棉花從出苗到現蕾的一段時間為苗期，一般經歷40-45天。此期由於氣溫仍較低，幼苗嫩小，抗病力弱，極易受病蟲危害，特別是、立枯病、炭疽病、紅腐病和蚜蟲等危害尤其嚴重，常造成缺苗斷壟，或使棉花生長受阻，影響壯苗早發。
主要病害及其症狀
1、炭疽病：苗期、成株期均可以染病。苗期染病：發芽後出苗前受害可造成爛種；出苗後莖基部發生紅褐色縱裂條斑，擴展縊縮造成幼苗死亡。潮溼時病斑上產生橘紅色粘狀物（病菌分生孢子）。子葉邊緣出現圓或半圓形黃褐斑，後乾燥脫落使子葉邊緣殘缺不全。
炭疽病危害症狀
2、紅腐病：我國各棉區均有發生，苗期、鈴期均可染病。苗期染病在幼芽出土前受害，芽變為紅褐色腐爛。出土後受害棉苗根部的根尖、側根變黃，後變黑褐色腐爛。幼莖染病導管變為暗褐色，近地面的幼莖基部出現黃色條斑，後變褐腐爛，幼根、幼莖腫脹，子葉，真葉邊緣產生灰紅色不規則斑，溼度大時其上面產生粉紅色黴層。
紅腐病危害症狀
3、立枯病：幼苗出土前造成爛子和爛芽。幼苗出土以後，則在幼莖基部靠近地面處發生褐色凹陷的病斑；繼則向四周發展，顏色逐漸變成黑褐色；直到病斑擴大縊縮，切斷了水分、養分供應，造成子葉垂萎，最終幼苗枯倒。
立枯病危害症狀
4、蚜蟲： 蚜蟲是棉花苗期的主要害蟲之一，蚜蟲以刺吸口器刺入棉葉背面或嫩頭，吸食汁液，受蚜蟲侵害的棉花幼苗，葉片枯黃脫落，表面有蚜蟲排洩的蜜露，還容易誘發黴菌滋生。蚜蟲最適合的溫度為 25℃，最適合的溼度為 55%～85%，多雨氣候不利於蚜蟲發生，大雨對蚜蟲有明顯的抑制作用，而時晴時雨、陰天、細雨對其發生有利。
蚜蟲危害症狀
二、綜合防治措施
棉花苗期由於病蟲害種類較多，單一防治一種病蟲害，不但費工費時，而且成本較高，效果也不理想，因此，必須要以預防為主，才能達到事半功倍的效果。可在播種前用60%吡蟲啉懸浮種衣劑+3%苯醚甲環唑懸浮種衣劑按藥種比1：300拌種，晾乾後播種，可以有效防治棉花苗期的立枯病、炭疽病、紅腐病和蚜蟲等多種病蟲害，有效期可達60天左右，整個苗期不用再噴灑任何藥劑。
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