益生菌冷藏，可以保證活性。但是，冷藏環境下活性再好的益生菌，如果不能通過人的胃酸和膽汁等酸性環境，進入腸道後仍然成了死菌，也不能發揮應有的效果。
換句話說，益生菌不僅要在人體外是活菌，其從口腔到胃再到腸道，只有始終保持活菌狀態，才能發揮更好的作用。
冷藏保存益生菌好處是，消費者服用之前的益生菌的活菌數量高，但益生菌質量主要的衡量指標是看其從口腔到胃再到腸道的活菌存活量，換句話說，質量越好的益生菌越能通過胃酸，到達腸道的活菌數量高。
好的益生菌，不僅常溫下能保證活性，服用後也能通過胃酸和膽汁，活著到達腸道發揮作用。貨架期的益生菌產品，隨著時間的增加，活菌數也有衰減，但這個衰減量是在合理的範圍內，是不會影響益生菌應有的功能發揮。
消費者選擇益生菌，關鍵看菌株的質量。大廠家或者經過衛生部批准的益生菌菌株，都是經過長期的測試，有大量的實驗數據和眾多的臨床報告；益生菌的研發廠家，從發現菌株，到培養、定植和功能試驗，都是經過完備流程，這樣才會上市銷售。
通過以上分析，我們可以得出結論：益生菌在常溫下和冷藏，對其發揮效果基本是一樣的。對消費者來說，不能活著到達腸道的益生菌，即使冷藏的再好，也沒有意義。
上面我們分析了，買益生菌關鍵要買高品質益生菌；對已經買回家的益生菌，服用也需要一個時間，打開包裝後，可以將還沒有吃完的益生菌暫時放到冰箱裡，以保證益生菌的活性。
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