首先我們要知道個人獨資企業是不繳納企業所得稅，而是繳納個人所得稅。個人獨資企業是不適用《企業所得稅法》的，而是適用《個人所得稅法》，按其第二條第二款“個體工商戶生產、經營所得”項目徵收個人所得稅。
稅務機關對個人獨資企業所得稅的徵收方法有兩種，一種是查賬徵收適用於會計核算比較齊全的，另一種是核定徵收。具體採用哪種徵收方法由主管稅務機關確定。
個人獨資企業採用的是查賬徵收方法，以每一納稅年度的收入總額，減除成本、費用以及損失後的餘額，為應納稅所得額，然後根據個人所得稅確定的稅率表中對應的稅率計算應納稅款。
現在來看看個人所得稅根據不同的徵稅項目，分別規定了哪三種不同的稅率：
①工資、薪金所得，適用7級超額累進稅率，按月應納稅所得額計算徵稅。該稅率按個人月工資、薪金應稅所得額劃分級距，最高一級為45%，最低一級為3%，一共7級。
②個體工商戶的生產、經營所得和對企事業單位使用5級超額累進稅率。適用按年計算、分月預繳稅款的個體工商戶的生產、經營所得和對企事業單位的承包經營、承租經營的全年應納稅所得額劃分級距。最低一級為5%，最高一級為35%，一共5級。
③比例稅率。對個人的稿酬所得，勞務報酬所得，特許權使用費所得，利息、股息、紅利所得，財產轉讓所得，偶然所得和其他所得，按次計算徵收個人所得稅，適用20%的比例稅率。其中，對稿酬所得適用20%的比例稅率，並按應納稅額減徵30%；對勞務報酬所得一次性收入畸高的，除按20%徵稅外，應納稅所得額超過2萬元至5萬元，依然稅法規定計算應納稅額。
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