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因为两个查重软件的算法不一样。
Paperfree我去年写论文的时候也用过，这个网站的策略是通过算法增加你论文的重复率，从而兜售自己的降重服务。
明确自己学校用的查重软件是哪个，然后自己提前用这个软件查重即可，不用过多的担心。
聂一
毕业论文硕士和博士期间我都查过，说一下自己的心得体会。硕士的时候用过paper pass和paper test，因为这个相对来说比较便宜，但是呢也有缺点，就是查出来的重复率相对比较高，当时都快到交论文时间了还高的吓人，好像都超过30%了，于是乎就狠了一下心买了知网查重帐号，印象中花了好几百，然后显示非常低，10%左右。所以刚开始的论文初稿可以用paper来初查，但是后面的话如果不放心就用知网帐号来查一下！知网帐号淘宝上都可以搜到，那么由此可见同一篇论文paper的查重率比知网要高，这可能跟系统有关。
文韬武略—志在四方
建议选着与学校相同的查重平台，知网目前已知比较严格的。
LearningYard学苑
第一，提交给学校进行知网检测时，是要求全文上传的，系统会根据目录进行分章检测。如果你在第一次在paperfree检测时只是上次的正文部分检测，提交给学校的是整篇论文，那么检测的结果很有可能就会有差异。
第二，有的同学自己提前进行了查重，并且修改了重复的地方，于是就放心的提交给了学校，结果没通过，于是他们就会认为是自己提前检测用的系统不行。其实不同的检测系统之间是没有可比性的，因为不同的系统收录的数据和检测重复率的算法都不同，所以检测出结果不同是很正常的。我们在提前检测时，无论重复率是否已经达到学校的要求，也都需要将标红的内容进行修改，尽可能的将重复部分全部修改好，这样通过学校检测的机会就会大大增加。
第三，同学们还需要了解的是知网查重系统是分为有好几种，针对不同类型的论文检测的费用和数据库也会有所不同，本科生用的都是知网pmlc。有些同学提前检测时为了节约检测费用，使用的是知网小分解，而提交学校使用的是知网pmlc系统，所以检测的结果也会有所不同。
