讀過《鹿鼎記》的都知道，《鹿鼎記》的開篇就寫了莊廷鑨明史案:浙江湖州富戶莊廷鑨因病眼盲,偶然得到鄰里朱相國（明末首輔大學士朱國楨）孫子抵押的其祖父遺稿，便欲效仿左丘明寫就一部史書。於是以朱相國的明史遺稿為底本，又延請一些江南才子編輯修訂,並增補了崇禎朝的一些歷史。後來此書以《明書輯略》（實際是《明書》）刊行問世。
此書中在滿清入關之後仍奉以南明年號,在提到明末建州女真的事時多有揚明抑清意思(如呼努爾哈赤為“努酋”,稱清為“建夷”)。此書被罷官知縣吳之榮得到，並告於湖州知府處,但莊家以重金賄賂相關官員得免。吳之榮並不罷休,繼續鼓譟,驚動秉政權臣鰲拜,遂興大獄。
康熙二年(公元1663年)五月,莊廷鑨明史案結案,七十餘人被處死,其中十四人凌遲,受本案牽連者則有千餘人。《明史輯略》被銷燬。
明史案牽涉到伊璜先生查繼佐。莊廷鑨仰慕查繼佐,擅自將其名署於書上（“卷端羅列諸名士，蓋欲藉以自重。故老相傳，二百餘人中，多半不與編纂之役”）,所以被牽連進此案。但査繼佐得在此獄中倖免成為三位倖存者之一。
金庸在《鹿鼎記》中說是查繼佐與大力將軍吳六奇交好,吳六奇為其周旋的緣故。其實不僅金庸，早在清代鈕琇的《觚剩》一書中有《雪遘》一文，就記載查繼佐獨酌賞雪，見一乞丐破衣爛衫卻氣宇軒昂，便招其同飲，後又贈寒衣，勉其自強。入清後，此丐積軍功官至提督，專誠邀查赴任所，後贈宅邸以報當年一酌之恩，並送一座名為英石峰的奇石給查繼佐 ，此石改名為皺雲峰，後世譽為江南三大名石。
蒲松齡《聊齋志異》有《大力將軍》一則，敘查伊璜遇吳六奇，稱吳六奇為“吳六一”：“後十餘年，查猶子令於閩，有吳將軍六一者，忽來通謁” ，記載查繼佐在一廟內看見吳六奇單手可以升起廟內的大鐘，並取出藏在鍾內的剩飯，驚為奇人，認為他在這個亂世應該報效社會，使其異能得以發揮。爾後，中國改朝換代，而吳六奇官至水陸提督，衣錦榮歸後向查繼佐道謝。
除此之外，清代徐珂的《清稗類鈔》、王士禎的《香祖筆記》、蔣士銓的《雪中人》、《鐵丐傳》，以及鄭昌時的《韓江聞見錄》等作品中均有相似的的記載描述。
其實這不符合歷史事實。
査繼佐自己在《查繼佐年譜》否認了此事:“葛如,方布衣野走,世傳餘有一飯之恩,懷之而思報。其實無是也。是則公在時已傳其事,故公為之辨。”可見這一說法並不屬實。
實則査繼佐得以倖免另有原因，即查繼佐先出首檢舉了此書。查繼佐被認為是《明史》一案首告者在歷史中多有記載。
査繼佐得知莊廷鑨慕其名而擅自將其列入《明史》的參訂名單後嚇得心膽俱裂，為求自保，先向學道檢舉告發，但學道並未在意此事。後來，歸安知縣吳之榮再次告發，此書終引起清廷關注，遂大興文字獄，相關人等被捕殺殆盡。
查繼佐門人沈起所撰《查東山先生年譜》記載應屬最為客觀可靠：“清順治十八年，莊史案將發時，陸子麗京(圻,字景宣,錢塘人)告先生曰:‘南潯有莊鑨者(字子相,湖州人,貢生)作《明史紀略》,參閱姓氏首列東山(即查繼佐),次範子文白(驤),次及某,共十八人。(日記作廿一人)作序者李霜回(令皙)也。’先生殊駭,所謂大警者定以此矣。擬牒當事,從刀筆家稱此書不工。先生曰:‘吾三人不工,此書是仇莊,非善。’因投牒督學,手著四六體,中一聯:‘倘或犯於所忌,間有非所宜言。’併入範、陸名於牒,範、陸不知也。率此一聯,生三家三百餘口。”
不過查繼佐和吳之榮檢舉的目的不同，査是為了自保撇清關係，吳則是為了以此獻媚升官。
值得一提的是查繼佐有一本史學著作《罪惟錄》流傳後世（據說此書一直藏在牆壁內，辛亥革命後始見於世）。而《罪惟錄》據說參考了《明書》。《罪惟錄》中,查繼佐堅持反清立場,認為自己是明朝人。書中也都用明朝年號,康熙三年寫成永曆十八年。
查持反清立場並不奇怪。他是崇禎六年（1633年）舉人。後隨明魯王監國紹興，被授兵部職方。在浙東地區親自率軍抗擊清軍。順治三年（1646年）清軍攻佔紹興，隱居海寧硤石東山萬石窩，改號為左尹非人。但他又不是迂腐讀書人，懂得保身，也是能逃脫此劫原因。
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