三、明末气学三大家
明末清初，儒家哲学发生了重大的转变，由注重对世界观认识论的务虚探索转变为注重训诂博雅和通经致用的务实研究。这一转变最初由明末的气学家顾炎武开始。顾炎武从小就受到教诲“士当求实学，凡天文、地理、兵农、水火及一代典章之故，不可不熟究”。之后明朝灭亡他痛感儒生之无用，而投入国家治乱的探索，并加入抗清斗争。抗清失败后他转而游历著述，有丰硕的成果存世。在学术上他涉猎经学、史学、方志、地理、文字、考古、诗文等，著述丰富，成就卓越，对整个清代儒学产生了极大的影响。《日知录》是其代表作，为清代儒生必读之作。政治方面他反对君主独治，主张天下众治，强调舆论的作用，这些主张都为清末资产阶级革命所继承，为推翻清朝起到重要作用。
顾炎武涉猎广泛成就卓越，但他对心学思想的偏见是把气学最终引入考据的死胡同的原因之一
在哲学思想方面，顾炎武继承了气学的世界观，但却对哲学问题不感兴趣。他出身官僚家庭，对明末盛行主张士农商平等、重视下层民众的泰州学派极端仇恨。他认为是理学和心学的务虚导致了明朝的灭亡，这就导致了他在思想上的偏见和矛盾，最终导致他只注重学问研究的特点。他对心学尤其反对，认为心学是“空谈误国”，与魏晋玄学一样大逆不道，他反而认为某种意义上理学有利于禁锢思想，有利于长治久安。岂不知东汉将经学神化以愚弄人民，玄学用狂放清谈破除之，元明用理学教条愚弄人民，阳明泰州强调人的主体性以破之，两者都有重要的历史意义。当然在具体学问上，他不主张扶植只重四书的明代理学，应该恢复扎扎实实的经学研究以取代理学，于是经他而始开启了清朝经学的考据之风，将气学最终引入了死胡同。
黄宗羲的学问跨心学、气学两家，又是史学大家
明清之际另一位气学家是被称为清代“史学之祖”的黄宗羲。黄宗羲跨心学、气学两家，在意识形态领域他倾向于心学的反抗精神与批判精神，在学术领域他属于气学，崇尚实在的能够经世致用的学问。这种跨界使他成为明清之际一位特殊的儒学大师。
黄宗羲主张重大国是要给交太学讨论，太学要参政议政，太学领袖与宰相平等，太学有议会的作用
与顾炎武类似，明亡之后他同样投入反清起义，坚持八年后失败，转而投入著述和讲学之中。其在政治著作《明夷待访录》中猛烈批判君主专制，主张统一货币和工商皆本，提出了初步的民主政治要求，其书被乾隆列为禁书。他在书中抨击专制的弊端，并设计理想的社会。他说：“为天下之大害者，君而已矣。”他主张“天下为主，君为客”，君臣平等。在治国方面主张恢复宰相设置，重大国是要由太学讨论，太学要发挥议政的作用，宰相与太学领袖平等，这就有了议会思想的萌芽。法治方面认为“有治法而后有治人”，认为法治重于人治。在人才方面主张科举、荐举、太学、任子（世系）、邑佐（公务员提拔）、辟招（任命）、上书、绝学（专家）八者并用。其中“绝学”指“历算、乐律、测望、占侯、火器、水利之类”，这是主张提高科技的地位。在经济政策方面，主张“工商皆本”，鼓励工商发展……总之黄宗羲的政治思想具有极其强烈的民主政治气息，并为清末资本主义革命党所继承。
黄宗羲认为文史哲一体，以文补史，以史炼哲，开一代之儒学
在哲学思想领域，黄宗羲则认同气学，并力图贯通心学与理学。他认为气是本体，心和理隶属于气，是气的规律和利用，用气学统领理学和心学。黄宗羲注重本体论和认识论，而且把他们贯穿于经学和历史研究中，以期发挥实际作用，认为“经术所以经世，言性命者必穷于史”，开创了清朝史学新风。他认为文史哲是互补统一的，诗文所以补史，经术是对史的提炼和开拓，以史为根底，以哲为极致，二者统一融洽以成文，成为宋明儒学的总结者和清朝儒学的开创者。
近代科学进入中国之后，气学学者开始尝试打通科学与哲学的任督二脉
明朝末年，利玛窦等人将西方科学带入中国，使得中国自然科学开始走向近代化。这时期不仅出现大量自然科学研究者，还出现了汇通各门学科，并试图将科学与哲学打通的学者，这种综合性的研究方式体现了东方研究的特点。方以智就是其中代表。方以智是墨子之后，在王廷相基础上更加接近近代科学的学者。他提出了“质测通几”之学，成功的打通了自然科学与哲学，把儒家气学建立在自然科学的基础之上，成为一面独特的理论旗帜。
气学学者大多学识渊博，天文地理人文社科兼容并包
明清之际的气学家因其信奉经世致用的主张，经历大多相似。方以智在明朝灭亡先后加入南明弘光、永历政权抗清，因遭排挤而流亡，后来被清朝通缉而入佛门。似乎资本主义启蒙时代中西都会出现类似达芬奇一样的博学人物，和顾炎武、黄宗羲一样，方以智也是学识渊博，“凡天人、礼乐、律数、声音、文字、书画、医药，下逮琴剑技勇，无不析其旨趣，著书数十万言”。早年他融汇中西自然科学，著有《通雅》、《物理小识》，为重要的自然哲学作品，后来遁入佛门也力求贯通儒道佛三家，著有《药地炮庄》、《东西均》等，思想极为深玄超透。
方以智既能够接受西方近代科学思想，又能客观认识其不足，能够贯通科学与哲学
方以智把所有学科分为三大类：质测（自然科学）、宰理（社会政治）、通几（文化哲学），深得要领。他将三者打通，认为哲学应该以自然科学为基础，并克服科学的局限性，这种认识比许多今天的大家还要深刻。在此基础上他对宋明理学和西学都有所批评，他认为理学“不达其实”，悬在空中；关于西学他认为“泰西质测颇精，通几未举”，肯定其科学而否定其神学观点。他认为儒者应该以气学世界观为至道，发展出更加详备的自然科学来。他的看法一针见血的刺到了西方科学体系的痼疾——始终无法摆脱神学的影响。
方以智的思想是破解当代科学困境的可能性之一
今日中国的科学体系乃效法近代西方科学体系而建立，但是既未有将其神学哲学引进，也没有建立自己的科学哲学，只是盖了个马克思哲学的帽子。中国科学实际和西方科学一样，正如无头苍蝇一般，原地打转而飞不出去。以方以智为代表的气学家的气学哲学理论正是可以填补今日西方科学之所无，本来沿着这条路中国科学水平可以远远领先于世界，可惜不仅清朝对其进行打压，时至今日也无人对此种体系进行重视。
中国人并不缺乏科学理性，中国特定的社会组织结构导致中国社会并不适合近代科学的生长
如果没有满清的打断，心学和气学的盛行自然会带动资本主义以及近代科学的出现，如同西方的思想启蒙和文艺复兴。由墨家的墨子到鲁胜、刘徽，由儒家的徐光启到王廷相、方以智，古代中国学者是有接近近代科学的可能性的，中国人也并不缺乏科学理性。如此李约瑟之问，答案呼之欲出：畸形强大的政治奴役了哲学与科学，两者直到今天都没有能够实现真正的自由，自然处处落后。
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