1942年，为了创作《鼠疫》，加缪做了很多笔记，比如他想曾想过放弃“鼠疫”这个标题，换成诸如“囚徒”。他还思考过《鼠疫》与《局外人》虽然都是荒诞的主题，但是《鼠疫》更进一步，指出了荒谬什么都不能教给我们，重要的是意识到荒诞之后，做出反抗。11月份，二战正进行到中途，身在奥兰的加缪被隔断了与家人的联系，他意识都这种境况“跟那些老鼠没有什么两样”。
加缪在这个时期，无论在精神上还是身体上，都感到了一种窒息。他的肺结核已经对他的写作造成了很大的影响。但是在笔记中，他依然在整理写作《鼠疫》的笔记和思考，在最长的一篇笔记里，他考虑过增加一个角色，一个与爱人分离的被放逐者，他想办法要离开围困的城市，总无功而返。他还设想要用一章的篇幅来讲黑死病。他总结鼠疫给我们的教训是对任何事情和人都没有什么帮助，除非是一些自己的亲友死掉的人可能会得到启示。他意识到《鼠疫》期间最大的特色是：隔离，“所有人和自身之外的世界隔绝了，包括他们所爱的人和他们的习惯。处在这样的退隐状态之中，他们，那些有能力这么做的人，于是不得不开始思考，其余的就只能过着困兽般的生活。总之，没有中间值”。
他还思考到了“我想要透过《鼠疫》来表达那种我们每个人都为之受苦的窒息感。以及大家都曾经感受过的威胁和流亡的气氛。同时我还想将此一去拿时扩大到普遍性的存在观念上。《鼠疫》描写的是这场战争中的众生相，有人会思考，有人保持沉默——还有人在精神上深受其害”。
还有“关于《鼠疫》：人类身上可贵之处较可鄙之处多”。
《鼠疫》发生在“194……”年，一个虚构的城市奥兰，一座平常的城市，是阿尔及利亚滨海的法属省省会。一天清晨，贝尔纳·里厄大夫在楼梯里发现了一只死老鼠，大夫开始意识老鼠死得很奇怪。随后大街上成千上万的老鼠死去，直到人类开始死亡，里厄大夫住宅小区的门房第一个去世，“从这一刻开始，人们开始恐惧，同时开始思考”。
所有的灾难发生时，人们的反应都是迟钝的。比如“报纸上在老鼠时间里喋喋不休，对私人的事却只字不提。原因是老鼠死在大街上，而人却死在他们自己的房间里。报纸只管街上的事情”。
比如“天灾人祸本是常见之事，然而当灾祸落在大家头上时，谁都难以相信那会是灾祸。人世间经历过多少鼠疫和战争，两次的次数不分轩轾，然而无论是面对鼠疫还是面对战争，人们都措手不及……毫无疑问，战争的确愚蠢，然而愚蠢并不妨碍它打下去。倘若人不老去想自己，他会发觉事情有可能一直坚持干下去。在这方面，我们的同胞和大家一样，他们想的是他们自己，换句话说，他们都是人文主义者，他们不相信天灾，天灾怎能和人相比！因此大家想，这灾祸不是现实，它只是一场噩梦，很快会过去。然而，噩梦不一定会消逝，它们一个接一个，其间逝去的却是人，首先是那些人文主义者，因为那些人没有采取预防措施。”
《鼠疫》写于二战期间，在写作期间，加缪身患肺结核，加入了抵抗组织，同时还在报社工作，作家成为了他多重身份的一部分。这些多重的经历在小说中都会有所反应。比如我们很容易就认为鼠疫是象征着纳粹主义，老鼠是德国人的象征。但是加缪赋予了鼠疫更多的象征内涵，德军的占领、恐怖、痛苦、死亡、流放、囚禁、隔离等等，都在小说中有所反应。在当时留下的笔记中，他写下了这样的文字：“阅读《鼠疫》可以有三种不同的方式，它既是对一次流行病的叙述，也是对纳粹（以及一切极权制度）占领状况的象征表现，同时还为关于恶的形而上学思考提供了一个具体的例证。”
当然，现如今我们阅读《鼠疫》是因为现实如此。灾难从未远去，这点加缪在小说的最后已经说的很明白，因为鼠疫杆菌永远不会四绝，也不会消失，它们能在家具、衣被中存活几十年，在房间、地窖、旅行箱、手帕和废纸里耐心等待，“也许有一天，鼠疫会再度唤醒它的鼠群，让它们葬身于某座幸福的城市，使人们再罹祸患，重新吸取教训”。
《鼠疫》这篇小说在加缪的作品系列中是受到严重忽视的，因为相对于《局外人》，这篇小说更接近于现实主义小说，他描写的是认识到这个世界是荒诞之后，我们该如何反抗的问题。小说是在战后1947年才出版的，当时的法国正忙于战后重建，反抗哲学并未受到很大的重视。小说在评论家中的口中也显得中规中矩。但是，多年后，或者说，时间证明了伟大文学魅力，尤其是当瘟疫再度发生时，这篇小说成为了现实的折射，伟大的寓言。所有人都能从中找到自己的影子。死去的人、隔离的人、拯救的人、旁观的人、还有那些迟钝的纸醉金迷的人，小说描写了瘟疫发生之后的众生之相，所有人都能找到对应者。当然，小说的主题是反抗者，是平民的英雄，所以小说中的医生、记者、公务员、神父，成为了大时代里的英雄人物，他们身上的聚集了灾难来临时，那些小人物的优点。
也许，我们不能够成为英雄，但面对灾难时，我们也可以保持人性的尊严，而不是让被恐惧吞噬，被恶洗脑，成为瘟疫的帮凶。
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