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根據稅法的有關規定，個人股權轉讓所得個人所得稅以被投資企業所在地地稅機關為主管稅務機關。那麼如果扣繳義務人錯誤地將稅款上繳至其自身主管稅務機關，並且該稅務機關已將稅款徵收入庫，被投資企業所在地地稅機關要求納稅人補繳稅款時，是否應該加收滯納金呢？本文與您分享一則這樣的案例，並將對這一問題和其他相關問題進行分析，為您解開疑惑。
一、案情簡介
2015年，北京甲公司自然人股東與浙江乙公司達成股權轉讓協議，由乙公司購得甲公司自然人股東名下100%份額的股權。之後，乙公司在向甲公司股東支付股權轉讓款時扣除了股東應繳納的個人所得稅稅款，並在乙公司所在地主管稅務機關進行申報繳納，隨後，乙公司所在地主管稅務機關將該筆稅款解繳入庫。之後，北京甲公司所在地主管稅務機關發現甲公司股東存在將股權轉讓給浙江乙公司的情形，但未收到乙公司代扣代繳申報繳納的股權轉讓所得個人所得稅稅款。乙公司錯誤地將稅款繳納至其所在地的主管稅務機關，現向其主管稅務機關申請退稅。同時，甲公司所在地主管稅務機關要求轉讓股權的甲公司股東補繳其應交個人所得稅，還要求其繳納稅款滯納金，股東對此持有異議，遂與主管稅務機關發生爭議。
二、爭議焦點
本案爭議焦點為，扣繳義務人將代扣的個人所得稅稅款向錯誤的稅務機關繳納，個人補繳稅款時是否需繳納稅款滯納金。
三、法律分析
（一）乙公司申報納稅入庫選擇主管稅務機關錯誤
《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》（國家稅務總局公告2014年第67號）第十九條規定：“個人股權轉讓所得個人所得稅以被投資企業所在地地稅機關為主管稅務機關。”
由這一規定可以看出，本案甲公司股東股權轉讓所得個人所得稅的主管稅務機關應為北京甲公司所在地的稅務機關，扣繳義務人、納稅人應當在甲公司所在地稅務機關進行申報繳納個人所得稅，因此乙公司將稅款上繳至其自身主管稅務機關屬於選擇主管稅務機關錯誤。
（二）乙公司單獨進行納稅申報不符合稅法的規定
《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》（國家稅務總局公告2014年第67號）第十九條規定：“具有下列情形之一的，扣繳義務人、納稅人應當依法在次月15日內向主管稅務機關申報納稅：（一）受讓方已支付或部分支付股權轉讓價款的；……”。
從該條款的規定可以看出，股權轉讓所得個人所得稅的納稅申報主體為扣繳義務人和納稅人，即納稅申報事項應由扣繳義務人和納稅人一同完成。個人股權轉讓所得不同於一般的財產轉讓所得，一般的財產轉讓所得個人所得稅實行支付款項一方代扣代繳的方式，而個人股權轉讓所得個人所得稅則是由扣繳義務人與納稅人一同到主管稅務機關申報繳納，以便稅務機關核實股權轉讓情況。因此，本案僅由作為股權受讓方的乙公司單獨進行納稅申報不符合稅法的規定，系納稅申報主體錯誤。
（三）乙公司所在地主管稅務機關應當對錯徵的稅款予以退稅
《稅收徵管法》第五十一條規定：“納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現後應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。” 從《稅收徵管法》的這一規定可以看出，納稅人多繳稅款的，無論是稅務機關發現還是納稅人自行發現申請退還，稅務機關都應當將多徵的稅款予以退還。本案中，乙公司向其所在地主管稅務機關繳納了本不應該向其繳納的稅款，本質上屬於《稅收徵管法》第五十一條所規定的多繳稅款的情形，雖然乙公司所在地主管稅務機關沒有發現錯徵稅款，但乙公司在三年的期限內發現並且申請退稅，乙公司所在地主管稅務機關應當予以退稅。
（四）甲公司所在地稅務機關不應再對應徵稅款加收滯納金
1、稅款未及時入庫系稅務機關的責任所致，不應加收滯納金
《個人所得稅管理辦法》（國稅發[2005]120號）第十七條規定：“稅務機關接受納稅人、扣繳義務人的納稅申報時，應對申報的時限、應稅項目、適用稅率、稅款計算及相關資料的完整性和準確性進行初步審核，發現有誤的，應及時要求納稅人、扣繳義務人修正申報。”由此可見，稅務機關在納稅人、扣繳義務人納稅申報過程中應進行相應的指導，如有錯誤應及時要求其予以修正。本案中，乙公司所在地主管稅務機關在乙公司申報納稅入庫稅務機關選擇錯誤的情況下，仍將稅款徵收入庫，使得甲、乙公司對於乙地稅務機關的徵收行為均已形成一定的確信力。因此，稅務機關的過失是個人股權轉讓所得個人所得稅申報入庫地點錯誤的主要原因，即稅款入庫錯誤應屬稅務機關責任所致。
因此，結合《稅收徵管法》第五十二條“因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款、但是不得加收滯納金”的規定可知，稅務機關可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不能向其加收滯納金。
2、納稅人未佔用國家稅款，已履行了稅收債務，不應再加收滯納金
所謂稅收滯納金，是指在稅收遲滯繳納後，為督促稅收債務人履行稅收債務，而在其原負之稅款債務外，就滯納稅額，按滯納期間經過之日數，乘以滯納稅額之一定比例而加徵的金錢給付義務。《國家稅務總局關於偷稅稅款加收滯納金問題的批覆》（國稅函發[1998]291號，已廢止）明確規定了滯納金是納稅人或者扣繳義務人因佔用國家稅款而應繳納的一種補償，國家稅務總局後續規範性文件再未對滯納金的概念及性質予以明確。該文雖已廢止，但是稅款滯納金是納稅義務人、扣繳義務人遲延履行納稅義務而對國家進行的一種補償的說法在學界乃至實務界已得到較為普遍的認可，從這個角度看，只有發生納稅義務人或扣繳義務人佔用國家稅款的情形，納稅人或扣繳義務人才需要向稅務機關繳納滯納金，以對自身佔用稅款給國家造成的損失進行彌補，而如果不存在佔用國家稅款的情形，就自然不需要繳納滯納金。
本案中，應交稅款早已徵收入庫，作為納稅人的自然人股東和作為扣繳義務人的乙公司均未佔用稅款，其已經履行了對於國家的稅收債務，雖存在稅款入庫地點錯誤的情形，但並不能否定納稅義務人和扣繳義務人未佔用國家稅款的事實。況且稅款入庫地點錯誤屬於稅務機關責任所致，因此，甲公司所在地主管稅務機關不應再對股權轉讓個人所得稅稅款加收滯納金。
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