从传染病的基本流行规律而言，影响新发传染病发生的因素主要分为传染源的变化、疾病的传播途径及方式的改变以及人类自身对疾病的抵抗能力改变三个方面，其他因素如环境、社会等通过对上述三个环节的作用而发挥影响。关于影响新发传染病发生和出现因素的分类方法也多样，新发传染病的发生和流行是众多因素共同作用的结果。主要影响因素有以下几个方面。
1.人口密度增加与快速流动
人口的快速增加对于新发传染病的发生及播散有重要作用，首先人口密度的增加导致人口拥挤和城市化加剧，增加了传染病在人与人之间传播的概率；人口的增加导致人口流动的增加、难民数量及营养不良者的增加，直接或间接影响了新发传染病的发生及蔓延。据估计，目前全球每天有200万人在跨国界流动，包括每周约100万人在发达国家与发展中国家的流动。
而携带某种病原体的旅行者可能将疾病传播至非疫区的易感人群，同时旅行者也有可能在国外感染其他的传染病并传回国内，导致原本在本国不存在的传染病的播散流行。更为重要的是，现代交通工具的发达，使得人们及货物可以在很短的时间内在全球范围内旅行，甚至于在多数传染病的一个潜伏期内即从发生流行的疫区传播到世界各地。
2.药物滥用
由于抗生素等各种药物的滥用，导致病菌很容易产生抗药性，病原微生物的生命周期短，发育迅速，容易通过交换或突变产生新的基因，抗药性通过遗传不断积累，而大量产生具有抗药性的新耐药菌株。耐药谱越来越广，具有抗药性的病菌很容易蔓延，也增加了疾病控制的难度。新中国成立初期，结核曾得到有效控制，近10年来发病率显著上升的主要原因是出现了耐药菌株。
3.饮食习惯和生活方式
生食肉类等习惯，是造成许多动物源性传染病传播的重要因素。粤菜以烹制蛇、狸、猫、狗、猴、鼠等野生动物而负盛名，从而导致SARS的暴发流行。影响新发传染病发生的复杂因素中，人类本身生活方式的改变，如生活电器化、性乱行为、吸毒、猎食野生动物、个人卫生习惯、国际旅行、户外探险等行为对于传染病向新的人群传播扮演着重要角色。
4.病原体进化和适应
新发病原的出现一般分为抗药株的出现、新的病原体出现、原有病原体的毒力及所产生毒素发生改变、慢性病的致病因子的发现等。
尽管微生物数量及种类众多，但其中仅有很少一部分可以引起动物和人类的疾病。为了生存，微生物必须适应特定的生态环境。病原体通过特定基因或基因产物侵入动物、人类并生长繁殖。这些特定基因产物多种多样，可在宿主间传播、细胞表面吸附并侵入细胞、针对或抑制特定或非特定的宿主免疫反应、在宿主体内外维持或生存、对抗生素的抵抗力方面发挥作用。
从而通过基因突变、基因重组和基因转移，使得非致病性微生物变成致病性(尽管概率很低)、低毒力的病原体变成高毒力。常见的病毒进化机制有点突变、分子内重组、基因配伍、重组和突变、基因重排等；而细菌的进化过程中，点突变、基因重组和基因的水平转移是主要的推动因素。
抗药性的出现比一种新的传染病更具威胁。尤其是当新发传染病及其相关媒介对相关药物敏感时更是如此。抗药性的种类较多，如抗生素抗药性、病毒抗药性、细菌抗药性、疟原虫抗药性、杀虫剂抗药性等。由于传染病病原体时刻在变化，往往因为选择性压力，而产生一些对抗生素有抵抗力的新的病原株。人类及动物的大量抗生素应用促进病原体面临更大的选择性压力从而导致抗药性更易发生。
5.公共卫生基础及体系
战争和自然灾害、经济衰退、人类的行为等因素的单独或综合作用都会引起卫生保健服务和设施的削弱甚至崩溃，并导致传染性疾病的出现和再发。在发展中国家，对传染病的忽视导致了传染病防御控制措施如监测和免疫的松懈，而监测系统的局限性以及检测技术的匮乏导致了公共卫生体系在预防控制传染病暴发方面的能力不足。
尽管科学技术的发展大大增加了包括新发传染病在内的疾病的发现、诊断和控制能力，但也增加了新发传染病的危险，特别是在使用新技术较多的发达国家，如一些医学操作导致院内感染的增加(如金黄色葡萄球菌)。另外可能导致疾病增加的因素有新的医疗设备、器官/组织移植、人员缺乏、卫生设施缺乏、媒介控制不力、原有的公共卫生干预措施和基础废弃或者削弱(战争、经济衰退、人为)、医疗服务增加导致的药物及免疫抑制剂的使用增加等。
6.医疗方式的改变
动物器官向人体的移植、免疫抑制剂等广泛使用，也加速了病毒、细菌等病原体的扩散、变异和进化，出现一系列新的致命病原体的感染传播。
7.环境的破坏
人类发展过程中所从事的各种活动如农业开发、森林采伐、环境改变等都会对新发传染病的发生产生重要影响。人类社会的生存、开发行为使得人类与自然界尤其是动物的接触机会更为密切，导致动物性疾病增加；水资源的管理如大坝的修建等，可能会因导致以蚊子为传播媒介疾病的发生、流行，如非洲的裂谷热的传播即是由水的变化导致蚊子孳生增加而引发；贸易发展使得食物供应呈现全球化趋势，也意味着如果食物在加工、处理过程受到污染，则很可能使进口国发生食源性疾病。
8.气温升高等气候变化
气候变化可以促进一些疾病尤其是蚊媒类疾病，如疟疾、黄热病和登革热的跨地区传播。不断增加的气温和雨量已经使在亚撒哈拉非洲和拉丁美洲地区的疟疾疫区不断扩大，而且可能在今后数十年内在发展中国家导致增加数百万病例。
动物性传染病能够在自然界自然循环，只有当人类进入该循环圈，或者因为包括生态及气象因素等的内环境改变时，才能导致人类发病。如鼠传疾病主要取决于环境状况及鼠类食物情况导致的数量增加及行为改变。研究表明，1991～1992年的厄尔尼诺现象导致的大量降雨使得鼠类数量急剧增加，从而导致在美国发生了第一次有记录的汉坦病毒引起的肺综合征的暴发。
许多重要传染病的发生主要取决于媒介对外部的气温和适度的敏感性。因此气候的改变常常会导致媒介地理分布、数量的改变(如滋生地、宿主、水源质量、植被等)，从而影响到疾病的发生及播散。温度可以影响病原体在媒介体内的繁殖和成熟率，也会影响媒介本身的生存率，从而影响疾病的传播。影响疾病传播的气候因素包括温度、湿度、降雨量、海平面的升高等。这些因素之间的复杂作用也同社会因素一起影响着媒介传播疾病的发生。
9.野生动物的接触和过度使用
野生动物是自然疫源地病原体的天然储藏库，这些原本存在于动物体内的病原体与人类和平共处，互不干扰。人类生产、开发行为使人类与自然界尤其是动物宿主与媒介宿主接触更为密切，一些野生动物身上的病原体不断传播到人体，导致一些原存在于自然界中不为人所知的疾病感染人类的机会大增，人类进入自然疫源地被感染后，又向更大区域传播。病原体从一个物种转移到另一个物种，往往导致一种新的传染病流行。开发自然资源、兴建水利等可能促使环境变化，导致病原体生存环境、媒介孳生环境显著改变而导致疾病传播、扩散。
10.全球贸易快速发展
贸易全球化使物流全球化，交通发达使海空运量大幅增加，沾染、污染或夹带了致病微生物、传播宿主的商品货物在全球范围内快速流动，有可能让某些传染病迅速传播，发生新的疫情。
11.地域因素
有人综合全球新发感染性疾病历次疫情暴发情况、气候等各种因素做出了“危险分布图”，是指全球可能发生下一个新发传染性疾病的地方。新发感染性疾病的高危地区在拉丁美洲、热带非洲和亚洲。新发感染性疾病的分布有地域差异，在北纬30度和南纬30～40度的区域内，新发感染性疾病的发生比较集中，最“热门”地区为美国东北部、欧洲西部、日本和澳洲东南部。东亚、印度次大陆、尼日尔三角洲、非洲主要大湖地区以及拉美部分地区特别容易受到来自野生动物所携带病原体的攻击。
20世纪70年代以来，新发传染病至今达40余种，而且其病原微生物种类复杂，有病毒、细菌、立克次体、衣原体、螺旋体及寄生虫等。新发传染病不仅危害人体健康，并给发展中国家和地区的畜牧业、旅游业造成毁灭性打击，造成极大的经济损失，是新世纪人类所面临的最大的威胁与挑战之一。所以，我们必须重视和加强对新发传染病的预防控制和研究，提高抗击新发传染病的能力，确保国家的人口安全。
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