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蝙蝠造成的危害主要在於流行病，這次的冠狀病毒經科學家溯源很可能就是來源於蝙蝠。但野生蝙蝠與人類接觸的機會很低，因此而滅絕蝙蝠可能不利於生態系統。
蝙蝠造成的幾次嚴重疾病流行會使一些人懼怕蝙蝠，但實際上我們日常生活中接觸到蝙蝠的機會很少，被蝙蝠傳播疾病的幾率是很低的，但為什麼蝙蝠傳播疾病就這麼厲害呢？蝙蝠是一種夜行性的動物，它們有的吃水果有的捕食昆蟲，但是很多品種都攜帶著病原，人類很多疾病都傳自於蝙蝠，埃博拉病毒、馬堡病毒、亨德拉病毒、尼帕病毒和 SARS-CoV 等高致病性病毒，
而蝙蝠自身卻沒有顯示出與這些病毒相關的症狀，說明它們有對此類病毒的抵抗機制。科學家研究後發現蝙蝠蝙蝠中有一種叫做 STING-干擾素的抗病毒途徑受到抑制，或者就是基於這個原因使它們不懼怕自身攜帶的病原，而它們夜行的特徵也使得一些懼怕陽光高溫的病毒更利於傳播，可能是在演化過程中兩種物種形成了一種平衡，病毒寄居在蝙蝠體表，隨著蝙蝠的活動向四周播撒，遇到合適的宿主就可能傳播開來。
有的人覺得應該滅絕蝙蝠，因為歷史上蝙蝠造成的病患不少，且不少都有一定的傳播性。以往我國曾視麻雀為有害動物，因為它們會偷吃人類種植的糧食，曾經興起過滅麻雀的行動，導致麻雀的數量迅速減少，但它們除了會吃點糧食，也會捕食一些昆蟲，也有利於保護農田，後來又將麻雀定位保護動物。我國人多，要是全民去滅蝙蝠的話，是很可能使蝙蝠數量大幅度降低的，但是蝙蝠的種類很多，有一些生活在人類城市附近，但更多的生存在野外叢林山洞，
有一些非常隱蔽，加上它們夜行的特徵，想要完全消滅也需要經過一段相當長的時間。從活動範圍來看，大多數的蝙蝠生活的區域本身是沒什麼人類的，我們人類如果不去主動地捕捉甚至食用那些野生蝙蝠，絕大多數情況下它們身上的病原是不會傳播給人類的，如果主動如抓蝙蝠，反而會造成更多人與更多種類的蝙蝠較為近距離的、親密地接觸，被傳播感染的幾率反而可能會增高，而且則可能破壞生態平衡。
因為蝙蝠的長相活動特點以及可以傳播疾病的特點，歷史上一些地區的人類也將蝙蝠和一些恐怖的現象聯繫在一起。蝙蝠的活動規律、習性等方面看，滅絕蝙蝠也會比較麻煩，而且正常情況下我們不去招惹它們的話它們還會捕食蚊蟲，這對人類也是有一定好處的。
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