在日本面臨內憂外患的局面時，不管是幕府還是在天保時期開始有自立傾向的長州藩都著力于軍事改革，但是長州藩在實現富國強兵的軍事改革上還是比幕府先走了一步，它不僅通過軍事改革加強了作為外樣大名的西南強藩的地位，而且通過尊王攘夷運動推翻了幕府的統治，建立了明治新政府。
一是長州藩打破了軍役、俸祿、身份制三位一體的封建軍事制度
對於幕末時期的江戶幕府和諸藩來說，改革的最大障礙就是軍役、俸祿、身份制三位一體的封建軍事制度。
但是在這個問題上面，幕府總是落後於長州藩一步。
以奇兵隊為例，高杉晉作當時認為：“目前我國形勢，肉食武士都不能任事，因此，他向藩主乞求，如果想要組編新兵，務必要矯正門閥之積弊。”
所以，高杉晉作的奇兵隊不僅有愛國武士，而且還有商人百姓。奇兵隊七百二十二人當中，清楚身份者的比率是武士階級出身的有二百七十二人（46.8%）、百姓有二百三十七人（42.4%）、商人有二十五人（4.5%）、寺社僧侶二十五人（4.5%）。
可見，奇兵隊已破除了武士當兵的特權，從各個階層廣徵有能力者，在一定程度上擺脫了封建武士身份制，體現出一定的民主性與平等性。這不僅在奇兵隊的組織和薪餉的等級不多上可以看出，用人上也是如此。
正因為奇兵隊為首的長州藩的諸隊是一支使用近代兵器、打破身份等級制度的新型民兵隊伍，因而，它能夠發揮武士集團所不能及的威力，他們後來成為倒幕的重要軍事力量。
但幕府在幕末的車制改革中卻固執地堅持等級尊卑觀念，讓武士中身份尚的無能之輩擔任長官，而不是按照才能選撥人才，所以有能力的身份低的武士只能接受這些無能之輩的指揮。
1867年負責訓練日本三軍的法國使者夏諾萬就指出：“日本軍官中真正受過教育者竟無一人，只能認識外國武器而已”。可以說沒有適時打破舊的身份制度是幕府改革的一大敗筆。
後來，在慶應軍事改革當中，幕府企圖廢除旗本和御家人制度。但是，當幕府的統治者意識到這個問題時，它已經被以薩長為首的西南強藩的倒幕維新運動下推翻了。
二是長州藩的富國強兵政策
長州藩推行了擴大商品經濟和對外貿易的富國政策。長州橫跨於朝鮮、中國和大阪之間的一切海運所必經的下關海峽，所以可憑由貿易和運輸的獨佔來積累相當大的財富。
此外，長州藩還建造了制蠟、制鐵、造船、織工、染工等藩營工廠，隨後將這些工廠依次轉售於民間私人經營。這種做法可是說是明治政府殖產興業的原型。同時，長州藩和一些外國商人還不顧幕府的禁令，進行著從下關到上海的秘密貿易。
另外，第一次徵長戰爭以後，薩長兩藩的關係開始緩和。當時，海軍操練所的不少學生是坂本龍馬介紹進去了，操練所關閉使得這些學生一時不知何去何從。於是，坂本龍馬在勝海舟的安排下與薩摩藩達成了由薩摩藩借給坂本龍馬一艘船隻使其與海軍操練所的部分學生成立海上運輸公司——“社中”的協定。但是，運輸公司的利潤必須分給薩摩藩一部分。
就這樣，1865年五月，坂本龍馬創立了一個名叫“龜山社中”的商會，後來又稱為“海援隊”。“龜山社中”並不是一個單純的商務貿易組織，它還是尊王志士們的總聯絡站和情報站，利用這個組織，坂本龍馬把大量精力和金錢都投入到尊王倒幕運動當中。他還以“龜山社中”為基地，開始了拉攏薩長兩藩建立聯盟的活動。
薩長兩藩的握手可以說是從經濟開始的。第一次徵長戰爭以後，長州藩急需購買西洋式的槍支彈藥，但是由於幕府的密切監視，購買困難。坂本龍馬便在取得了薩長兩藩的許可只有，以薩摩藩的名義向外國購買槍支彈藥等武器，再通過“社中”把購買的武器運送到長州藩。長州藩也答應通過“社中”將糧食賣給薩摩藩。自此以後，薩長兩藩就依靠坂本龍馬的“社中”做中介，以薩摩藩的名義從英國商人手中購買武器接濟長州藩，又從長州藩購運糧食到薩摩藩。
但是幕末時期幕府的經濟卻和長州藩相反。幕府以低於別處的工資來奴役工匠，使得工匠紛紛離去，這體現出幕府的財政狀況並不是很樂觀。1857年幕府開始興建長崎鋼鐵廠，但是直至1861年四月才完工，足見幕府的財政困難。
對於新式武器，幕府除了和長州藩一樣依靠從外國購入以外，它還仰仗法國的援助。幕府依靠法國的財政援助來進行軍備的改革與擴充，使得日本逐漸淪為法國的附屬國。
三是長州藩開展西洋式的軍事訓練和裝備
長州藩經濟實力的增強也使得它在軍事裝備上具有很大的優勢條件。1866年的第二次徵長戰爭時，長州藩士兵身著輕裝、使用舶來的西洋式小槍抵擋幕府士兵古老的甲冑、刀槍、火繩槍等舊式武器，使得幕府在第二次徵長戰爭中遭到了徹底的失敗。
1868年幕府和以薩長為首的西南各藩的軍隊發生了鳥羽——伏見之戰。在這場戰爭中，幕府軍隊的步槍雖已從較原始的火繩槍換成格沃槍，但薩長兩藩的新軍卻已配備了最新式的斯彭賽槍。可見，幕府改革的步伐總是落後於西南各藩新軍的改革速度，其武器裝備也落後於以長洲藩為代表的西南強藩所編制的新式軍隊。
另一方面，幕府的改革範圍具有有限性。鳥羽一一伏見戰爭中，幕府以一萬五千人的大軍討伐只有四千五百人的薩長軍，可見幕府軍在人數上佔有絕對的優勢，但戰局的結果卻是薩長軍獲得了壓倒性的勝利。
薩長軍配備西洋式的鐵炮，進行過先進的軍事訓練。但作為幕府軍重要構成部分的會津軍卻是刀槍，火繩銃等舊式裝備。就連受到幕府重視的新選組，他們也從沒有接受過西洋式的軍事訓練，連槍支的使用也不熟練，戰敗也就不奇怪了。
小結
以薩長為首的倒幕派可以說是代表資產階級利益的革命軍，他們用武力打倒了代表封建諸勢力的反革命軍，取得了革命性的成就。在日本內戰當中，戊辰戰爭可以說是一場具有決定性的戰爭，它的勝利為倒幕派推翻腐朽落後的幕府的封建統治，建立一個統一的近代國家奠定了基礎。
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