公元1398年，明太祖朱元璋駕崩，因建文帝朱允炆主張削藩，次年七月，燕王朱棣在北平率軍南下，“靖難之役”爆發。此戰歷經三年多，建文帝連續幾次用人失誤，導致勝利的天平向朱棣傾斜。
建文四年，朱棣從北平再次出發，準備最後一次南征，姚廣孝（道衍）一直把朱棣送到郊外，告別之時，姚廣孝跪在朱棣面前，向朱棣提了一個要求：
“南京有一個叫方孝孺的人，此人學問極深。您佔領南京之後，他必定不會投降，我請您不要傷害他！因為他是天下讀書人的種子。”
朱棣早聞方孝孺之名，聽姚廣孝這麼一說，立即對他點頭，答應了此事。
隨後，朱棣成功渡過長江，攻下鎮江，大軍直逼南京。南京城內的朱橞、李景隆等人看大勢不妙，立即倒戈，打開金川門，迎接朱棣入城。於是，北軍殺入皇城，建文帝見大勢已去，縱火失蹤。
南京城破，建文帝的心腹大臣們都未能倖免，朱棣早已擬好了“逆臣”名單，讓心腹將領按名單抓人。方孝孺在城破當天被抓進大獄。
接下來的事情果然如姚廣孝所料，方孝孺寧死不肯投降，朱棣於是派了方孝孺的兩個徒弟廖鏞、廖銘到獄中去勸說方孝孺，沒想到方孝孺卻對徒弟們破口大罵：
“你倆跟著我這麼多年，竟不知道什麼是仁義是非！”
徒弟被罵得落荒而逃，再不敢勸老師投降。朱棣無奈，只得繼續將方孝孺關押起來。
六月十六日，朱棣登基的前一天，登基前的準備一切就緒，就差一道即位詔書，大儒們都推舉方孝孺來寫詔書，畢竟，方孝孺是“讀書人的種子”。朱棣連忙派人把方孝孺從獄中“請”來，只見，方孝孺“斬衰入見”，他穿著孝服來見朱棣，在大殿的臺階下痛哭建文帝。
接下來，朱棣和方孝孺進行一場“大辯論”，朱棣對方孝孺說：
“我是要效仿周公，來輔佐自己的侄子。”
西周時期，周成王年幼，其叔父周公嘔心瀝血輔佐幼帝，終成一代佳話。朱棣說自己是周公，方孝孺嗤之以鼻，他問朱棣：
“那你的侄子在何處？”
建文帝此時已經失蹤，沒有侄子的周公，就不是周公了，而是篡位者。朱棣回答：
“他自焚了。”
言下之意，侄子不在了，我這個叔叔可以直接治理天下了。
方孝孺對朱棣的回答充滿不屑，繼續問：
“那你為何不立你侄子的兒子呢？”
按照古代宗法，父死子繼，斷然沒有侄子傳位給叔叔的道理，建文帝的長子朱文奎已經失蹤，次子朱文圭當時還在宮中，是完全可以被立為新君的。朱棣辯道：
“國家需要年長的君主，侄子的兒子太小了。”
朱文奎當時只有2歲，朱棣說他太年幼。方孝孺又問：
“那你為何不立你侄子的弟弟呢？他並不年幼。”
建文帝的弟弟吳王朱允熥當年25歲。若朱棣以年幼為理由拒絕，是說不過去的。朱棣被方孝孺問得啞口無言，只能回答說：
“此乃朕的家事，就不勞先生操心了。”
可以說，朱棣和方孝孺的這場辯論，朱棣的立場在古代宗法上是站不住腳的。因此，朱棣結束了這場辯論，給方孝孺紙筆，對方孝孺說：
“我的即位詔書，非先生來寫不可。”
方孝孺將筆扔在地上，墨水四濺，罵道：
“死就死了，我絕對不會給逆賊寫即位詔書。”
朱棣氣急，問道：
“你不怕死，難道不怕我滅了你的九族嗎？”
方孝孺哈哈大笑，對朱棣說了一句震驚後世的話：
“便十族奈我何？”（這句話出自《明史紀事本末》，譯：就算你滅我十族，又能怎樣？）
朱棣怒不可遏，讓左右侍衛把方孝孺的耳朵割掉，然後把方孝孺的親屬朋友逐一綁來，當著方孝孺的面一一殺死。每殺一人，便問一下方孝孺寫不寫詔書，先殺方孝孺的妻子鄭氏和他的幾個兒子，然後殺方孝孺的母族林氏一族，再殺方孝孺的妻族鄭氏一族。
看著親人一個個死在自己面前，方孝孺始終不寫詔書。史載：
“九族盡戮，亦皆不從！”
九族已經殺完，朱棣如方孝孺所願，把方孝孺的門生廖鏞、林嘉猷等逮捕到場，當場一個一個殺掉，至此，方孝孺的“十族”全部被殺。
一個個鮮活的生命，倒在血泊中，這種悽慘和悲壯，連周圍的官員都不忍直視。在殺方孝孺本族的時候，有一個人的表現值得一提，他就是方孝孺的弟弟方孝友。
方孝友被鐵鏈捆綁著出現在方孝孺面前時，方孝孺內心是極其複雜的，沒想到，方孝友主動在哥哥面前寫了一首詩，曰：
阿兄何必淚潸潸，取義成仁在此間。
華表柱頭千載後，旅魂依舊到家山。
然後，英勇地走到屠刀之下，準備接受接下來的屠戮。史載：
孝孺目之，淚下……不愧為孝孺之弟也。
方孝孺看著弟弟的詩，心中萬分悲痛，淚流滿面。這不愧是他方孝孺的弟弟，他對弟弟的表現非常滿意，因此，這淚水雖然悲壯，但卻充滿欣慰。
而後，方孝孺就義，她的兩個女兒聯袂投河而死。方孝孺案，前後多達八百七十三人被殺，血流成河。
方孝孺的選擇，值得敬佩，在儒家忠孝仁義的思想下，方孝孺選擇忠於建文帝，斥責篡位者，從後人為方孝孺立忠祠，可以看出後人對他的認可。
然而，也有人對方孝孺的選擇表示質疑。畢竟，因為方孝孺的“倔強”，導致八百七十三人喪命。筆者認為，這麼評價方孝孺，是不公平的。殺人者，是朱棣，並非方孝孺，這個事實不容否認。只是，朱棣把殺人的行為強行歸咎於方孝孺身上，方孝孺本無辜，忠義亦無辜。
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