有很多人类历史与那些在江河湖海下面淹没的古代城市有关。这些城市有些是因为数千年前的地震，海啸或者其它灾难而沉入水底。近来因为偶然或者技术革新而重新发现了很多。有些甚至使得科学家们对于人类文明的历史产生了疑问。
埃及，亚历山大：位于亚历山大（亚历山大大帝的城市）海滨，被认为是克利奥帕特拉女王皇家住所的废墟。1500年前的地震被认为是使得这座城市以及器物，雕像和克利奥帕特拉宫殿的其它部分淹没于海中的罪魁祸首。亚历山大市甚至计划提供这个奇观水下之旅。
印度，坎贝湾：数年前发现的9500年历史古城的巨大遗址。这个淹没的遗迹有完整的建筑和人类遗迹。更重要的是，这个发现使得这一地区的历史提前了5000年，历史学家们要重新评估他们对这一地区文明史的理解。这个发现被命名为Dwarka，或者叫做金色城市，名称来源于一个古代的属于印度教神祗奎师那Krishna的海中城市。
泰国，帕耀湖：就帕耀湖底的500年历史的泰国神庙来说，它本身来说可能并非不寻常的。使其独特的是因为这个湖是在大约70年前有意形成的，最近有讨论过花费数十亿美元来修复庙宇。然而，遗迹已经成为鱼类的栖息地，因而很多人认为这应该保持现状。
日本，与那国岛：大约二十年前的一次潜水之旅中被发现。关于日本海岸发现的神秘金字塔状结构引发了很多争论。这些结构似乎是在岩床上被这一地区文明史上不可能存在的工具雕刻而成的。
古巴，哈瓦那：一队科学家继续研究古巴附近犹加敦海峡中的巨石遗迹。他们已经发现了海岸边延伸数英里的广阔的城市特点的环境。有些认为这一文明将使得所有已知的古代美洲文明提前。目前，这个神秘的水下城市仅存在于电脑模型的。
欧洲，北海：最近北海海底发现了逝去的万年前人类狩猎聚集时的自然景观。过去曾经是河流，湖泊和海洋的地方现在都位于海底，仅仅从数码地图上可以分辨出。科学家们认为这些奇妙的保存的很好的景观位于古代文明在欧洲传播时的中心。
南极洲的亚特兰蒂斯？一百多年前，伊斯坦布尔的一个博物馆长有了一个不寻常的发现。在检查羊皮上的古代地图时，他发现今天的南极洲的位置标明为一系列山脉。这个地图是人们用来尝试证明南极洲就是寓言中失去的亚特兰蒂斯大陆的许多证据之一。其它证据包括近来（通过声纳技术）发现的南极洲下陆地以及古代制图师所使用的绘图系统提示亚特兰蒂斯可能离地中海很远。
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