在不良資產包的整體評估中，目前尚未出現可靠有效的方法可以直接對打包資產進行合理估值，實務中還是以將資產包拆分成一個個獨立的不良資產進行單獨評估為主要方法，在對於包內含大量單項資產且在該地區有過大量不良資產己完成處置的前提下，會考慮使用迴歸分析法建立經驗方程來減少工作量，但該情況仍為極個別現象，究其原因，主要是因為不良資產包的評估中有三大難點不能夠有效克服。
（1）不良資產包內資產可獲得信息量小，信息質量差
對比與單項不良資產，資產管理公司打包收購的不良資產包往往不能獲得充足的評估所需信息，即使經過盡職調查人員的調查，也仍舊存在評估中的客觀依據還很不充分的情況，很多時候必須更多的藉助評估人員的主觀判斷來進行價值評估，這也就導致了由於主觀判斷所帶來的估值誤差，往往使得評估值和處置結果有較大的出入，不能夠保證評估的準確性。除此之外，由於很多債務企業沒有完善真實的財務資料，提供給盡職調查人員的財務信息存在失真現象，這種原始數據失真同樣會導致評估結果產生較大誤差，且這種誤差難以被評估人員主觀發現。
（2）不良資產包內資產數量浮動較大
資產管理公司從銀行收購的不良資產包有大有小，多的可達幾百上千個單項資產，而少的可能只有兩到三項，這種包內資產數量的浮動使得很多需要藉助數據量來使包內每個單項資產產生的誤差相互抵消的估值方法不能適用於所有情況，目前主流研究不良資產包評估的方法通常是採用經驗方程或平均回收率，二者皆可認為在一定誤差範圍內是較精確的，在大量的單項資產互相抵消誤差的情況下，估值精度隨包內資產數量的上升而上升，因此，主流的方法並不適用於包內只含少量資產的小型不良資產包，而實際情況是，資產公司收購的資產包以中小型資產包為主，目前在評估實務中，對於這種中小型不良資產包普遍使用的是拆分成獨立的單項資產進行估值，對於整體估值而言，目前尚無較成熟的方法。
（3）不良資產市場不成熟，歷史數據中存在不可靠數據
由於第一個難點的關係，所以對不良資產包的估值往往不能只依靠包內可獲得的信息，通常還需要蒐集市場中已經完成處置的不良資產的歷史數據來輔助建立估值模型，這種計算方法要求蒐集到的歷史數據應來源於一個活躍且較成熟的市場，市場上的歷史成交價格所對應的債權回收率應在一定允許的誤差範圍內反應債權的市場價值。但實際上由於我國的不良資產處置市場參與度較低，且包含很多所謂的內部交易，以及參與資產處置的雙方都不能準確評估待估資產的價值，致使實際的成交價格往往低於債權的實際價值，所以若使用這樣的歷史數據來輔助建立經驗方程或者計算平均回收率往往會低估不良資產的價值，使得評估結果的精確性大打折扣。
