接上文，當晉王朝竭盡全力來對付五斗米道孫恩時，當初司馬道子設下的離間計，如今開始發揮功效了。自上回殷仲堪威逼桓玄、楊佺期後，三人的矛盾日益加劇，終於看似團結的同盟開始分崩離析。
桓玄、殷仲堪、楊佺期三人大打出手，桓玄畢竟桓溫之後，又得桓衝教育，所謂將門虎子，很快楊佺期兵敗，單騎逃亡襄陽，隨後被殺，而殷仲堪在得知楊佺期兵敗後，準備出奔長安投後秦，也於途中被擒，後自殺。
桓玄平定了荊、雍二州，將這兩位盟友的地盤，部眾全部收入囊中，然後要求晉王朝任其為江、荊二州刺史。
當然了，按正常流程，桓玄是上書請求，不過他也不是傻子，此時的司馬氏被孫恩搞的焦頭爛額，不足為懼，即便是強求也沒啥關係。
果然，東晉朝廷無奈，只得下詔以桓玄都督荊、司、雍、泰、梁、益、寧七州諸軍事，荊州刺史，假節。
桓玄很不高興，因為這沒有達到自己的要求，於是固求朝廷加領江州刺史。朝廷只得又增加為八州，外加揚州、豫州八郡，兼領江州刺史。
隨後，桓玄又奏請命哥哥桓偉為冠軍將軍、雍州刺史。
東晉命不久矣！
桓玄見朝廷如此疲軟，覬覦之心頓生，他以手中數鎮為基，培養心腹，招兵買馬，不斷進行擴張。而東晉則全力對抗年年來襲的孫恩，只能放任桓玄發育。
到公元401年前後，桓玄出調桓偉鎮守夏口，又以部將督八郡、鎮守襄陽，並遣別部駐湓口等，建立了武寧郡和綏安郡，分別安置遷徙的蠻族以及招集的流民，並徵調了廣州刺史和豫章太守的軍隊，自認已經擁有了晉土的三分之二，便開始為日後登基做準備，比如屢屢收到一些桓氏稱王的祥瑞，當然了這都是桓玄自己安排的，歷朝歷代如此。
公元402年，小夥子司馬元顯接替其父司馬道子，趁著孫恩暫時被打退，開始著手對付桓玄。二月，元顯以朝廷名義，起兵討伐桓玄。當時桓玄已經把長江封鎖，使得揚州等地飢乏，又認為孫恩之亂未平，朝廷無能來襲，就一直在荊州養精蓄銳。
這次桓玄得京城密保，知司馬元顯自領征討大都督、都督十八州諸軍事，加黃鉞，主持征伐桓玄，而且其中劉牢之為前鋒都督，譙王司馬尚之為後援。
桓玄大驚，本來打算堅守江陵，不過手下謀士勸其改被動為主動，率兵東下，直接進軍建康。
桓玄大軍順流而下，直到尋陽仍未見朝廷一兵一卒，他信心更增，軍中士氣更足，移檄上奏司馬元顯之罪。司馬元顯見狀，驚懼不已，不敢出兵，就打算讓劉牢之前去抵抗，可是前面說了，劉牢之雖然是個猛將，卻不是忠心之人，在得了桓玄的好處後，立刻率兵請降。
就這樣桓玄幾乎不費一兵一卒，便於公元402年四月十五日進入建康，掌控朝廷，隨後殺司馬道子司馬元顯，誅猛將劉牢之，廢除元興年號，恢復隆安年號，不久又改元大亨。
稍後，自置為太尉、平西將軍、都督中外諸軍事、揚州牧、領豫州刺史。另外又加袞冕之服，綠綟綬，增班劍至六十人，享劍履上殿，入朝不趨，贊奏不名的禮遇。以兄長桓偉為安西將軍、荊州刺史；又以堂兄桓謙為左僕射，加中軍將軍，領選；以另一堂兄桓石生為前將軍、江州刺史；又一堂兄桓修為右將軍、徐兗二州刺史。委命心腹謀士卞範之為建武將軍、丹陽尹；姐夫殷仲文為侍中。
當然這些還遠遠不夠，接下來，桓玄效法其父桓溫，移鎮姑孰，辭錄尚書事，但朝中大事仍要諮詢他，小事則由朝中桓謙和卞範之決定，是為遙鎮朝廷，威風八面！
掌權初期，就罷黜奸佞之徒，擢用俊賢之士，百姓十分期待，不過很快，桓玄豪奢縱慾，政令無常，百姓又大失所望。
在這期間，桓玄剷除異己，將許多北府舊下獄處死，還詔令全國避其父桓溫名諱，同名同姓者皆要改名，又贈其生母為豫章公太夫人。
公元403年，桓玄遷大將軍，請命率軍北伐後秦，隨後又暗示朝廷下詔不準。他本就沒有北伐之意，立刻裝作尊重詔命的姿態停止北伐。 同年九月，其兄桓偉去世，桓玄只覺得孤危，於是加快篡位。
手下人早早的把朝廷加授桓玄九錫的詔命和冊命寫好了，然後桓玄自任相國，劃南郡、南平郡、天門郡、零陵郡、營陽郡、桂陽郡、衡陽郡、義陽郡和建平郡共十郡歸於自己轄下，封自己為楚王，加九錫，並能置楚國國內官屬。
好吧，加九錫，這意味著桓玄馬上就要稱帝了。
公元403年十一月，桓玄加自己的冠冕至皇帝規格的十二旒，又加車馬儀仗及樂器，以楚王妃為王后，楚國世子為太子。這月十八日，卞範之寫好禪讓詔書，臨川王司馬寶逼晉安帝抄寫一遍。
二十一日，由兼太保、司徒王謐奉璽綬，將晉安帝的帝位禪讓給桓玄，隨後遷晉安帝至永安宮，又遷太廟的晉朝諸帝神主至琅邪國。
然後百官到姑孰勸進，桓玄呢依照傳統，再三辭讓，官員們也配合，堅持勸請，桓玄裝作十分無奈，於是築壇告天，於十二月三日正式登位為帝，並改元“永始”，定國號為“楚”，史稱桓楚。
可能因為是頭一回篡位，經驗不足，結果在祭天時把流程搞錯了，百官忘了高呼萬歲，也忘了改變帝諱。不過這些不重要，因為桓玄現在特別滿意。
築壇告天之後，桓玄追尊父親桓溫為宣武皇帝，封自己的兒子桓升為豫章王。跟其他立國皇帝不同，桓玄在太廟裡竟然只供奉桓溫一人，並沒有追尊祖父桓彝及以上的祖宗。
接著，遵循晉武帝遷魏陳留王居鄴宮的前例，封晉安帝為平固王，遷於尋陽軟禁，對司馬宗室及安帝兄弟並未加殺害。
繼位之始，桓玄宣佈大赦天下，改元為“建始”。
結果這詔書剛下，有人進言說“建始”是“八王之亂”中趙王司馬倫篡位用過的偽號。
祭天
桓玄馬上下令更改，改為“永始”，然而有人又說這是昔日王莽用過的，桓玄擺擺手，不改了。
當日，桓玄的儀仗大隊從姑孰出發，進入建康宮時，狂風呼嘯而至，所有的儀仗旌旗竟全被吹倒。
桓玄臨登御座，突然御座散垮，君臣面面相覷，場面一度十分尷尬。所幸殷仲文反應敏捷，奉承說：“陛下聖德深厚，連大地也不能承受。”
晚上在西堂會宴群臣，設置女樂歌舞，殿上掛著絳色綾帳，正面染成金黃色，四個邊角雕四條金龍，嘴裡含著五色羽葆旒蘇，極盡奢華。
群臣卻竊竊私語說：“這很像喪車，又像王莽當年所造的仙蓋模樣。龍角，即是‘亢龍有悔’的意思，大不祥。”
不過這些事情，桓玄並沒有在意，畢竟現在當上皇帝了，很順利，晉朝的地方武裝也沒什麼行動，一副事不關己高高掛起的態度，這讓桓玄還挺高興，不過這些人對桓玄的封賞，也是這個態度又讓人特別鬱悶。
這時益州刺史毛璩對桓玄的安排表示不滿，傳檄周遭，揚言要進屯白帝，討伐桓玄。當然了，這時候晉王朝已經沒多少忠臣了，畢竟數代統治者都是些不作為的主，大家也都看透了，而這位毛刺史，也只是嫉妒桓玄，憑什麼你能做皇帝，我不能而已，故其所能造成的聲勢極其有限。
而東晉境內的老百姓，桓玄篡位那就更無關緊要了。
反正晉安帝司馬德宗時，朝廷裡烏煙瘴氣，地方上人仰馬翻，後來王恭兩次起兵、孫恩年年作亂，是兵皆匪，百姓苦不堪言，如今換了皇帝，也無非是從一個火坑來到另一個火坑而已，正所謂沒有最壞，只有更壞。
不過桓玄上臺之初，也曾擢用俊賢之士，不過擺樣子是無法長久的，很快朝野上下也就那樣了。如今桓玄即位，為了籠絡人心，宣佈“賜天下人爵位二級，恪守孝悌、勉力耕田者爵位三級，鰥夫寡婦、老而無子、幼而喪親不能自存者每人賜谷五斛”，好吧，這詔令倒是不錯，可是皆是空頭支票而已。
對百姓而言，桓玄當家和司馬當家並沒有區別，不過桓玄這次政變，沒有造成大範圍的流血事件，也沒有造成地方上的動亂，對百姓而言，還是好事吧。
篡位之後的桓玄特別喜歡錶面文章，比如親臨聽訟觀視察囚徒，無論罪惡輕重，大多釋放，有當街攔著他的車輦行乞的，就停車施捨，可是他並沒有做到承諾給百姓的，時間久了怨聲四起，當然桓玄本人並不知道，還自以為功德深厚。
之後，他驕奢荒侈，遊獵無道，通宵玩樂。全然忘卻該如何治理國家，當人民的怨氣達到頂點，桓玄的末日也就到了，
公元404年，早就對桓玄不滿的劉裕，以打獵為名，召集北府舊將，突然起事，至此，兩晉年間最後一個大人物正式出道，以自己的能力周旋於這一複雜多變的時代背景中，開創了屬於自己的時代。
這時候東晉已然亡國，而之後劉裕重建的晉朝可以忽略不計了。
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