縱觀整個晚清的發展，交織著錯綜複雜的社會矛盾，在尖銳而又複雜的階級鬥爭和民族鬥爭中，社會發展間有嚴重曲折。現在反映歷史進程的工具愈來愈多，能夠從文件，數字裡面獲取的線索也愈來愈多，解析一件歷史事件可以將其碎片化，將這些碎片細節整合重新排列組合得出不同的結論。
太平天國運動是可以說是清朝歷史發展的重要分水嶺，轟轟烈烈的太平天國運動不僅佔領了大半山河，建立了與清政府相對峙的政權，而且對清朝政府的運行結構產生巨大影響，促進了清政府與外國勢力交流的加速期和蜜月期。然而，其中最重要的影響是中央權力的外移，中央政權的權力外移必然伴隨著地方政權的興起。
結合史料研究，本文將主要從財政和軍事兩方面來論述太平天國對清朝地方政治軍事集團興起的影響。
研究北洋軍閥史的學者來新夏認為，後世的北洋軍閥分崩割據的霍亂根源在於太平天國時期湘軍形成的兵為將有，自專兵餉。誠然，財政是國家政權的重要支撐，財政職能是政府職能的化身，政府各項職能的行使都必須藉助於財政職能的履行才能完成，財政權和兵權的流失對於任何一個封建王朝的打擊是致命的。
1853年以前，清朝政府的財政管理實行的是高度中央集權制，以量入為出為原則，地方政府徵收的全部收入須上交中央，徵收款項扣除留存部分即全部運往國庫管理，全部庫銀彙集國家財政中樞戶部。存留部分包括地方官的薪俸以及額定的開支兩部分，沒有機動的財政款項。地方財政留存經常不足，難免會有地方財政的虧空。官員們為轉移財政危機，巧立名目攤派銀兩，加深對農民的壓迫，這也是太平天國興起的主因之一。咸豐朝基本上與太平天國政權相始終，咸豐朝是兵權與財權變動最為顯著的一朝。太平天國發展迅速，而且佔領區主要是大片江南富庶地帶，直接造成清政府財政收入的來源急劇縮小。戰場範圍的擴大，使江南農業經濟迅速凋敝。清政府軍費及賠款支出同時也導致戶部村存銀銳減，中央財政入不敷出，已無力應對持續增加的浩繁軍費。
咸豐朝財政日益吃緊，咸豐三年的財政虧損為歷年來最多，面對日益嚴峻的局勢，中央政府是被迫允許各省“經營籌畫，自求生理”。事實上，中央已將籌餉之權下放地方。此後，類似“無論何款，迅速籌備”的諭旨頒佈頻頻，中央財政政策已難以維持。1854年，上諭稱，“歷經各路統兵大臣及各直省督撫奏請設局捐輸，均已允行”，地方獲得籌餉權已成定局。清政府對於中央財政權力下移的狀況也有清晰的認識，在戰爭時期，政府還需要地方組織訓練軍隊維護政權，能做的調整有限，餘力不足無法兼顧。1851年～1864年，清檔案材料表明地方督撫不斷擴大其財政權，清廷雖然多次進行整頓，但不僅沒有實現清廷恢復舊制的目的，反而出現了督撫權力的再擴張。晚清政權動盪不安，內外交困，維護政權向心已是竭盡全力。清政府財政權力和軍事權力的下移不僅意味著政府影響力下降，為地方政治軍事集團的興起奠定了經濟基礎。
在太平天國時期，清政府為了建立堅固的防線、反攻根據地以便推行軍務政務，需要高效率辦事機構。在戰爭平息之後，因事設局成為主流。因為因事設局，辦事效率比舊式衙門高，能處理一些非常規的戰後事務。雖然因事設局也帶來行政機構膨脹的弊端，但已具有近代化國家機構設置的重要特點。在地方財政各類專門機構的設立後，財政權完全落到了督撫手中，布政使完全聽命於總督、巡撫，中央對地方財政的掌控能力大幅度削弱。
督撫為避免戶部干預而採取隱匿地方收入作為的主要手段。曾國藩於1860年仁兩江總督時，就已創辦土藥捐，但在第五案報銷案中，只列釐捐、鹽釐等收入，而未列“土捐”收入。至於厘金、雜捐的實收數量，各省隱匿虛報已經是公開的秘密。因為有隱匿收入，所以各省無不有各種小金庫，如山西善後局，不明來歷的餘款達37萬餘兩。在太平天國運動時期，清政府採取捐輸、舉借內外債務、預徵錢糧 和錢糧津貼、創辦厘金、築發大錢、徵收鴉片稅來應對財政危機。這些舉措使得民眾大量的財產無形之中蒸發，大量的商人破產，農民的負擔加重，流民愈來愈多。地方也趁政府放鬆對地方財政監管的機會大力搜刮民脂民膏。
同時，在太平天國時期，外國列強趁中國內戰之際，通過第二次鴉片戰爭，強行奪取了中國的海關行政管理權和茲口稅收的特權，重新修改了海關稅則。雖然海關稅在逐年增加，白銀外流速度更快，加嚴重阻礙了晚清中國經濟社會的健康發展。
太平天國時期產生了許多新的財政收入思想，其中以馮桂芬為代表提出了系統的思想。馮桂芬的財政思想與魏源一脈相承，在學習西方資本主義方面有所發展和補充。馮桂芬的財政收支思想涵蓋了田賦、漕糧、關稅及厘金諸多方面。馮桂芬的主要主張有“均賦”、“折南漕”、“撤關入釐”和“改土貢”。在19世紀60年代初，曾國藩、李鴻章為了保持自己控制區的財政經濟實力，由馮桂芬代李鴻章草擬《請減蘇淞太浮糧疏》，在其中重申自己的主張，馮桂芬的主張在一定範圍內得到了實現。清朝後期的權利外移和北洋軍閥集團的形成絕非偶然，在內外動盪的時代下，權力下移是政權自我調整措施，統治集團內部運行機構的滯後無力收回下放的權力。
封建王朝最重要的兩個工具：財政和兵權，這兩項權利的下放使得地方官吏完全掌握了地方的控制權，容易形成小的政治軍事集團，政治離心力擴大。後世北洋軍閥集團地方割據、派系林立的淵源可追溯至此。
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