根據《財政部印發的通知》（財會[2013]24號）規定，小微企業在取得銷售收入時，應當按照稅法的規定計算應交增值稅，並確認為應交稅費，在達到《通知》規定的免徵增值稅條件時，將有關應交增值稅轉入當期營業外收入。
小微企業免徵稅的會計處理：
1、減免增值稅：
借：應交稅費—應交增值稅貸：營業外收入—補貼收入或稅收減免
2、減免附加稅費：
借：應交稅費——應交城建稅、教育費附加、地方教育費附加等貸：營業外收入——補貼收入或稅收減免。
附：國家稅務總局公告
國家稅務總局公告（2014年第57號）《關於小微企業免徵增值稅和營業稅有關問題的公告》財稅（2016）12號《財政部國家稅務總局關於擴大政府性基金免徵範圍的通知》
1、政府性基金的免徵不僅適用於小規模納稅人，也適用於一般納稅人。財稅（2016）12號是這樣描述的，將免徵教育費附加、地方教育附加、水利建設基金的範圍，由現行按月納稅的月銷售額或營業額不超過3萬元（按季度納稅的季度銷售額或營業額不超過9萬元）的繳納義務人，擴大到按月納稅的月銷售額或營業額不超過10萬元（按季度納稅的季度銷售額或營業額不超過30萬元）的繳納義務人。描述中用的是繳納義務人，而非明確指出是小規模還是一般納稅人，所以均包含。
2、小微企業免徵增值稅只適用於小規模納稅人。國家稅務總局公告（2014年第57號）是這樣描述的，增值稅小規模納稅人和營業稅納稅人，月銷售額或營業額不超過3萬元（含3萬元，下同）的，按照上述文件規定免徵增值稅或營業稅。其中，以1個季度為納稅期限的增值稅小規模納稅人和營業稅納稅人，季度銷售額或營業額不超過9萬元的，按照上述文件規定免徵增值稅或營業稅。文件明確描述小規模納稅人，所以是特指，不包括一般納稅人。一般納稅人不得享受。
3、小微代開的專票要算入銷售額，但是不管是否滿足小微企業標準。都要交增值稅和城建稅。什麼意思呢，舉個例子，比如小規模納稅人本季度自開了7萬發票，代開了1萬專票，合計銷售額8萬。這並未超過季度9萬標準，所以享受免徵增值稅，注意代開的1萬是算入季度銷售額了。但是代開1萬相應的增值稅部分要繳納。城建稅也要繳納，因為城建稅是以實際繳納的增值稅、消費稅、營業稅稅額為依據。營改增後，營業稅全面退出歷史舞臺後，城建稅僅剩以實際繳納的增值稅、消費稅稅額為依據。所以城建稅也要繳納。附加和地方教育費附加滿足減免條件，不用繳納。
4、小微代開的專票稅額滿足條件可以申請退還。如果專用發票全部聯次追回或者按規定開具紅字專用發票後，這1萬的增值稅300可以向主管稅務機關申請退還。其他情況沒法退還。
5、免徵增值稅的小微企業相應的城建和教育費附加、地方教育費附加不做賬務處理。城建和教育費附加、地方教育費附加都是以實際繳納的增值稅、消費稅額來計提繳納，沒有繳納增值稅，不用在賬務上進行計提。填寫申報表時也直接零申報。
6、增值稅按季度申報，地稅部分按月申報怎麼辦？好辦，地稅部分的城建稅和附加每個月都零申報即可。
總局公告2016年12號文執行之後隨增值稅、消費稅附徵的城市維護建設稅、教育費附加免於零申報。
通過國稅地稅信息共享，自動生成增值稅、消費稅附加稅費零申報信息，免除納稅人增值稅、消費稅附加稅費零申報資料信息的報送。
7、增值稅需要按納稅義務時間計算並確認，達到免稅條件轉入損益。
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