胃食管反流病易反覆發作，呈慢性過程，治療時應注重調整生活方式，藥物治療應足療程、個體化。在藥物治療方面，由於酸反流是導致胃食管反流病的主要病因，減少胃酸通常能有效改善症狀和促進食管損傷的修復。因此治療此病的藥物主要包括抑制胃酸分泌的藥物和直接中和胃酸的藥物。
①奧美拉唑、泮托拉唑、雷貝拉唑等拉唑類藥物可抑制胃酸分泌，產生顯著而持久的抑酸效果，是治療胃食管反流病的首選藥物。常規用法為包裝規格1片或1粒，每天服用1-2次。為了保證發揮最佳的藥效，此類藥物應於飯前30-60分鐘服用。每天服用1次時，應於早餐前服用，每天服用2次時，應於早、晚餐前服用。由於此類藥物在胃酸中會被破壞失效，均需做成腸溶片或者腸溶膠囊，因此在服用時不可嚼碎或壓碎服用。如果患者存在吞嚥困難，應告知醫生或藥師，選擇奧美拉唑鎂腸溶片（洛賽克）、艾司奧美拉唑鎂腸溶片（耐信）等可以分散在水中服用的片劑，或蘭索拉唑腸溶膠囊（達克普隆）、泮托拉唑鈉腸溶膠囊（泮立蘇）等可以打開服用的膠囊劑。
②雷尼替丁、法莫替丁等替丁類藥物也可抑制胃酸，但抑酸效果不及拉唑類，而且長期服用容易產生耐藥，導致抑酸效果下降。通常用於服此藥可控制症狀的輕中度胃食管反流病患者，以及服用拉唑類藥物治療時夜間仍出現酸反流的患者。此類藥物常規用法為包裝規格1片或1粒，每天服用2次，應於飯後15-30分鐘服用；用於控制夜間酸反流的症狀時，應於睡前服用1片或1粒。
③鋁碳酸鎂、磷酸鋁凝膠等抗酸藥，能直接中和胃酸，快速緩解症狀。適用於治療輕度胃食管反流病，通常與其他抑酸治療方法同時應用。此類藥物作用時間短，服藥時間應為症狀出現或將要出現時，以餐後1.5小時及睡前給藥最佳；片劑應充分嚼碎後服用。此類藥物中多含有鋁、鎂等金屬離子，不可過量服用；同時這些離子可干擾其他藥物（詳見藥品說明書或諮詢藥師）的吸收，必須合用時建議間隔至少2個小時。
對於存在胃排空延遲的胃食管反流病患者，可使用促胃動力藥對症治療，包括多潘立酮、莫沙必利、伊託必利。此類藥物應於餐前15-30分鐘服用，不可長期大量服用，症狀緩解後應及時停藥。
確診胃食管反流病後，通常選用拉唑類抑酸藥，療程至少為8周。患者應遵醫囑劑量和療程服藥，規範服藥時間，確保症狀的緩解和食管炎癒合。很多患者停藥後會復發，需要長期維持治療來鞏固療效、預防復發。患者應在醫生指導下，用最小的藥物劑量達到長期治癒的目的，治療應個體化，根據患者症狀及食管炎分級來選擇藥物與劑量。
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