玉皇大帝的原始渊源有二，一是原始宗教信仰对天帝崇拜，我国从夏朝开始，就有官方祭祀上天的记录。二是周秦汉以来的至上神崇拜。这主要是受到当时的神仙、方士学说的影响。像《穆天子传》就是描绘穆天子与西王母的故事，后面又有《汉武帝传》，描写人间帝王迎接西王母。这些无不反应秦汉时期人们对神仙世界的向往。
不过玉皇最早的来源是东晋南北朝道教整合时期出现的最高神“元始天尊”的一系列辅神：在陶弘景编纂的《真灵位业图》中，最高的第一层面中位“元始天尊”左右，各有数位以“高上虚皇道君”“高上元皇道君”及“玉玄太皇君”“上皇道君”“玉皇道君”“清玄道君”“上皇天帝”“玉天太一君”“玄皇高真”“太一玉君”“高上玉帝”为名号的神祇；而玉皇大帝最早只是玉皇道君。
第二层面中位是“上清高圣太上玉晨玄皇大道君”，“为万道之主”。唐代，“玉皇”“玉帝”开始成为道教仙界主宰者的泛称；道经中出现了《高上玉皇本行集经》，模仿佛教演说玉皇修道证仙的故事。
宋真宗因梦见神人传“玉皇”之命，于大中祥符七年九月上玉皇圣号曰“太上开天执符御历含真体道玉皇大天帝”。宋徽宗继之，于政和六年九月上尊号曰“太上开天执符御历含真体道昊天玉皇上帝”。北宋时道教类书《云笈七签》把玉皇解释为“天尊”的三代之一：过去是“元始天尊”，现在是“太上玉皇天尊”，未来是“金阙玉晨天尊”，试图做某种统合。
南宋时道教内部则尊其为“玉真天帝玄穹至圣玉皇大帝”，编列在“元始天尊”“灵宝天尊”“道德天尊”之下，“自玄气而化生，居大罗之下，上清之上，掌四种民梵天，而尊于三界之上，是为天主，亦不得已而强名之也。治太微玉清宫”（《上清灵宝大法》卷十）。
元赵道一在进《历世真仙体道通鉴》表中称为“昊天金阙至尊玉皇上帝”，后世道教基本上沿袭了这一称号。总体来看，无论道教内部做何种整合，“玉皇大帝（玉皇上帝）”虽然也是“玄穹主宰”之一，仍然不是最高神。然而在民间信仰中情况则有不同，在宋以后各地都有的玉皇奉祀中，玉皇大帝不仅是道教最高神，也是主宰天地的至高无上之神。
明代杰出的通俗小说《西游记》进一步构造出玉皇大帝统摄佛、道，兼领仙、鬼、人间帝王及黎民百姓的崇高地位，使玉皇大帝成为人们心目中的天上皇帝。
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