公元1875年1月，同治帝病逝。慈禧立她同治皇帝的侄子四歲的愛新覺羅·載湉為帝，改年號為“光緒”，兩宮太后垂簾聽政！公元1881年4月，慈安太后暴崩，卒年四十五歲！三年之後，慈禧發動甲申易樞朝局之變，將以恭親王奕訢為首的軍機處大臣全班罷免，開始西宮獨裁。
公元1889年2月，光緒大婚，名義上由光緒帝親政，實際上慈禧還是牢牢的將權利抓在手中，“上（光緒帝）事太后謹，朝廷大政，必請命乃行。”
公元1894年，慈禧為了過六十大壽，挪用海軍經費，繕修頤和園，佈置點景，廣收貢獻，適逢日本發動中日甲午戰爭，光緒主戰，慈禧亦主戰，“不準有示弱語”。但是，當有人提出停止頤和園工程，停辦景點，移作軍費的時候，慈禧卻大發雷霆，說出了“今日令吾不歡者，吾亦將令彼終生不歡”之語。後來，清軍在朝鮮戰場上接連失利，北洋水師在黃海之戰中又遭受嚴重挫折。為了不影響自己的六旬慶典，慈禧希望外國出面干涉，儘快結束戰爭。她支持李鴻章避戰求和的方針，以各種藉口，打擊以光緒為首的主戰派。
次年2月，威海衛日艦及炮臺夾攻劉公島，北洋水師全軍覆沒。中國海陸兩個戰場均遭失敗，以慈禧為首的主和派下定決心向日本求和。
甲午中日戰爭後，清政府一敗塗地，割地賠款，倍受欺侮。隨後，帝國主義列強又進而掀起了瓜分中國的狂潮。古老的祖國驟然面臨亡國大禍，中華民族與帝國主義之間的矛盾迅速激化。這時，資產階級（主要是它的上層部分）的代表人物康有為、梁啟超等人，在社會上積極宣傳、組織變法圖強，以挽救深重的民族危機，並迅速形成了一個激盪全國的時代潮流。
民族危機啟發了光緒皇帝變法的決心。光緒皇帝清楚地知道慈禧太后雖然已經撤簾，但是仍然緊緊地控制著他。但是光緒皇帝決心已定，為了國家的振興，他把個人的利益和榮辱置之度外，說：“太后如果不給我大權，我情願退位，不甘做亡國之君。”
對於變法，慈禧希望強國但又擔心光緒會借變法脫離她的控制，最初表示支持，但她隨後把軍權，用人權都抓在自己手中。
公元1898年6月，光緒發佈“明定國是上諭”（即《明定國是詔》），實行變法。
新政措施雖未觸及封建統治的基礎，但是，這些措施代表了新興資產階級的利益，為封建頑固勢力所不容。清政府中的一些權貴顯宦、守舊官僚對新政措施陽奉陰違，託詞抗命。
光緒帝的變法觸動了滿洲舊勢力貴族和眾多封建官僚的利益，他們聚集起來，竭力反對變法。當聽說光緒帝企圖讓袁世凱派兵慈禧太后，殺死榮祿時，慈禧等人發動戊戌政變，拘禁光緒皇帝，並處死了譚嗣同等六人。
慈禧以前一直認為光緒是自己帶大的，應該是最聽話的傀儡，現在卻聽信維新派要殺自己。光緒被囚禁起來後，慈禧就想殺了他，另立一個傀儡皇帝，對外慈禧就說光緒生了重病，只能臥床不起。
不僅如此，慈禧還將端親王載漪的兒子溥儁立為皇儲。這些宮中秘事卻不小心流傳了出去，外界輿論一片譁然，變個法就讓光緒帝生了重病，還立了皇儲，這不明擺慈禧想要殺掉光緒，另立新皇帝嗎?
支持光緒變法的洋人們看不下去了，特別是英國和法國，他們公開要求親自去給光緒看病，而且表示中國的皇帝他們只認光緒。
戊戌政變後，中國北方興起義和團運動，慈禧最初主剿，但鎮壓屢屢失敗，義和團迅猛發展並進入北京。列強要求清政府完全剿滅義和團，並且不顧清政府的反對，堅持調兵進京。
當洋人們表示中國的皇帝他們只認光緒之後，引起了慈禧的強烈不滿，於是慈禧產生了利用義和團對抗列強的想法，對列強宣戰（並未下宣戰詔書）。慈禧的決定，遭到了劉坤一、張之洞等地方督撫的反對，他們聯名電奏清廷，力主剿滅義和團，並與列強訂立條約，實行“東南互保”。慈禧一方面要求各省將軍督撫認真佈置戰守事宜，繼續利用義和團圍攻使館、抗擊八國聯軍；另一方面，她令榮祿前往使館慰問各國使臣，又分別致國書於俄、英、日、德、美、法等國元首，請他們出面“排難解紛”、“挽回時局”，並將兩廣總督李鴻章調任直隸總督兼北洋大臣，準備與列強談判。但是，八國聯軍並沒有停止進攻。
公元1900年8月14日，八國聯軍攻入北京；次日凌晨，攻紫禁城東華門，慈禧帶著光緒帝、皇后等人逃往西安，令奕劻、李鴻章為全權大臣，與列強進行談判，把戰爭的責任推到義和團身上，下令對義和團“痛加剿除”。之後簽了喪權辱國的“庚子賠款”，付了4億5千萬兩白銀賠償的慈禧這下乖了，再也不想廢光緒一事，只是把光緒皇帝囚禁了。
公元1908年10月，光緒生病臥床。這時慈禧也生病了。光緒在日記中寫道：“我病得很重，但是我心覺得老佛爺（指慈禧）一定會死在我之前。如果這樣，我要下令斬殺袁世凱和李蓮英。”不料這段日記被李蓮英獲悉，他立即報告了慈禧，說：“皇上想死在老佛爺之後呢！”慈禧聽了，恨恨地說：“我不能死在他之前！
公元1908年11月14日，光緒皇帝身故，終年38歲，慈禧太后命溥儀繼承皇位。公元1908年11月15日，慈禧太后於中南海儀鸞殿病逝！
名醫屈桂庭在《診治光緒帝秘記》記載光緒死前三天“在床上亂滾”，“向我大叫肚子痛得了不得”，且“面黑，舌焦黃”，“此係與前病絕少關係”。而光緒入殮也一反常規地由宮內太監辦理，諱莫如深。
據說是慈禧令太監將他毒死的。有的學者認為，由於袁世凱的叛賣告密，使慈禧鎮壓了維新運動。袁世凱擔心慈禧死後光緒重新執政，將會問罪於他，於是就與慶親王勾結，打算廢黜光緒，立慶親王之子為帝，事不成，就下手毒殺了光緒。又有學者認為光緒是病死的。政治上的失意，長期的精神抑鬱，更使他患有嚴重的神經官能症，心悸、失眠、食慾不振等症狀相繼出現，逝世前一年已病入膏肓，直接死亡的原因，可能是心肺功能的慢性衰竭，併發急性感染。這一說法為多數學者接受。
在2008年，經過對光緒皇帝殘留的一縷頭髮的鑑定，證實光緒皇帝死於砒霜中毒。
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