《自然》子刊:免疫治疗获新突破!两独立团队找到能预测免疫治疗效果的特殊T细胞,治疗3周内预测患者预后

预测免疫治疗的疗效,一直是临床上的大难题。过去科学家们的解题思路,大多是围绕着癌细胞的特征做文章,比如PD-L1表达水平、肿瘤突变负荷(TMB)。

但这些手段的不完美,奇点糕也唠叨过不少次了,想玩转免疫治疗这个游戏,得有更好的攻略啊。知己知彼,才能百战百胜,敌人你们了解了,可自己人呢?

近期发表的两项研究,终于把关注点放到了“自己人”T细胞的身上:在免疫检查点抑制剂治疗开始后,对外周T细胞进行分析,有望在3周内预测患者疗效!这两项研究分别发表在《自然·癌症》(Nature Cancer)和《自然·医学上》[1-2]。

《自然》子刊:免疫治疗获新突破!两独立团队找到能预测免疫治疗效果的特殊T细胞,治疗3周内预测患者预后准确率超9成丨临床大发现

所谓殊途同归嘛

(图片来源:Nature Cancer)

具体到单一患者的层面,免疫治疗能不能见效,现在还很难在治疗开始前预测。但治疗开始了,也不是非要走完整个疗程吧?如果能在短时间内早做判断,就有希望避免无效治疗和资源浪费。

免疫反应是否被激活,就可以作为早判断的依据。近期有研究显示,免疫检查点抑制剂激活的抗肿瘤免疫应答,一般是在用药开始3周后达到最高峰,相当于PD-1/L1抑制剂临床的一个治疗周期[3]。

要衡量免疫反应激没激活,那就得看T细胞了,它们不仅得有数量,质量也很重要。数量好理解,看T细胞扩增水平和具体扩增的亚群就行,但质量就涉及到很多方面的指标。

在第一项研究中,曼彻斯特大学的研究团队关注的,是外周T细胞抗原受体(T cell receptor, TCR)的变化,更具体的话,是TCR当中的高变区CDR3。

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CDR3区的结构还是很有意思的

(图片来源:Philosophical Transactions B)

这个CDR3高变区,可以在特异性抗原出现时,通过基因重排的方式发生变化,T细胞要想识别和杀伤敌人,这一步是必不可少的。或者说CDR3的多样性,才让人体T细胞能够抗击体内体外,形形色色的对手

曼彻斯特大学的研究团队,同时采用了两种方式评价CDR3:TCR测序技术,测外周血中单个核细胞(PBMCs);循环游离DNA(cfDNA)检测,找死亡细胞释放的CDR3。

测外周T细胞不仅比测肿瘤内T细胞容易,而且它们的TCR变化,和上前线的T细胞基本是同步的。在免疫检查点抑制剂治疗时,从胸腺迁移出来,加入外周的T细胞数量也没有明显变化,不会影响结果,所以这种由外向内的评价相当可靠。

由于CDR3的变化是经由基因重排实现,而基因重排又是随机的,研究团队设计了一个名为“重排效率评分”(Rearrangement Efficiency Score, RES)的指标,即有效重排与整体重排数的比值,来评价外周T细胞当中,到底有多少可用之兵。

研究团队比较了健康人和黑色素瘤患者,发现测定PBMCs和cfDNA得到的RES值是基本相同的。

在患者使用免疫治疗3周后,PBMCs的RES值基本不变,但cfDNA的RES值会小幅升高,这些升高的患者,几乎都在此后达到了客观缓解

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PBMCs变化不大,但cfDNA当中差异就肉眼可见了

根据这个RES值的变化,研究团队顺藤摸瓜,找出了外周T细胞中,真正受到免疫检查点抑制剂激活的一小部分T细胞,命名为免疫效应T细胞(TIE Cells)。

免疫效应T细胞的扩增比例,只要在免疫治疗3周时超过0.8%,就提示患者的客观缓解可能性更高,预后更好,从研究团队收集的患者数据来看,这个指标的预测准确率达到85%-92%!

(按曲线下面积AUC计算)

但论文中也指出,免疫效应T细胞的这种预测价值,可能还仅限于第一个治疗周期当中使用,研究团队分析其他开源数据库时发现,到了免疫治疗的第12周,免疫效应T细胞的扩增比例和患者预后就没有明显关联了。

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生存率差异一目了然

而从外周T细胞整体的变化趋势来看,响应免疫治疗患者的TCR受体库,呈现的是与抗击感染比较类似的变化,病情进展的患者就没有,区别也同样明显。

在《自然·医学》刊登的研究中,牛津大学的研究团队则是分析了外周CD8+T细胞,在免疫治疗开始3周内,细胞整体层面的基因转录表达变化。与抗肿瘤免疫相关的基因表达多了,T细胞的战斗力就上来了。

基因测序的结果显示,在响应免疫治疗的黑色素瘤患者当中,基因表达上调最多的,也是编码T细胞TCR的相关基因,但这种上调却和免疫检查点抑制剂本身没有明显关联。

分析响应治疗患者和不响应患者的TCR受体库,研究团队也发现了与第一项研究类似的变化:只有一小部分在记忆效应性CD8+T细胞(TEMCells)中,拷贝数增加较多的,编码TCR的基因,才与患者治疗的预后有关。

具体到基因种类上,CCL4、PRF1、GNLY、ITGB1这些扎堆出现的基因,会集中出现在记忆效应性CD8+T细胞当中,也提示着患者较好的预后,预测准确度也超过了80%。

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《自然·癌症》配发的评论认为,这两项最新的研究,为免疫治疗早期预测疗效、调整方案甚至是剂量升级,提供了初步努力的方向,精准指导免疫治疗,不再粗放使用,就需要这样的努力。

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1.Valpione S, Galvani E, Tweedy J, et al. Immune awakening revealed by peripheral T cell dynamics after one cycle of immunotherapy [J]. Nature Cancer, 2020.

2.Fairfax B P, Taylor C A, Watson R A, et al. Peripheral CD8+ T cell characteristics associated with durable responses to immune checkpoint blockade in patients with metastatic melanoma [J]. Nature Medicine, 2020.

3.Huang A C, Orlowski R J, Xu X, et al. A single dose of neoadjuvant PD-1 blockade predicts clinical outcomes in resectable melanoma[J]. Nature Medicine, 2019, 25(3): 454-461.

4.Boland G M, Flaherty K T. Tracking early response to immunotherapy [J]. Nature Cancer, 2020.

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本文作者 | 谭硕


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