首先是民屯，由府、州、县等衙门管理，大多分布于内地的区域，没有具体规定，主是为了解决百姓吃饭问题。
然后是军屯，由卫所管理，考核制度严格，主要是为了解决军队粮饷的供应。每军士受田50亩，官府提供耕牛和农具，前几年免税，到成为熟地后，每亩收税1斗。军士屯守比例是，边地军队3分守城，7分屯种，内地军队2分守城，8分屯种。在明初军屯田约占相当于全国垦田10分之1左右，基本上保证了军粮自给。
还有一种叫做商屯，由户部负责，主要是解决军粮保障问题。朝廷鼓励商人运粮到边防粮仓，向官府换取贩盐的凭证（盐引），然后进行贩卖，从中获取厚利，后来有的商人就索性雇人在边境开荒屯田，就地交粮，以节省运费。商人运往边区的粮食，不是由他们直接经营土地生产出来的，而是以盐为媒介，通过商品交换渠道实现粮食供应保障。推行商屯，不仅可以解决边疆的粮、盐等物资供应，也进一步促进了边贸的发展。
垦荒屯田的主要人员：一是曾经的敌对势力。如：故元官兵及塞外边民、割据地方的降兵降民、罪犯以及江南诸府的豪强地主等。洪武元年至五年，就有故元朝官兵及塞外边民约50万人，被迁移到南京和北平诸府、州、县开荒种田。原属张士诚、方国珍等地方势力的人员以及江南地主豪强有近4万人，被迁移到南京和临濠屯种；二是缺少田产的贫民以及遭受战火劫难、赋役剥削和自然灾害而破产的流民。将他们由经济比较发达的内地，移入经济落后的边区，使得耕者有其田，居者有定所；三是卫人。从洪武十六年至二十年，朝廷移调戍边的军队约有13万人，其中江南、中州、湖湘、吴楚等地有近6万人到云贵屯田。
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