後金天命十一年即1626年的8月21日，努爾哈赤毒疽發作而離世，皇太極繼承汗位。
據朝鮮史籍《魯庵文集》記載，老汗王（努爾哈赤）臨死曾表示過：“‘皇太極能成吾志’。終無所命而死。”所以看來，皇太極得汗位是符合努爾哈赤遺命的。
但是，關於皇太極是如何繼位的問題，卻有許多不同的爭論，因為當時皇太極在諸貝勒中無論是年齡、功績、外援勢力上都沒有明顯優勢，他能不通過政變而順利登基繼承大統，一直是清代的不解之謎。
篡位說
一直以來，許多研究明清史的專家認為，皇太極的汗位是從他的幼弟多爾袞手裡篡奪而來的。
清人蔣良騏的《東華錄》順治八年也就是1651二月己亥詔內記載，多爾袞稱“太宗文皇帝（皇太極）之位原系奪立”，也就是暗示皇太極篡奪汗位。據說努爾哈赤生前已經立多爾袞為嗣子了，但是皇太極用陰謀狡詐的手段從其幼弟手中奪取了汗位。為除篡位隱患，他逼迫多爾袞生母大妃阿巴亥殉葬。
這種說法受到一些人的懷疑，認為大妃殉葬確實出自努爾哈赤的本意。努爾哈赤因為痛恨多爾袞的生母不忠，所以在去世前特命她殉葬。當時多爾袞才15歲，既無功業，也無威望，因此不可能立多爾袞為嗣。即位後，皇太極對多爾袞“特加愛重”，大力培養提拔他，多爾袞對皇太極的恩育也是萬分感激，盡心力輔佐皇兄，他勳勞卓著，成了皇太極最得力的助手。總之，皇太極與多爾袞兄弟感情較好，無法想象皇太極對多爾袞幹下篡位、殺母的勾當。
爭鬥說
也有研究者認為，皇太極的汗位是經過了激烈的爭鬥，最後力克競爭對手而得到的。
在努爾哈赤死了之後，皇太極與貝勒們爭奪汗位，鬥爭日趨白熱化，最後皇太極打敗對手，自立為汗。這期間，皇太極與代善之間的爭是最激烈的。大貝勒代善有聲望，有勳績，也很有勢力，一直以來是汗位的競爭者。皇太極則抓住一切機會來打擊代善，曾經利用代善與大妃阿巴亥的暖昧關係，借輿論推波助瀾，促使努爾哈赤罷黜大妃，代善的威望也因此遭受了損害。努爾哈赤死後，他逼大妃殉葬，以削弱代善的勢力，最後壓服代善，自己奪取了汗位。
推舉說
還有人認為，皇太極汗位不是奪的，而是諸貝勒們推舉的。
太祖努爾哈赤生前沒有立嗣子，為汗者須要貝勒們推舉產生。努爾哈赤共有兒子16個，大貝勒代善，二貝勒阿敏，三貝勒莽古爾泰和四貝勒皇太極是當時的四大貝勒，爭奪大位最有希望的也就是這4個人。
大貝勒代善年紀長、軍功多，為人也厚道。只有一點，代善後妻和前妻的兒子碩遷跟關係不好，代善要殺了他這個兒子。經努爾哈赤的反覆地凋查，發現是他的後妻在其中挑撥離間，因此很不高興。代善為了討好父親，殺了後妻。努爾哈赤反而認為這種行為是不可以做國君的。
二貝勒阿敏是努爾哈赤的侄子即舒爾哈齊的兒子。舒爾哈齊有了問題，努爾哈赤把他關起來，後來他憂憤而死。其實這件事情和阿敏也有關係。可是努爾哈赤沒有關阿敏，但是他也沒有資格來爭奪大位了。
三貝勒莽古爾泰的母親犯了罪，莽古爾泰親手把她殺了，同樣失去了做國君的可能。這樣四個大的貝勒就剩下皇太極了。
皇太極下面還有弟弟多爾袞和多鐸。當時多爾袞15歲，多鐸13歲。女真有幼子繼承的這種傳統，不過皇太極和其他得幾個貝勒商量後，趁著努爾哈赤剛死，就說先父有遺言，要大妃殉葬，使得多爾袞和多鐸失去母親的支持，不可能同皇太極爭奪汗位了。在這種情況下，努爾哈赤死時，代善長子勸代善說：“四貝勒（皇太極）才德冠世，深契先帝聖心，眾皆悅服，當速繼大位。”代善同意了。第二天日，在貝勒們大臣聚於朝時，代善提議舉皇太極為汗，諸貝勒“皆喜曰善。議遂定，乃合詞請上即位”。
這樣一場刀光劍影、不擇手段的權力爭鬥，被代之以和平友好的互相謙讓的程序順理成章地完成了。這與貫穿清朝——特別是其前期血腥的最高權力之爭，形成強烈反差，另一方面也說明了皇太極的足智多謀。綜上各方面的分析，皇太極繼位的各種說法各有駁立，難以確認歷史真相。
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