毛文龍職位為平遼總兵官。按大明律令，“總兵鎮守官，受朝廷委任、以防奸禦侮。凡調度軍馬、區畫邊務、風憲官皆無得干預。其相見相待之禮、尤須謙敬。如總兵鎮守官有犯違法重事，須用體覆明白、指陳實跡、具奏請旨，不許擅自辱慢。其軍職有犯，具奏請旨、已有定例。風憲官巡歷去處、亦須以禮待之，並不得輕易凌辱。”
法律條例已經明白無誤的指明，袁崇煥既無權審理毛文龍，更無權判決毛文龍。
那麼，袁崇煥持有尚方寶劍，總理遼東事務，會不會因為他手中多出了這柄尚方寶劍而擴大他的法律行使權力呢？
非常遺憾，從尚方劍的作用機理來說，其只能讓持有者對於其職權範圍之內的事務有最終的裁斷權，而從以上法律條例來看，毛文龍並不在袁崇煥的管轄體系之內，袁崇煥既沒有逮捕、審訊毛文龍的權利，也就談不上用尚方寶劍合法地對毛文龍予以判決和處刑。
所以，殺了毛文龍之後，袁崇煥也覺得玩大了，心虛，趕緊上奏章給崇禎，先是解釋說：“臣洞悉其狼子野心，知其終不可制。欲擒之還朝，等候皇上處分，然擒拿之時其部下必定鬨然作亂，事情將有不測，惟有以迅雷不及掩之法將誅殺，則其部眾無得所為。文龍一死，諸翼惡者，邪念自斷。”（原文見《薊遼督師袁崇煥題本》）
實際上，就是這篇奏疏，一開篇，就咬定：“自去年十二月，臣安排已定，文龍有死無生矣。”分明就是一場醞釀已久的謀殺，又何嘗想過“欲擒之還朝，等待皇上處分”？只不過，說話前言不搭後語、自相矛盾向來就是他袁督師的作風，這樣顛三倒四的解釋只能越描越黑。
因為沒有得到崇禎要殺毛文龍的聖旨，也沒有得到過內閣的明確支持，所以他又特地在報疏內加了一句“輔臣龍錫為此一事低徊過臣寓”，想借此來試探崇禎的口氣，順便把“奉命殺人”之事坐實，把閣臣錢龍錫的命運和自己捆綁在一起。
奏疏的結尾，是誠惶誠恐的請罪，他說：“文龍身為邊鎮大帥，非臣所可以擅自誅殺者。然臣已不覺殺之，只要有利國家封疆，臣萬死不避，殺之乃不得已而為之。謹根據事實奏聞，席藁待誅，靜等皇上之斧鉞、天下的評說。臣臨奏可以說是戰懼惶悚之至。”（原文見《薊遼督師袁崇煥題本》）
不久，崇禎聖旨來了：“毛文龍懸踞海上，糜餉冒功，朝命頻違，不受節制，近來提兵進登州，索餉要挾，跋扈朝廷有跡，犄角敵軍無資，愛能聲討其罪，將之正法，事關封疆安危，不必引罪，一切佈置遵照”。（原文見《明清史料》甲編冊8，原件藏臺北中研院。）
不僅如此，崇禎還為此事給兵部也下了一道聖旨：“朕以邊事付督師袁崇煥，閫外軍機聽以便宜從事，島帥毛文龍懸軍海上，開鎮有年，以牽制為名卻全無功效，剿降獻捷，欺誑朝廷，器甲芻糧，蠹耗軍國，而且剛愎自用，節制不受，近竟部署多兵來登州索餉，跑囂跋扈，顯著逆形，崇煥目擊危機，躬親正法。”（崇禎長編》卷二十三）
話雖然說得好聽，但這並不代表崇禎的真正想法。
畢竟，毛文龍死都死了，現正倚賴袁崇煥，只有肯定他的行為，才能讓他“安心任事”（《明崇禎實錄》），罷罷罷，也只能這樣了。
“私自斬帥”的罪責是脫逃了，但，只要袁崇煥天良未泯，他應該是會感到不安的。
毛文龍之死暫時告一段落。
後世曾在滿清檔案局裡檢有數封毛文龍寫給努爾哈赤、皇太極父子的書信，由此懷疑毛文龍有反心。其實，只要細心分析，就不難發現，這些書信全是毛文龍的“行間之計”，目的不過是要誘殺後金要員（後金闊科即是中此計被毛文龍誘擒，押送入北京）。試想想，後金將毛文龍一家四百餘口屠戮無遺，國仇家恨，毛文龍豈肯反明入金？而且，其於崇禎元年五月已將妻兒遣返南方老家，用意就是嚮明廷表明心跡，使自己得以從容用間。
毛文龍本人也於崇禎元年五月初六上疏向崇禎說過：“建奴狂逆，多次求款於臣，此為奴之巧計，臣早已熟知矣。臣以借其愚弄臣之機反愚弄於其，輕易不能施展，由是，奴之不肯頃刻忘臣，猶臣不肯頃刻忘奴，一著輸贏，間不容髮！”（原文見《東江疏揭塘報節抄（外二種）》）
孫子兵法說：“三軍之事，莫親於間，賞莫厚於間，事莫密於間，非仁義不能使間，非微妙不能得間之實。微哉！微哉！無所不用間也。”
毛文龍用間之妙，就連孫承宗也情不自禁地贊：“臣近有諜於東，諜回具述文龍有諜為賊所發，而廣寧人鐵信，其諜主也，近亦逃來言其事，則文龍之智膽，無日不在賊巢之外。”（《大明熹宗實錄》卷三十九（梁本））。
“獻俘事件”中，黃中色回到北京，並無一語涉及毛文龍有通敵之形，被押的後金使者闊科也並無一語涉及毛文龍有叛逆之跡。單以幾封書信就認定毛文龍久有謀反之心，殊不知，果真毛文龍有謀反之心，袁崇煥海禁八月，餓殍無數，彼時不反，何時才反？即或彼時不反，單等袁崇煥上島赴約，倒是生擒明最大地方司令官投入後金的最好機會，那豈不是奇功一件？！又豈能輪到袁崇煥仗劍行兇，喋血島山？！
《東江客問》就此喟然而嘆，說，袁崇煥的題本上寫毛文龍跪地請死，足見其從容就義，所畏者國家乃是國家法度。如其有反心，則不但目無袁崇煥，而且目無朝廷，死生大矣，豈肯長跪服刑？
毛文龍最初遭到疏劾時，屯田主事徐爾一曾以三子一孫力保毛文龍無反叛之心，聽到毛文龍的死訊，又上疏力訴毛文龍之冤，疏入不報，憤然掛冠而去。
晚明大詩人吳惟英知毛文龍冤死，同樣大為憤慨，作詩將毛文龍比作韓信、蒙恬，甚至將之與武聖岳飛並列，詩云：
昨夜營星色黯然，訃音忽向路人傳。
但嗟韓信成擒日，不見蒙恬禦敵年。
功業已沉沙磧雨，精靈猶鎖海門煙。
好收戰骨鴟夷裡，歸葬西湖嶽墓邊。
後金數次大舉，甚至不惜動用全部兵馬，卻始終也打不死的毛文龍，就這樣死了，死在自己人手中，死得這樣突然，這樣窩囊。
後金上下，無不拍手稱快，再無後顧之憂。
毛文龍死後，其親手所創建的毛家軍很快解體，“島弁失主帥，心漸攜，益不可用”（《罪惟錄》），島上群龍無首，內訌迭起，互相殘殺。
早在天啟七年，毛文龍就曾不無悲憤地對天啟帝哭訴說：“朝臣以臣於此無益於疆場，臣死之日未必不為京師之憂！”（原文見《東江疏揭塘報節抄（外二種）》）
這話，很快就得到了驗證。
毛文龍死後四個月，僅僅經過七天的準備，皇太極即振旅西征，風雲激盪的“己巳之變”隨即到來！
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