有限責任公司發生股權權屬變更十分常見，且原因多樣，其中計稅問題更是繁雜多變，涉及稅種、稅率、稅收優惠以及不同地區的稅收政策的區別等，本文從有限責任公司股權轉讓的角度總結稅收法律規定。
一、從轉讓方與受讓方的角度總結應納稅種
（一）股權受讓方應納稅種
需要繳納印花稅，稅率為0.05%，計稅基礎為合同所載金額。
【法律依據】
《中華人民共和國印花稅暫行條例》（2011修訂）第二條第（二）項
《中華人民共和國印花稅暫行條例施行細則》第五條
（二）股權轉讓方應納稅種
需要繳納企業所得稅，居民企業（含外商投資企業）適用稅率25%；個人所得稅，若賣方為境內個人居民，適用稅率20%；印花稅，稅率為0.05%。
【法律依據】
《中華人民共和國個人所得稅法》（2018修正）第二條第（八）項、第三
《中華人民共和國企業所得稅法》（2018修正）第四條
《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》（2018修訂）第六條第（三）
《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》（2019修正）第十六條第（三）項
《中華人民共和國印花稅暫行條例》（2011修訂） 中華人民共和國國務院令第588號 第二條
《中華人民共和國印花稅暫行條例施行細則》第五條
二、計稅方法
依據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法(試行)》第四條應納稅額的計稅公式=（股權轉讓收入-股權原值-合理費用）*20%
（一）股權轉讓收入
股權轉讓收入確定的基本原則是按照公平交易原則確定。也就是說納稅人轉讓股權，應當獲得與之相匹配的回報，無論回報是何種形式或名義，都應作為股權轉讓收入的組成部分。通常情況下，股權轉讓收入就是轉讓方在轉讓當期或後續期間獲得的各種形式及名義的轉讓所得，包括因股權轉讓而獲得的現金、實物、有價證券和其他形式的經濟利益；轉讓方取得與股權轉讓相關的各種款項，包括違約金、補償金以及其他名目的款項、資產、權益等，均應當併入股權轉讓收入。
（二）股權原值
個人轉讓股權的原值依照以下方法確認：
1.現金出資方式：
以現金出資方式取得的股權，按照實際支付的價款與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值；
2.非貨幣性資產出資方式：
以非貨幣性資產出資方式取得的股權，按照稅務機關認可或核定的投資入股時非貨幣性資產價格與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值；
3.無償讓渡方式：
通過無償讓渡方式取得股權，具備下述所列情形的：繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關係證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人，按取得股權發生的合理稅費與原持有人的股權原值之和確認股權原值；
4.資本公積、盈餘公積、未分配利潤轉增股本：
被投資企業以資本公積、盈餘公積、未分配利潤轉增股本，個人股東已依法繳納個人所得稅的，以轉增額和相關稅費之和確認其新轉增股本的股權原值；
5.除以上情形外，由主管稅務機關按照避免重複徵收個人所得稅的原則合理確認股權原值。
股權轉讓人已被主管稅務機關核定股權轉讓收入並依法徵收個人所得稅的，該股權受讓人的股權原值以取得股權時發生的合理稅費與股權轉讓人被主管稅務機關核定的股權轉讓收入之和確認。
個人轉讓股權未提供完整、準確的股權原值憑證，不能正確計算股權原值的，由主管稅務機關核定其股權原值。
對個人多次取得同一被投資企業股權的，轉讓部分股權時，採用“加權平均法”確定其股權原值。
【法律依據】
《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法(試行)》第十五至十八條
（三）合理費用
合理費用是指股權轉讓時按照規定支付的有關稅費。
（四）核定收入
主管稅務機關在對股權轉讓收入進行核定時，通常採用淨資產核定法、類比法、其他合理方法。
【適用情形】
1.申報的股權轉讓收入明顯偏低且無正當理由的；
2.未按照規定期限辦理納稅申報，經稅務機關責令限期申報，逾期仍不申報的；
3.轉讓方無法提供或拒不提供股權轉讓收入的有關資料；
4.其他應核定股權轉讓收入的情形。
【法律依據】《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》十一條
（五）明顯偏低
1.申報的股權轉讓收入低於股權對應的淨資產份額的。其中，被投資企業擁有土地使用權、房屋、房地產企業未銷售房產、知識產權、探礦權、採礦權、股權等資產的，申報的股權轉讓收入低於股權對應的淨資產公允價值份額的；
2.申報的股權轉讓收入低於初始投資成本或低於取得該股權所支付的價款及相關稅費的；
3.申報的股權轉讓收入低於相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓收入的；
4.申報的股權轉讓收入低於相同或類似條件下同類行業的企業股權轉讓收入的；
5.不具合理性的無償讓渡股權或股份；
6.主管稅務機關認定的其他情形。
【法律依據】《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》十二條
（六）正當理由
1.能出具有效文件，證明被投資企業因國家政策調整，生產經營受到重大影響，導致低價轉讓股權；
2.繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關係證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；
3.相關法律、政府文件或企業章程規定，並有相關資料充分證明轉讓價格合理且真實的本企業員工持有的不能對外轉讓股權的內部轉讓；
4.股權轉讓雙方能夠提供有效證據證明其合理性的其他合理情形。
【法律依據】
《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》十三條
三、陰陽合同情形下股權轉讓收入的確認
陰陽合同較為常見，一般為規避較高的稅金，簽署兩份價格不一甚至差距較大的合同，陰合同的股權轉讓價格較高，為雙方的真實意思表示，簽署陽合同為工商變更登記及稅務納稅之便，合同雙方以合法形式掩蓋非法目的，雙方存在規避法律的不法目的，客觀上該行為違反法律法規強制性規定，因此陽合同無效，應該以陰合同確定股權轉讓價格。
【參考案例】
雲浮市天成電力開發有限公司清算管理人、廣東省雲浮市國家稅務局稽查局稅務行政管理(稅務)二審行政判決書 (2018)粵53行終22號
四、股權激勵享受遞延納稅政策
有限責任公司採用股權期權、限制性股權和股權獎勵等方式進行股權激勵的，符合規定條件的，經向主管稅務機關備案，可實行遞延納稅政策，即員工在取得股權激勵時可暫不納稅，遞延至轉讓該股權時納稅；股權轉讓時，按照股權轉讓收入減除股權取得成本以及合理稅費後的差額，適用“財產轉讓所得”項目，按照20%的稅率計算繳納個人所得稅。
【滿足條件】
1.屬於境內居民企業的股權激勵計劃。
2.股權激勵計劃經公司董事會、股東（大）會審議通過。未設股東（大）會的國有單位，經上級主管部門審核批准。股權激勵計劃應列明激勵目的、對象、標的、有效期、各類價格的確定方法、激勵對象獲取權益的條件、程序等。
3.激勵標的應為境內居民企業的本公司股權。股權獎勵的標的可以是技術成果投資入股到其他境內居民企業所取得的股權。激勵標的股票（權）包括通過增發、大股東直接讓渡以及法律法規允許的其他合理方式授予激勵對象的股票（權）。
4.激勵對象應為公司董事會或股東（大）會決定的技術骨幹和高級管理人員，激勵對象人數累計不得超過本公司最近6個月在職職工平均人數的30%。
5.股票（權）期權自授予日起應持有滿3年，且自行權日起持有滿1年；限制性股票自授予日起應持有滿3年，且解禁後持有滿1年；股權獎勵自獲得獎勵之日起應持有滿3年。上述時間條件須在股權激勵計劃中列明。
6.股票（權）期權自授予日至行權日的時間不得超過10年。
7.實施股權獎勵的公司及其獎勵股權標的公司所屬行業均不屬於《股權獎勵稅收優惠政策限制性行業目錄》範圍（見附件）。公司所屬行業按公司上一納稅年度主營業務收入佔比最高的行業確定。
【法律依據】
關於完善股權激勵和技術入股有關所得稅政策的通知-財稅(2016)101號
五、同一控制之下的股權轉讓
對100%直接控制的居民企業之間，以及受同一或相同多家居民企業100%直接控制的居民企業之間按賬面淨值劃轉股權或資產，凡具有合理商業目的、不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的，股權或資產劃轉後連續12個月內不改變被劃轉股權或資產原來實質性經營活動，且劃出方企業和劃入方企業均未在會計上確認損益的，可以選擇按以下規定進行特殊性稅務處理：
1.劃出方企業和劃入方企業均不確認所得。
2.劃入方企業取得被劃轉股權或資產的計稅基礎，以被劃轉股權或資產的原賬面淨值確定。
3.劃入方企業取得的被劃轉資產，應按其原賬面淨值計算折舊扣除。
【法律依據】
財政部、國家稅務總局關於促進企業重組有關企業所得稅處理問題的通知
（財稅[2014]109號）
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