上清派作為道家修行內外轉化時期的一個重要門派，不但承接了太清派的理論，奠定了後世三洞四輔的道家格局基礎，同時將天人合一的思想融會貫通，創造出了自身獨有的一整套丹道理論與體系。並且與藏象學有著密不可分的關係。
藏象學說是關於人體臟器於陰陽五行形象化的學說。比如：肝有病了，要考慮腎；因為肝的象是木，腎的象是水，而水生木。那麼這樣的中醫學說又與上清派有著什麼樣的關係呢？
上清派是道教的一個重要流派。該派主要以存思、守神、行氣、 服食為主要修煉手段，本質上來說就是盜取天地萬物的“生機”與發覺培育自己的“先天一氣”，從而培育出真我，與大道合二為一，返回先天境界的過程。而這種盜取生機以求內養的方式，自然也就離不開藏象，所以上清派可說對道學及中醫學都有著深遠的影響。
何謂藏象？明代張景嶽認為象是形象之義，臟腑居於內而形見於外,所以叫藏象。故“象”是“藏”的外在反映，“藏”是“象” 所反映的內在本質,二者是現象與本質的關係。因此，藏象實質是以五臟為中心的人體內外環境的系統聯繫。
而藏象學就是討論五臟的功能、特性及其功能外在徵象為主要內容。從一定程度上來說，比起中醫學的人體生理學，其內涵更為豐富。而上清派在煉養術範疇認為煉形易質應以五臟為核心，正應對了藏象學。
如上清派經典《黃庭經》、《真誥》都記載了豐富的上清派存思之法,且主要以存思五臟之神為主，有不少關於五臟包括五臟神靈形色、生理功能等方面的描述。其中《黃庭內景經》還分篇章對心、肺、肝、腎、脾、膽五臟一腑都有討論。
上清派之所以重視五臟在煉養術中的重要作用，有其理論依據。五臟是人體組織器官的核心，周身之氣、血、津、液、 經絡都以五臟為中心，五臟安和，人即不病。上清派基於這樣一種認識，大力推崇五臟煉養術。
而《真誥》中，則更多針對五臟煉養的方法是存思和行氣。其實存思法，所存的對象皆為“人體身神”。所謂“身神”是道教對於人體結構與內部組織的一種十分獨特的看法，在道教養生與醫學中佔有相當重要的位置。修道之士試圖通過對身神的存思內觀，以達強身健體、治病祛疾，乃至長生不老的目的。
具體的方法主要有幾種，首先是意守黃庭。《黃庭外景經》說：“黃庭中人衣朱衣，關元茂籥闔兩扉，幽闕俠之高巍巍，丹田之中精氣微。”即以心神注守黃庭，心色本赤，故曰衣朱衣；閉口屈舌，冥目內視，即為闔扉。內煉家以意守黃庭，積精累氣為基本功夫。
《上清大洞真經》曰：“謹請命門下一黃庭元王始明精，字符陽昌，常守兆兩胯之間，車軸之戶死炁之門，使兆百血凝結，神炁不散，拔出地戶，超度八難。真思命門下一黃庭元王始明精真炁，月光之色，罩於頂上。默微咒曰：下一真元王，號曰始明精，三皇把符命，金契度仙庭，上招景中炁，炁布灌我形，羽車曜雲羅，令我升上清。次思月光從兆泥丸中入，兆乃口吸神雲，咽津三過，結作三神，一神狀如月帝，黃袞冕，二神亦黃衣，侍立，下入絳宮；下真元王下入大腸，出懸於空中，二神入兩膀胱，穿兩腿髓內，下至湧泉穴，出兩腳根，二神各負半月，倒上合於虛中元王，上充腰間車軸之戶，合為圓月，月形無窮，映了身形，順時吐息。”
與《黃庭外景經》不同，《黃庭內景經》更為精微，是將五臟六腑分屬上中下三部，每部八種器官，即所謂“八景二十四真”；又各賦予每一種身神的名稱、形象，指出其在體內相應之關竅地位，逐一闡述其功用與煉養方法，使人知所守而身體力行。所謂“治生之道了不煩，但修洞玄與玉篇，兼行行中八景神，二十四真出自然。”
綜上而言，魏晉時期的上清派道教在煉養術上重視以臟腑為本，吸納了中醫藏象學說的內容，以具體的養生修煉印證了藏象學說的深刻內涵。這不僅對後世道教的發展影響深遠，也對中醫藏象學說理論的發展起到了一定促進作用。
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