按照達延汗所定的法統，他的長子嫡裔才可繼承蒙古大汗汗位。因為長子圖魯博羅特早逝，在他去世後，其孫博迪繼位，號“阿剌克汗”，因為年幼被三叔巴爾斯博羅特廢黜，直到三年後才恢復汗位。
阿剌克汗在位期間，汗權甚為鞏固。由於兀良哈萬戶的突畦諾顏、格兒博羅特反叛，阿剌克汗廢兀良哈萬戶建制，並在1524年、1531年、1533年、1538年先後四次討伐，最後與三叔巴爾斯博羅特的兒子們一起瓜分了兀良哈萬戶。兀良哈人一部分殘餘向西北逃竄，潛入唐努山和阿爾泰山。17世紀末，他們中的一部分徒至合木吉克地方棲居。如今的唐努兀良哈、阿爾泰兀良哈、合木吉克兀良哈就是原來的兀良哈萬戶的後裔。在此之後，阿剌克汗封巴爾斯博羅特三個兒子為小汗，埋下了日後汗號滿天飛的伏筆。
1547年，博迪阿剌克汗死，長子達賚遜繼位，號“庫騰汗”。在位期間，蒙郭勒津萬戶逐漸被土默特所取代，成為土默特萬戶，掌管土默特萬戶的俺答汗日益強大，對汗位產生威脅。
達賚遜處處與之較量，但終不能壓服，以至於施行惹不起躲得起方針，將汗廷遷往遼東以避鋒芒。雖然在東遷過程中吞併了朵顏三衛中的泰寧、福餘兩衛，但大汗權威已經開始衰微，各部或多或少都開始離心離德，稍有實力的貴族都開始稱汗，雖然都還承認蒙古共主，大亂之象已經顯露。
1557年，達賚遜長子圖門繼位，號“扎薩克圖汗”，大汗的權威有所恢復。對於各部的控制加強，並頒佈法典形成內政外交的統一。同時征服了達斡爾人和今鄂溫克族先民額里克特人。1592年，圖門長子布延繼位，號“徹辰汗”，汗權再次衰落。除了本部察哈爾之外，已經到了“政令不出午門”的地步。布延甚至做出出示元朝傳國玉璽來讓各部承認自己是共主的事情，可算可笑復可悲了。1604年，布延去世，因為長子莽古斯早逝，便由長孫林丹巴圖爾繼位。
達延汗後，蒙古大汗的權威日益下降，有些時候只能控制察哈爾萬戶。到布延徹辰汗時，蒙古大汗便僅僅是名義上的。他們是“蒙古可汗”還是“察哈爾汗”？歷任可汗都要選擇前者，為此不惜付出一切代價，林丹汗便是為之奮鬥終生並恨水東逝，成為北元蒙古的末代大汗。最終的結局，發生在達延汗去世109年後。
達延汗在分封諸子時，大部分兒子的屬民和領地都集中在左翼三萬戶中，他希望用這樣的方法來鞏固汗廷實力，加強大汗的權威。但是，遊牧國家的穩定往往要取決於領袖人物的能力，無論實現安排得多麼妥當，如果領袖能力不濟，便會迅速衰落。
達延汗去世於16世紀初。而在他去世後，整個16世紀，蒙古人中最為引人注目，取得功業最大，對後世影響最深的，不再是傳承不休的可汗，而是一個被可汗冊封的小汗，是原本用來拱衛汗廷的屏藩之長。他便是掌管右翼三萬戶濟農、達延汗第三子巴爾斯博羅特的次子——俺答。
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