土默特作為泰加森林中的林木百姓一部，距離漠北高原極北之地遠離草原，而其最早起源可追溯至成吉思汗的母系祖先豁裡.禿麻惕人豁埃馬闌勒。在公元十二世紀後，他們常常加入斡亦剌聯盟，與札答蘭人或乃蠻人聯合與蒙古人對抗，最後被蒙古人征服加入蒙古聯盟。
有傳說這樣描述土默特的歷史:土默特啊!保衛阿爾泰北十二道關口，成為大鵬之翼，成為拴馬的桅杆，成為長蛇陣的後衛，成為打擊來犯之敵的偏師。入有所得，出有所攜，高山之敖包，平原之豐碑，居後之殿軍，十二土默特。如上所述，在蒙元時代土默特成為帝國邊界的衛士，屬於窩闊臺汗國臣民。
公元1368年，蒙元被朱元璋攆出中原逃到蒙東號韃靼，這之後的一百年草原戰亂不斷 ，先是大明聯合瓦剌絞殺韃靼，後是瓦剌稱霸草原，黃金家族幾乎被屠殺殆盡，韃靼已經名存實亡。這時漠南幾乎無人煙，土默特人因此隨瓦剌從極北之地南下進入漠南河套宜居之地發展繁衍。
公元1479年後，黃金家族唯一傳人孤兒達延汗在可敦滿都海塞因的有力庇護下崛起，依靠土默特人為班底的騎兵反擊瓦剌，將其驅離漠南之地，這樣韃靼重新崛起並將蒙古各部重新分配成左右六翼。達延汗長子巴爾斯伯羅特成為右翼濟農，達延汗孫俺答統治土默特十二部，而在其哥哥袞必裡克墨爾根去世後，於公元1542年統治韃靼右翼三個萬戶:土默特、鄂爾多斯、永謝。後不斷攻擊大明和瓦剌，並將蒙古大汗達賚遜庫登所屬察哈爾部逃離到遼東，並稱雄漠南號稱金國，俺答號索多汗。
公元1570年後，俺答在土默川建大板升城，兩年後建庫庫河屯城（呼和浩特）。1578年與黃教首領索南加措會面，被封為法王大樊天，索南加措被封噠賴喇嘛。後在大板升城建立美岱召藏式寺廟，其孫雲丹加措被選為四世達賴。
土默特金國時代，勢力不斷向東方拓展。俺答長子辛愛黃臺吉帶領部分土默特人和全部蒙古貞人東遷宣化喜峰口，1586年其子扯力克與蒙古貞女子合丞結婚。1620年，辛愛黃臺吉孫鄂布楚虎爾率三萬土默特蒙古貞人東進遼西，躲避察哈爾林丹汗的攻擊，其中土默特一萬人進朝陽地方，蒙古貞二萬人進阜新地方。
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