白朮春季主要病害有立枯病、根腐病、白絹病等；主要蟲害有小地老虎、蠐螬等。防治原則應遵循“預防為主，綜合防治”的植保方針，優先採用農業、物理、生物等防治技術，合理使用高效低毒低殘留的化學農藥。
立枯病
立枯病俗稱“爛莖瘟”，是白朮苗期重要的病害，始發期在幼苗莖基部近土層交界處出現水漬狀黃褐色斑點，後沿維管束上下傳播。早春低溫陰雨、排水不暢、連茬種植發病較重。
防治措施：收穫後及時清潔田園；實行輪作；及時開溝排水，降低田間溼度；播種或移栽前用多菌靈或木黴製劑等進行土壤處理；發病初期及時選用70%噁黴靈可溼性粉劑等噴灑在植株基部進行防治。
根腐病
白朮根腐病為白朮生長中後期的主要病害，4～5 月開始發病，越發病後病菌主要通過雨水、病殘體擴散進行重複侵染；6～7 月進入盛發期，土壤潮溼、雨多量大的年份發病較重。
防治措施：選擇抗性品種；選擇地勢高、排水良好的地塊，雨季及時排水，及時拔除病株；與禾本科作物輪作間隔5年以上；施足基肥，多施有機肥、磷鉀肥。栽種前用70%惡黴靈可溼性粉劑3000倍液蘸根1h，晾乾下種；用3%廣枯靈（惡黴靈+甲霜靈）製成藥土，順栽植溝撒施；4月下旬至5月下旬用 50%多菌靈可溼性粉劑1000 倍液防治。
白絹病
4月中下旬以後，若有發病植株，將其帶土移出集中銷燬，並在病穴及周圍撒生石灰消毒；6月發病盛期，用50%多菌靈可溼性粉劑1000倍液或2%農抗120水劑200倍液噴灑植株基部，每隔10天一次，連續二次，上述農業防治技術交替使用。
地老虎、蠐螬
白朮苗出土後至5月，地老虎為害最嚴重，常用防治方法有人工捕殺、糖醋液誘殺、毒餌誘殺、堆草誘殺及噴霧防治，以人工捕殺為主。
立夏至霜降期間，白朮收穫前，均有蠐螬為害，在小暑至霜降前為害最嚴重。一是藥劑進行土壤處理，在播種或栽種前，用5％辛硫磷顆粒劑2．5～3．0 kg處理土壤，或者苗期用40％辛硫磷乳油拌成毒土，順壟條施，隨機翻耕。二是人工捕殺。在9～10月翻土。此時蠐螬還未入土深處越冬，在翻土時進行捕捉。
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