1398年，朱元璋去世。由于太子朱标早死，由皇太孙朱允炆即位，年号建文，即明惠帝。建文帝为巩固中央集权，与亲信大臣齐泰、黄子澄等密谋削藩。 周王、代王、齐王、湘王等先后或被废为庶人或被逼自杀。 同时以边防为名调离燕王朱棣的精兵，欲铲除燕王。朱棣在姚广孝的建议下以“清君侧，靖内难”的名义起兵，经过四年的夺位战争，最后率军南下，攻占京师（今南京），史称靖难之役。建文帝在宫城大火中下落不明。1402年，燕王朱棣即位，改元永乐。
朱棣即位后，对异议者强力镇压，诸如黄子澄、齐泰等建文旧臣等
明成祖朱棣
都被杀。其中以方孝孺的“诛十族”和景清的“瓜蔓抄”最为惨烈。明成祖还恢复了明太祖时期后来被废除的锦衣卫，另外他还设置了另外一个特务组织——东厂，厂卫制度由此确立。
1405年，朱棣将北平改名北京，称行在，设立北平国子监等衙门。1416年，朱棣公布迁都的想法，隔年开始大规模营建北京，1420年完工，1421年迁都北京。
永乐时期武功昌盛，明朝收复安南，设交趾布政司。朱棣又亲自率兵五征漠北打击北元分裂后的鞑靼与瓦剌。册封瓦剌三王，使与鞑靼对立；见瓦剌中兴之势，又助鞑靼讨伐瓦剌，不使任何一方独大。 同时授予兀良哈蒙古的朵颜、泰宁和福余三个卫所自治权。朱棣还于1406年和1422年对兀良哈蒙古进行镇压，以维持这一地区的稳定。 东北方面，朱棣还安抚东北女真各部，在归附的建州女真、海西女真设置卫所，并派亦失哈安抚黑龙江下游的野人女真。1407年亦失哈在混同江庙街的对岸塔林设奴儿干都司，亦失哈并于1413年视察库页岛，宣示明朝对此地的主权。
朱棣实行积极的外交策略，自1405年开始派郑和下西洋，与各国进行政治经济来往 ，增长财政收入 的同时将朝贡制度推向巅峰。其舰队规模空前庞大，最远到达东非索马里地区，扩大明朝对南洋、西洋各国的影响力。 《明史》评价明成祖时期的国力“远迈汉唐” 。
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