在武則天之時，姚祟便已經入朝為官，在這期間，姚祟表現出了非凡的政治才能，對於許多武則天難以解決的政治難題，他都能上書論政，對答如流。於是，武則天將姚祟派遣為主管刑獄的官員。恰逢武則天推行嚴刑峻法，主管刑獄的官員大多是酷吏。姚祟為官清廉，執法公正，避免了很多冤假錯案的發生，甚至還將那些蒙冤受屈之人放了出來，在朝野上引起很大爭議，幸好武則天不拘一格任用人才，見姚祟非比常人，遂連連提拔他。
武則天聖曆元年(公元698年)，姚祟終於坐上了尚書的位置，同時還兼任了相王李旦府的長史。如此快的晉升速度，不得不讓人疑問，為官清廉、執法公正的人，歷史上雖然不是很多，但也不少。何以姚祟會獨佔鰲頭呢？
在為人上，姚崇性格豪放、雅量高致。為官上，更是才華出眾、沉穩靈活。加之遇到了武則天這樣一個不拘一格的君主，姚祟在步入仕途之後，便一路順風順水，平步青雲，很快便當上了武則天大周王朝的夏官(即兵部)郎中。也正是到了這個位置，姚崇的才幹才真正地體現和發揮出來。
適時，契丹族大舉進攻中原，為了防止他們的襲擾，武則天派遣大軍前去抵禦敵人，一波三折之下，契丹軍大敗，捷報傳來，武則天龍心大悅。到了論功行賞之時，武則天發現，在這一期間，兵部的事務極其煩瑣，但是姚祟憑藉其過人的才能，讓原本紊亂不堪的事務變得井井有條。素有愛才之名的武則天，立刻提拔姚祟做了夏官侍郎。
神功元年(公元697年)，武則天的政權已經越來越穩固，安下心來的武則天對於那些枉死獄中的朝臣，對於那些酷吏捏造的冤假錯案，也進行了反思。姚祟曾在秋官(刑部)任職，對於周興和來俊臣等一干酷吏和他們的伎倆，是很清楚的。這些人藉著武則天的護佑，濫用刑罰，無法無天，使無數人家破人亡。
如今見武則天有此感悟，姚祟便直言不諱地向武則天陳述了自己的意見。姚祟認為，自大周垂拱(公元685—688年)時期到現在，有多少人因為被冤枉而家破人亡。為了能夠立功，那些告密的人可謂無所不用其極，想盡各種辦法去羅織別人的罪狀。如此一來，皇帝派遣下去的人，一個個都戰戰兢兢如履薄冰，自身難保之下，哪裡還顧得上他人的死活？那些被冤枉的人，只要能夠苟全性命，就不會想要重崛起起，聞達於朝野。因為那樣一來，他們便會面臨酷吏的追殺，慘遭他們的毒手。所以看起來，一切的冤假錯案，似乎都是證據確鑿，無可辯駁的。
姚祟還認為，幸好武則天早早醒悟了過來，將那些國家的毒瘤清除了，整個朝野才漸漸安定了下來。所以姚祟使用自己以及全家人的頭顱做擔保，從今往後，朝廷內外一定不會有謀反的人了。同時，姚祟還向武則天建議，今後若有人密告有人謀反，皇帝陛下只要將那些狀紙收存起來，不加追究就可以了。如果真的發現了有人謀反的確鑿證據，自己甘願領受知而不告的罪責。
武則天不愧是古今女子第一人，對於姚祟的尖銳批評和毫不顧忌情面的建議，武則天不但沒有追究其誹謗之罪，反而表現得很是高興。因為她認為，以前的那些文武重臣，食君之祿卻不忠君之事，對於既成的事實不但不加以反思，反而推波助瀾，讓自己成了一個濫殺無辜的君主。姚祟今日的言論，正好說到她心裡去了。於是，武則天命令下人，給姚崇賞賜了千兩白銀。更為重要的是，二人的相知和相惜，經過這件事情，可謂更進一步。
一年以後，武則天提拔姚祟擔任了宰相。可是幾年以後姚崇就因為剛正不阿而得罪了深受武則天寵信的張易之、張昌宗兄弟，遭到了報復。武則天聽信了張氏兄弟的讒言，將姚祟調離京城，轉而做了靈武道德大總管。其實，武則天心中清楚張氏兄弟的想法，只是暫時時機不太成熟，不可以貿然打壓張氏兄弟，遂只能暫時將姚祟貶滴在外。臨行之前，為了讓朝中局勢不致因為姚祟的離去而發生動盪，武則天便向姚祟諮詢，由誰來繼任宰相之職較為合適。
其實在此之前，姚祟就十分欣賞張柬之的才能，屢次向武則天推薦過此人，而張柬之也因此仕途平順、屢受升遷，只是一直沒有坐上宰相的位置。
這一次見武則天向自己問起宰相的繼任人選，姚祟毫不猶豫地推薦了張柬之。其實在不久之前，張柬之在武則天的心目中，已經是宰相的不二人選，此時見姚祟有心推舉他，武則天索性順水推舟，讓張柬之做了宰相。
此時張柬之雖然已經年近八十，但仍然老當益壯，把朝中一應事務打理得井井有條。同時，他還利用職務之便，積極地聯絡有志之士，積蓄力量準備打擊張易之和張昌宗兩兄弟的勢力。
不久，張柬之聯合了桓彥範，與姚祟等人一起，一舉剪除了朝中最大的蛀蟲，張氏兄弟。其實對於張氏兄弟，武則天早已有心剷除，可是她沒有料到張柬之等人竟然趁此機會，將自己推下了天子寶座，轉移到上陽宮中了卻殘生。武則天的第三子李顯登基稱帝，是為唐中宗。
政變成功了，張柬之、姚祟等功臣，也論功行賞，獲益匪淺。姚祟在奪取了武則天的權力之後，由於之前屢受武則天的恩德，故而始終心存愧疚。而且他也認識到，雖然武則天被廢翻了，權力似乎重新回到了李家正統的手中。但是實際上，鬥爭遠遠沒有結束，韋后掌權也是遲早的事情。如果這個時候還留在京師，必然會被捲入宮廷鬥爭，朝不保夕、禍福難料。
很快，姚祟被調離朝廷，做了毫州(治所在今安徽毫州)刺史。暫時得以遠離朝廷的紛爭，不失為一個明哲保身的明智舉動。果然，姚祟去了毫州後不久，張柬之便被殺死。武三思和韋后則相繼掌權。後來武三思被殺，中宗更是被韋后與安樂公主毒死，朝中大權徹底落人了韋后母女的手中，直到李隆基發動政變，政權才最終回到了李氏家族的手中。而姚祟也在這一連串的宮廷變亂之中，得以毫髮無傷，可謂不幸之中的萬幸。
也正是如此，才讓姚祟得以在以後的政治生涯中，真正地大展拳腳，實現其政治抱負。景雲元年(公元710年)，繼位的睿宗李旦，將姚祟調回京師，任兵部尚書、同中書門下三品。
算起來，姚祟是第二次坐上了宰相之位。但是這一次，他的政治生命並不是很長久，因為此時朝中大權大都落入了太平公主的手中，姚崇上書睿宗剪除太平公主勢力，李隆基為了保護姚祟向唐瑞宗進言將姚祟貶為地方官，這離姚祟上任宰相還不到一年的時間。
開元元年(公元713年)，唐玄宗率先出擊，將太平公主的一干黨羽一網打盡，從此李隆基都成了大唐江山唯一的君主。明相姚祟政治生涯的黃金階段也宣告來臨。
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