建立夔東抗清基地。隨後幾年，大順軍餘部出山輾轉湖南、廣西等地參加抗清鬥爭，損失慘重。在此期間，李過病亡、高一功戰死、田見秀投降被殺，餘部被李過養子李來亨帶回夔東。1664年，清軍相繼消滅南明政權和大西軍餘部後，集中全力攻擊夔東，李來亨孤立無援，在茅麓山九連坪帶領全家自盡，大順軍餘部二十年轉戰萬里的抗清鬥爭徹底結束，大明在中國大陸也再無寸土。
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