康熙皇帝直接掌握國家大權以後，還做了一件大事，就是治理黃河。明末清初，兵荒馬亂，修黃河的事沒人過問。結果，本來就很容易出事的黃河，泥沙淤塞，氾濫成災，越發不可收拾了。
黃河一發大水，漫漫黃湯鋪天蓋地而來，不僅周圍百姓的房屋和田地被淹沒，就連運河上的運輸都被阻塞了。南方的大米運不到北京，清朝政府的開支和北方軍隊的給養都受到嚴重影響。康熙皇帝常常為這件事焦慮。他說：“河道關係到漕運（從南方通過運河把大米等物資運往北京，稱為漕運），是國家的緊要大事。”他把“河務”“漕運”“三藩”六個大字寫在宮殿的柱子上，每天吃飯、睡覺都琢磨怎樣處理才妥當。
康熙十五年（公元一六七六年），黃河又發了大水，揚淮地區七個州縣成了一片汪洋。第二年，等平定“三藩”的戰事一出現轉機，康熙皇帝就毅然決定，著手治理黃河。他選用了精明能幹的武英殿學士靳輔當河道總督。
靳輔是遼寧遼陽人，接到任命之後，他回到家中，想起河務繁雜，責任重大，前任決督就是因為辦理不善而被革職，不免長吁短嘆，發起愁來。正在這時候，外面走進一個人來。那人上前行禮，高聲說：“恭喜大人，黃河年久失修，天下必定要出現能夠擔當這件大事的人才。這樣的人才，不是大人又能是哪一個呢？況且，只要肯用心辦事，天下就沒有辦不到的事情。”靳輔聽了這話，心情頓時開朗了許多。那人又接著說：“在下保證以平生所學。輔佐大人。”靳輔連忙站起來道謝，說：“與君一席話，勝讀十年書。”他馬上打點行裝，很快就赴任去了。
進來開導靳輔的這個人名叫陳潢，是浙江錢塘人。他自幼聰明好學，喜歡研究農田水利方面的學問，後來屢次參加科舉考試，都沒有考中。六年前，他出外遊學路過邯鄲，在呂洞賓祠的牆壁上寫了一首詩，詩中寫道：“四十年中公與侯，雖然是夢也風流，我今落魄邯鄲道，要替先生借枕頭。”流露出懷才不遇的苦悶心情。
恰好這時靳輔赴安徽當巡撫路過這裡，也去呂洞賓祠遊玩，他一眼看到陳潢的詩，不禁拍手叫好。他又仔細一看，牆上墨跡未乾，知道陳潢還沒走遠。就急忙命家人四處查訪。沒過多久，家人找到陳潢，請他來見靳輔。兩人見面後，談得十分投機。按清朝慣例，凡是州縣以上的地方官，都要聘請幕賓，協同料理各種事務。靳輔當即決定請陳潢為幕賓。從此，陳潢就一直跟隨在靳輔身邊了。這一次靳輔任河道總督，自然也要帶著陳潢一起去的。
靳輔上任以後，帶著陳潢從黃河河口溯流而上，沿河視察了湖堰閘壩，勘測水情地勢，親自找兩岸百姓和工匠瞭解情況。晚上，他們查閱典籍資料，研究治河方略。他們往返幾百裡，經過三個多月的調查研究，終於擬定出大修黃河的方案，隨後，陳潢為靳輔一連草擬了八篇奏章，把他們的方案報告給康熙皇帝。他們提出，必須把黃河、運河、淮河視為一體，通盤治理。在治河技術上，除了承襲前人築堤等方法以外，他們又提出了放淤固堤法。把大量泥沙引進河岸的低塵地區造田；開引堵決法，使決口不堵自滅，以及測水法、減水壩等新辦法。
康熙皇帝覺得靳輔的治河方略既大膽又合理，很快批准了。並調來成千上萬的工匠、役夫，日夜施工。靳輔和陳潢每天親臨工地監督。民夫們先在黃河下游挖河三百里。這樣，不僅疏通了河道，而且把挖出來的黃河土築壩，填堵大小決口，使河水安然入海。然後，他們又在河南等地黃河中游河岸修築堤壩，成功地控制了周圍河澤湖泊進入黃河的水量。在第三期工程中，他們在淮河和運河先後動工，或堵決口築堤壩，或開河挑河改運口，把運河入黃河的河口由地勢低的地方改到地勢高的地方，結果長年淤積在揚淮地區七州縣的洪水退出了，運河的漕運也暢通無阻了，漕船行經黃河的航程縮短了十分之九，既安全又迅速。
治河工程的開銷很大，有時甚至要動用幾十萬兩甚至幾百萬兩白銀。有關官吏肥飽私囊很方便，那些靠做安發財的官吏一向把當河道總督看成是美差，從中可以發一筆大財。但是，靳輔這個人很廉潔，分外之財他從來分文不取。不僅如此，他還處處以身作則，不論哪裡出現險情，他都親自到現場指揮。黃河兩岸百姓和工匠伕役們對他讚不絕口，十分擁戴。
經過八年的努力，黃河大修和增修工程結束了。康熙皇帝聽說黃河大治，十分高興，決定南巡視察黃河河道。他先到山東，察看了黃河北岸河堤一百八十里。他有時登岸步行，有時親自涉水，用儀器勘測水勢地形。靳輔跟隨左右，對所有工程一一詳加解釋，說古論今，如數家珍。
康熙皇帝每到一處，都召集當地的耆老秀才，瞭解地方風土人情。百姓在他面前，異口同聲地讚揚靳輔廉潔奉公，治河有方。他聽了更加高興，視察完畢，就把靳輔召到面前，當面賜給他自己親筆寫的詩，還鼓勵說：“朕知道你實心任事，兩岸百姓也交口稱讚你。你治河有方，朕放心了。”說完又問：“你身邊一定有博古通今的人吧？”靳輔連忙如實地報告了陳潢的情況。後來靳輔又上書請求表彰陳潢十年如一日，幫助他治理黃河的功勞。康熙皇帝特地下命令，授給了陳潢金事道的官銜。
不料黃河防治工程完成以後，一場災難降臨到靳輔和陳潢的頭上。原來，康熙皇帝南巡的時候，偶爾提到開下河（疏浚黃河入海口）的想法，大臣于成龍等幾個人聽到這個風聲，就迎合康熙皇帝，在朝廷上正式提出開下河的主張。靳輔和陳潢得到消息，立即就地進行勘測。經過調查研究，靳輔上奏皇帝，說明提出開下河的主張不妥當。因為海口處河床不高，如果再深挖，海水很容易倒灌；不如修築海口河堤，防止河水泛流。康熙皇帝把靳輔召到北京，親自主持御前會議，討論此事。靳輔雖然據理力爭，但眾口難平。康熙皇帝也聽不進靳輔的意見，另撥二十萬兩白銀，讓另外一個大臣前往黃河入海口，專管開下河的事。
不久，又有一些人為了官田這件事彈劾勒輔。原來黃河水患基本消除以後，河兩岸一些無主荒田漸漸露出水面，可以耕種了，當地的豪田強紛紛搶地霸田。有些貧苦百姓也佔了小塊地種上了莊稼。靳輔為了這件事給皇帝上收，請求丈量田畝，把這些土地做為官田，讓百姓屯墾，收入做為治河經費。康熙皇帝批准了這個建議。這樣，地方上的豪強因為不能隨意霸佔土地而心懷不滿；那些佔了小塊地的百姓也受到一些影響。於是，惡意攻擊靳輔、陳潢的謠言就乘機而起：說靳輔治河無功，偏聽幕賓陳潢，甚至不同意開下河，也成了一條“罪狀”……于成龍暗中指使漕運總督，不放漕船進入中河，然後再四處散佈河道弊壞的謠言。靳輔在朝廷上百般辯解，但是，康熙皇帝也認為他在開下河和屯田這兩事上有過失，罷免了他的職務，陳潢的命運就更慘了，他被捕入京，活活氣死了。陳潢死後，靳輔十分難過。可是，他不肯向朝廷上的議論妥協，仍然堅持自己的主張。
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