毛文龙职位为平辽总兵官。按大明律令，“总兵镇守官，受朝廷委任、以防奸御侮。凡调度军马、区画边务、风宪官皆无得干预。其相见相待之礼、尤须谦敬。如总兵镇守官有犯违法重事，须用体覆明白、指陈实迹、具奏请旨，不许擅自辱慢。其军职有犯，具奏请旨、已有定例。风宪官巡历去处、亦须以礼待之，并不得轻易凌辱。”
法律条例已经明白无误的指明，袁崇焕既无权审理毛文龙，更无权判决毛文龙。
那么，袁崇焕持有尚方宝剑，总理辽东事务，会不会因为他手中多出了这柄尚方宝剑而扩大他的法律行使权力呢？
非常遗憾，从尚方剑的作用机理来说，其只能让持有者对于其职权范围之内的事务有最终的裁断权，而从以上法律条例来看，毛文龙并不在袁崇焕的管辖体系之内，袁崇焕既没有逮捕、审讯毛文龙的权利，也就谈不上用尚方宝剑合法地对毛文龙予以判决和处刑。
所以，杀了毛文龙之后，袁崇焕也觉得玩大了，心虚，赶紧上奏章给崇祯，先是解释说：“臣洞悉其狼子野心，知其终不可制。欲擒之还朝，等候皇上处分，然擒拿之时其部下必定哄然作乱，事情将有不测，惟有以迅雷不及掩之法将诛杀，则其部众无得所为。文龙一死，诸翼恶者，邪念自断。”（原文见《蓟辽督师袁崇焕题本》）
实际上，就是这篇奏疏，一开篇，就咬定：“自去年十二月，臣安排已定，文龙有死无生矣。”分明就是一场酝酿已久的谋杀，又何尝想过“欲擒之还朝，等待皇上处分”？只不过，说话前言不搭后语、自相矛盾向来就是他袁督师的作风，这样颠三倒四的解释只能越描越黑。
因为没有得到崇祯要杀毛文龙的圣旨，也没有得到过内阁的明确支持，所以他又特地在报疏内加了一句“辅臣龙锡为此一事低徊过臣寓”，想借此来试探崇祯的口气，顺便把“奉命杀人”之事坐实，把阁臣钱龙锡的命运和自己捆绑在一起。
奏疏的结尾，是诚惶诚恐的请罪，他说：“文龙身为边镇大帅，非臣所可以擅自诛杀者。然臣已不觉杀之，只要有利国家封疆，臣万死不避，杀之乃不得已而为之。谨根据事实奏闻，席藁待诛，静等皇上之斧钺、天下的评说。臣临奏可以说是战惧惶悚之至。”（原文见《蓟辽督师袁崇焕题本》）
不久，崇祯圣旨来了：“毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，不受节制，近来提兵进登州，索饷要挟，跋扈朝廷有迹，犄角敌军无资，爱能声讨其罪，将之正法，事关封疆安危，不必引罪，一切布置遵照”。（原文见《明清史料》甲编册8，原件藏台北中研院。）
不仅如此，崇祯还为此事给兵部也下了一道圣旨：“朕以边事付督师袁崇焕，阃外军机听以便宜从事，岛帅毛文龙悬军海上，开镇有年，以牵制为名却全无功效，剿降献捷，欺诳朝廷，器甲刍粮，蠹耗军国，而且刚愎自用，节制不受，近竟部署多兵来登州索饷，跑嚣跋扈，显著逆形，崇焕目击危机，躬亲正法。”（崇祯长编》卷二十三）
话虽然说得好听，但这并不代表崇祯的真正想法。
毕竟，毛文龙死都死了，现正倚赖袁崇焕，只有肯定他的行为，才能让他“安心任事”（《明崇祯实录》），罢罢罢，也只能这样了。
“私自斩帅”的罪责是脱逃了，但，只要袁崇焕天良未泯，他应该是会感到不安的。
毛文龙之死暂时告一段落。
后世曾在满清档案局里检有数封毛文龙写给努尔哈赤、皇太极父子的书信，由此怀疑毛文龙有反心。其实，只要细心分析，就不难发现，这些书信全是毛文龙的“行间之计”，目的不过是要诱杀后金要员（后金阔科即是中此计被毛文龙诱擒，押送入北京）。试想想，后金将毛文龙一家四百余口屠戮无遗，国仇家恨，毛文龙岂肯反明入金？而且，其于崇祯元年五月已将妻儿遣返南方老家，用意就是向明廷表明心迹，使自己得以从容用间。
毛文龙本人也于崇祯元年五月初六上疏向崇祯说过：“建奴狂逆，多次求款于臣，此为奴之巧计，臣早已熟知矣。臣以借其愚弄臣之机反愚弄于其，轻易不能施展，由是，奴之不肯顷刻忘臣，犹臣不肯顷刻忘奴，一着输赢，间不容发！”（原文见《东江疏揭塘报节抄（外二种）》）
孙子兵法说：“三军之事，莫亲于间，赏莫厚于间，事莫密于间，非仁义不能使间，非微妙不能得间之实。微哉！微哉！无所不用间也。”
毛文龙用间之妙，就连孙承宗也情不自禁地赞：“臣近有谍于东，谍回具述文龙有谍为贼所发，而广宁人铁信，其谍主也，近亦逃来言其事，则文龙之智胆，无日不在贼巢之外。”（《大明熹宗实录》卷三十九（梁本））。
“献俘事件”中，黄中色回到北京，并无一语涉及毛文龙有通敌之形，被押的后金使者阔科也并无一语涉及毛文龙有叛逆之迹。单以几封书信就认定毛文龙久有谋反之心，殊不知，果真毛文龙有谋反之心，袁崇焕海禁八月，饿殍无数，彼时不反，何时才反？即或彼时不反，单等袁崇焕上岛赴约，倒是生擒明最大地方司令官投入后金的最好机会，那岂不是奇功一件？！又岂能轮到袁崇焕仗剑行凶，喋血岛山？！
《东江客问》就此喟然而叹，说，袁崇焕的题本上写毛文龙跪地请死，足见其从容就义，所畏者国家乃是国家法度。如其有反心，则不但目无袁崇焕，而且目无朝廷，死生大矣，岂肯长跪服刑？
毛文龙最初遭到疏劾时，屯田主事徐尔一曾以三子一孙力保毛文龙无反叛之心，听到毛文龙的死讯，又上疏力诉毛文龙之冤，疏入不报，愤然挂冠而去。
晚明大诗人吴惟英知毛文龙冤死，同样大为愤慨，作诗将毛文龙比作韩信、蒙恬，甚至将之与武圣岳飞并列，诗云：
昨夜营星色黯然，讣音忽向路人传。
但嗟韩信成擒日，不见蒙恬御敌年。
功业已沉沙碛雨，精灵犹锁海门烟。
好收战骨鸱夷里，归葬西湖岳墓边。
后金数次大举，甚至不惜动用全部兵马，却始终也打不死的毛文龙，就这样死了，死在自己人手中，死得这样突然，这样窝囊。
后金上下，无不拍手称快，再无后顾之忧。
毛文龙死后，其亲手所创建的毛家军很快解体，“岛弁失主帅，心渐携，益不可用”（《罪惟录》），岛上群龙无首，内讧迭起，互相残杀。
早在天启七年，毛文龙就曾不无悲愤地对天启帝哭诉说：“朝臣以臣于此无益于疆场，臣死之日未必不为京师之忧！”（原文见《东江疏揭塘报节抄（外二种）》）
这话，很快就得到了验证。
毛文龙死后四个月，仅仅经过七天的准备，皇太极即振旅西征，风云激荡的“己巳之变”随即到来！
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