我国物流成本高既有技术原因、更有体制因素的双重制约。从硬件上看，我国物流赖以存在的基础设施还很不够。
拿铁路来说，我国铁路的人均里程不足5.5厘米，却以世界6%的营业里程，完成世界23%的运量。即便这样，铁路货运目前大体只能满足60%的能力需求，全国各地每天向铁路申请车皮数量达15、16万辆，铁路只能满足9万多辆。
因此，要“货畅其流”，必须突破基础设施的“瓶颈”制约，加大投资，加快交通路网的建设。从长远看，根据我国经济的增长速度和发展势头，这个问题不难解决、并且正在逐步解决之中。
目前更需要我们高度重视和亟待解决的是，现有的物流资源如何整合利用，如何高效运转。这里面最难解决的是体制问题。我国是分部门管理，这与计划经济有关，也与国民经济分工有关。因而物流基础平台比如铁路、民航、公路、水运都是分割的，而物流的特点则是不能单独依托于任何一种方式，必须依靠系统之间的有机联结。
这种分部门管理的体制，在不同方式转换时，就显得比较费劲了。如果一辆汽车只在一条路上跑，它的成本与国外比，肯定是便宜的，而在复杂的现代生产中，它必须经过多种方式的转换，比如通过铁路把集装箱运到某地火车站，然后用汽车运到港口，然后再通过水运送到异地，这个过程中，如果不能有效转换衔接，每转换一次，就增加一次成本。
若不能从物流的合理化、经济化、科学化角度设计物流流程，物流依托的基础资源未能有效地整合和系统化，而原先的系统化能力早已不能适应现代经济发展，这正是我国付出高昂物流成本的重要原因。
对企业来说，这种基础资源分割最直接的后果就是他们往往选择单一途径以避免衔接中产生新的成本。比如只用公路运输，这也是公路超载超限屡禁不止的重要原因。
其实，从我国能源政策来说，长距离甚至几千公里的公路运输是很不经济的，然而由于几个系统的衔接困难，彼此不能形成有效网络，企业不得不选择单一方式。在某种意义上，屡禁不止的超载超限正是我们物流基础平台没有系统化、彼此处于分割状态付出的昂贵代价。在现代物流的发展中，体制障碍表现得越来越突出。
另一方面，随着我国加入世贸组织，国际化程度越来越高，国内企业要更多地与国际物流有效接轨，比如国际海运到我国港口把货物放下，应该是“宜铁(路)进铁(路)，宜公(路)进公(路)”，而我国到港货物现在基本依靠公路，铁路集装箱是独立系统，与国际海运集装箱基本分割，而且手续非常繁琐。在这种分割的状态中，我国物流大规模、低成本的运输优势不得不流失和消耗。
很多人并没有意识到，解决体制障碍，比建设一条新铁路、新公路、开辟一条新航线重要而且迫切得多。
当前，应尽快从体制上打破分割，为物流公司创造一个系统化的平台。只有从体制上解决这个问题，现代物流的建设和发展才能从目前的低层次、高成本状态中获得突破。
也就是说，造成我国物流成本高度原因有以下几点：
1、作业方式落后，作业效率低下；
2、社会物流资源浪费严重，成本意识不高；
3、资源分散严重，缺乏高度集成；
4、公路税费、监管部门（如海关、检验检疫等）费用分摊
5、可用物流资源有限（如航空运输，国内几乎没有全货机）
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