檸檬的抗病蟲害能力很強，尤其在北方栽培，氣候乾燥，病蟲害更少。病蟲害以預防為主，在栽培管理上要注意清潔衛生。葉面上有塵土要噴水洗淨，通風透光也很重要。
病害：
主要有炭疽病、瘡痂病、流膠病、腳腐病、黃斑病、褐斑病等。主要防治法是：加強栽培管理，注意排灌，增施有機肥，及時間伐和修剪，避免果園鬱閉。炭疽病和褐斑病通常採用多菌靈、45%咪鮮胺、80%代森鋅、34%多抗黴素等進行防治，瘡痂病、腳腐病一類通常採用是先削去病部，再噴施2%春雷黴素或50%多菌靈進行防治。
蟲害：主要有蟎類、花蕾蛆、蚧殼蟲類、粉蝨類、潛葉蛾。
蟎類：①人工投放捕食蟎，果園間種霍香薊等。②藥劑採用蝨蟎脲、5%啶蟲脒、5%噻蟎酮等進行殺蟲。
花蕾蛆：根據病蟲測報，成蟲出土時進行地面噴藥，是阻止花蕾蛆上樹為害的最有效的辦法，利用成蟲剛出土時不立即飛翔，先在地面爬行的有利時機，或在現蕾（花蕾露白似綠豆大小），或花蕾剛現白，成蟲快羽化出土時噴藥。每畝可選用10%高效氯氟氰菊酯、5%阿維菌素等進行殺蟲。
蚧殼蟲類：在若蟲孵化期，施藥2-3次，採用毒死蜱進行殺蟲。
粉蝨類：結合冬季修剪，剪除密弱枝和萌蔽枝及蟲枝，改善通風透光條件。減少越冬蟲口基數。在1-2齡若蟲盛期進行藥劑防治，藥劑採用蝨蟎脲、吡蟲啉等。保護利用天敵，粉蝨類害蟲天敵種類有寄生菌、寄生蜂和捕食性天敵等，在防治病蟲害時注意選擇對有益生物傷害較小的藥劑。
潛葉蛾：抽發不整齊的夏梢，集中放梢，以減少蟲口基數。藥劑採用5%甲維鹽阿維菌素苯甲酸鹽或5%高氯·甲維鹽進行殺蟲。
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