日本天文十二年（公元1543）,一艘開往中國寧波的葡萄牙商船因遭遇暴風雨漂流到了日本九州的種子島（今鹿兒島境內）。船上共有100餘人，容貌怪異，語言不通，日本人見之無不稱奇。恰巧有一位名叫五峰的“大明儒生”（即明末大海盜頭子王直）,可以通過漢字與日本人進行交流。日本人對葡萄牙人攜帶的三支火槍極感興趣，鹿兒島大龍寺禪僧南浦文之在《南浦文集·鐵炮記》中對此有詳細的記載:
“賈胡之長有兩人，一曰良叔舍，一曰喜利志多侘孟太。手攜一物，長二三尺，其為體也，中通外直，而以重為質。其中雖常通，其底要密塞，其旁有一穴，通火之路也，形象無物可比倫也。其為用也，入妙藥於其中，添以小團鉛，瞄其目，而自一穴放火，則莫不中矣。其發也，如掣電之光，其鳴也，如驚雷之轟，聞者莫不掩其耳矣。”
種子島島主時堯對火槍的威力極為震驚，以兩千兩黃金的高價買下了兩支火槍，並立即命工匠仿製。就這樣，一場暴風雨，給日本吹來了火槍，也吹來了與方的“南蠻貿易”（日本人稱葡萄牙人和西班牙人為南蠻人）。
南蠻貿易
此後，葡萄牙開始拓展對日貿易，以馬六甲為樞紐，葡萄牙商人將日本亟需的槍支、火藥以及中國生產的生絲、絹綢運往日本，並且從日本運出銅、銀、刀劍、海產品、漆器等貨物。其中以中國的絲綢為貿易的最大宗，當時的日本對生絲的需求量極大，倒賣生絲競能獲得近10倍的利潤。在巨大的商業利益誘惑下，日本各國的大名都迫切地希望南蠻人能到自己的領國進行貿易，這些葡萄牙商人成為了日本大名的搶手貨。
貿易的繁盛為基督教的傳播提供了有利的條件。公元1549年，耶穌會傳教士沙勿略從印度果阿出發，搭乘葡萄牙商船取道馬六甲前往日本。沙勿略在出發之前給本國耶穌會寫了一封信，信中說:“將日本人的靈魂從惡魔的裡解救出來交子上帝，讓日本人成為葡萄牙和西班牙國王的忠實臣民。”沙勿略帶著這樣一番好意來到日本傳教，而那時的日本，正是戰國大名群雄逐鹿的時代，織田信長也還是一個15歲的少年。
同年7月22日，沙勿略達日本的薩摩藩（鹿島島），揭開了基教在日本傳教的序幕。日本的戰國大名對沙勿略持歡迎態度，諸如平戶大名松浦隆信、山口大名大內義隆都很友善地接待了沙勿略，不但允許其傳教，而且還貼出告示鼓勵民眾受洗並且嚴禁傷害傳教士。在戰國大名的保護下，沙勿略的傳教事業還是比較順利的，在山口城不到兩個月，就有500多人受洗入教，其中有一半以上都是大名的家臣，甚至有些大名還親自加入基督教。但是，諸位戰國大名之所以支持沙勿略，並不是因為他們真心地信奉上帝，他們甚至從沒搞清過上帝到底是個什麼東西，他們的真實目的是為了“南蠻貿易”。在狼煙四起的戰國時代，每一個大名都想壯大自己的實力以稱霸天下，這就非常需要南蠻商人帶來的威力巨大的鐵槍鐵炮，以及一本萬利的商業利潤，所以諸國大名都想將南蠻商船吸引到自己的領國來進行貿易，而拉這個頗有來頭的傳教上並且鼓勵基督教的傳播，無疑是吸引南蠻商人的一個最有效的手段。沙勿略對這一點心知肚明並且大加利用，宗教目的與商業利益互相支持，緊密配合，所調的“商教合一，成為基督教傳教事業中屢試不爽的黃金法則。
沙勿略
雖然得到了戰國大名的保護，但遠在異國他鄉，文化不同，風俗各異，沙勿略的艱難也是可想而知的。其中最大的個難題就是語言不通，如何用世界上最繁瑣的日語來解釋“上帝”的概念，令沙勿略大傷腦筋。他在日語中找來找去終於發現了“大日”兩個字，他誤認為日本人拜的唯一造物之神“大日”，可以用來表示無所不能的“上帝”，所以在早期的傳教過程中，沙勿略一直用“大日”一詞來宣揚上帝。可誰知“大日”在日語中竟然有男女生殖器的意思，所以每當沙勿略手捧聖經，虛誠無限地高:“讓我們禮拜大日吧！”日本人就倍感莫名其妙甚至一陣鬨笑。
沙勿略在近兩年的傳教生中，深切地感受到大洋彼國對日本的巨大影響，他在一信件中寫道:“當日本人爭吵不休之時,他們總是要藉助中國人的權威。我所觀察到的事實是，凡是涉及宗教問題以及國家事務之時,日本人總是習慣性地乞靈於中國人的智慧。”於是沙勿略產生了一個偉大的想法:先征服中國,再征服日本。他繼續寫道:“今年(公元152年)我將前往中國國都,一且中國人信奉真主,必能使日本人摒棄現行一切之異端邪說。”公元1552年11月，沙勿略來到了中國廣東沿海的上川島,可當時正值明朝實行海禁,沙勿略難以入境,在熱切的渴望與焦急的等待中,同年12月3日,這位虔誠的傳教士突發高燒去世,結束了他偉大的一生。
沙勿略死後,基督教的神甫們紛至沓來,不斷地趕往日本去傳插“上帝的教誨”。公元1569年4月初,傳教路易斯·弗洛伊斯帶著厚的禮物在京都的二條城拜會了織田信長,織田信長對弗洛伊斯表示了極大的歡迎。4月8日,織田信長頒佈了對基督教的“特許狀”,允許耶穌會傳教士在京都居住，免其承擔賦投,保護其人身安全,嚴厲懲處妨礙傳教者。從此,在織田信長的保護之下,基督教在日本的傳播可謂進入了黃金時代。但是,織田信長和其他戰國大名一樣,其目的也只是為了獲得鐵槍鐵題以及南蠻貿易的巨大利益。而基督教顯然沒有辜負織田信長的青味,在公元1575年的長筱之戰中,織田信長正是憑著3000支火繩槍才擊敗了武田家族的強大騎兵。
另外,織田信長還有意藉助基督教來對付有的佛教勢力,特別是“一向一揆”。織田信長大肆滅佛,在公元1571年一年之內,便燒了40多所寺院。屠殺了成千上萬的僧侶和佛教徒。如此大規模的滅佛行動,也間接地推動了基督教的傳播。總之，在織田信長時代，基督教的發展為迅速，據神甫範禮安估計，截止到公元1582年的“本能寺之變”，全日本已有200多個教堂，75個耶穌會和15萬名基督信徒。
織田信長死後，豐臣秀吉繼續扶持基督教。天正十四年(公元1586)4月1日，豐臣秀吉造訪了大阪的基督教堂，他對神甫們表示敬意，並且開玩笑說，如果教會允許多娶幾個老婆的話，他也會受洗入教了。同年5月4日，耶穌會神甫科埃裡回訪了豐臣秀吉，雙方進行了非常愉快的交流。豐臣秀吉向科埃裡透露了將要征服朝鮮和中國的計劃，他希望傳教士能夠聯絡葡萄牙人，幫助日本在每艘戰船上安裝兩門大炮，並且派遣海軍和水手援助日本。豐臣秀吉還允諾說，一旦征服了中國，他定會全力支持基督教在中國的佈教。為了表示誠意，豐臣秀吉當天便籤署了保護傳教上的《關白殿許可狀》，免除了教堂的種種賦稅。
公元1587年，豐臣秀吉征服了九州，在平戶視察的時候，豐臣秀吉對傳教士在九州巨大的影響力感到驚訝。同年6月初，葡萄牙船長邀請豐臣秀吉登上了葡萄牙的商船，並獻上了不少珍貴的禮物。豐臣秀吉很高興，他仔細地觀察了葡萄牙商船的性能，並且開玩笑說：“我亦當成為基督的弟子。”
豐臣秀吉從葡萄牙商船上回來以後，當晚淫慾大發，命令大名有馬晴信獻上幾位當地的美女侍寢。可誰知這幾位美女全都是基督教的信徒，按照教義的規定，女人的貞操重於一切。正當豐臣秀吉準備寬衣解帶，淫興一番之時，這幾位女子斷然拒絕了豐臣秀吉的要求。區區幾個賤婢，意膽敢違抗最高統治者，這令半臣秀吉始料未及，大吃一驚。也許是因為豐阻秀吉猛然覺察到基督教的危險，在短短9天之後，豐臣秀吉突然發佈《伴天連追放令》（伴天連是神甫、傳教士的日文田譯），其主要內容有：一、日本是神國，不可接受吉利支丹國(基督教國家的日譯)之邪法；二、基督教與一向宗實乃一丘之貉，同為天下之害；三、諸國傳教士，限20日之內離開日本；四、南蠻貿易乃貿易之事，宜另當別論；五、不礙佛法之商船，即便來自吉利支丹國，亦應准許；六、諸國大名不可強制百姓皈依基督。
豐臣秀吉對基督教的態度為何倉皇翻覆，歷來眾說紛紜，莫衷一是。但從《伴天連追放令》中可以看出，豐臣秀吉雖然下達了驅逐令，但他依然要保護南蠻貿易，所以特別強調貿易之事要另當別論。實際上，商教早已結成一體，難以分割，驅逐傳教士自然引起了商人們的不滿，葡萄牙商人以中斷貿易相威脅，豐臣秀吉不得不做出讓步，同意傳教士仍可在長崎居住，但人數不可超過10人。豐臣秀吉對貿易的依賴使他的《伴天連追放令》難以實施，他不得不默許教會的繼續存在和半公開式的傳教活動。
按照歐洲教皇的規定，在日本的傳教活動是由葡萄牙耶穌會壟斷的，而豐臣秀吉雖然沒有對耶穌會下殺手，但驅逐令畢竟大大限制了教會的發展。西班牙的殖民勢力見有機可乘，遂派遣天主教會來到日本，在京都、大阪等地傳播天主教，與葡萄牙的基督教競爭。豐臣秀吉也正想利用西班牙來制衡葡萄牙的貿易壟斷，於是就默許了西班牙人的傳教活動。至於基督教與天主教的區別，日本人根本分不清，任憑西班牙人和葡萄牙人唇槍舌劍，互相詆譭，日本人只感到莫名其妙，權當他們都是一回事兒。
聖菲利浦號
慶長元年(公元1596)，正值豐臣秀吉侵略朝鮮之時，一艘西班牙商船“聖菲利浦號”因遭遇颱風漂流到了日本土佐國的浦戶海岸。豐臣秀吉派重臣增田長盛審訊這些船員，船長坦率而愚蠢，他拿出了世界地圖，向增田長盛炫耀西班牙如何之強盛，在海外建立了哪些殖民地，並且告知增田長盛西班牙國王已經派遣傳教土先行傳教，發展信徒以為內應，然後再率領軍隊合力征服日本。葡萄牙人也趁機煽風點火，向豐臣秀吉講述西班牙血跡斑斑的侵略史。豐臣秀吉大驚失色，立刻下令速捕京都、大阪的天主教傳教士和日本信徒24人，將他們押往長崎，釘死在了十字架上，這就是所謂的“慶長大殉教”。這是日本最早的處死教徒的事件，從此便打開了日本信徒血流成河的閘門。
到了江戶時代初期，德川家康對這些外來宗教還是很寬大的，他雖然一直沒有廢除豐臣秀吉的禁教政策，但為了招攬南蠻商人以獲取貿易之利，德川家康睜一隻眼閉一隻眼，在事實上給予了傳教士很大的行動自由和活動空間。德川家康的眼光是長遠的，他知道有必要了解更為廣闊的世界，於是他聘請了位名叫亞當斯的英國船員為顧問，讓他長住日本，並賜予其250石的領地，還給他取了一個叫作“三浦按針”的日本名字。從三浦按針的口中，德川家康瞭解到南蠻國家不只有葡萄牙和西班牙，還有英國和荷蘭，他還終於搞清了基督教中是有新教、天主教等諸多不同派別的，但他顯然沒有興趣去區分這些宗教派別，他最感興趣的還是南蠻貿易。通過三浦按針的聯絡，英國商船與荷蘭商船也來到日本經商，德川家康允許這兩國的商船駛入日本的任何一個港口，他還主動寫信邀請菲律賓的西班牙殖民勢力來日本貿易，而且還恢復了與朝鮮的外交，他還嘗試與明朝建交，雖然未能成功，但是明制的商船還是能不斷地開往日本。由於德川家康的開明政策以及教會從中穿針引線，日本的對外貿易在德川初期達到了全盛。與此同時，教會的發展也興起來，到了公元1605年，日本的基督教徒已達到75萬人，長崎甚至被稱作“遠東的羅馬”。
三浦按針
基督教的發展速度遠遠超過了德川家康的預想，大量的信徒開始結成堅強的聯盟，教會還暗中將武器提供給信教的大名。在德川家康與豐臣秀賴明爭暗鬥之際，豐臣秀賴大力招攬信奉基督教的武土為其效力，並允諾奪取天下之後將會廢除禁教政策，全力支持基督徒的信教自由，所以許多信教的武士聚集到了豐臣秀賴的麾下，這給德川家康掃滅豐臣氏造成了巨大的障礙。也許是“大阪之陣”的苦戰刺激了德川家康，令他感受到了基督教勢力已經成為德川氏統治天下的巨大威脅，這是德川家康絕對不能容忍的，沒有任何一個統治者會為了貿易的利益而犧牲政權的穩定。當德川家康覺察到這一點以後，他立即採取行動，對基督教(包括天主教等其他教派)痛下殺手。公元1612年8月，德川家康下達了第一次全國禁教令命令摧毀教堂，逮捕信徒並強迫他們改宗。公元1614年1月德川家康又重新發布了《半天連追放令》，驅逐滯留日本的所有傳教士，將信奉基督教的大名高山右近等148人流放，拒絕改宗者全部被綁在十字架上施以火刑。
德川家康死後，後繼將軍對基教的迫害更是變本加厲。為了將基督徒趕盡殺絕，暮府開始實行“寺請證文”制度，即不分士農工商也不論男女老少，即便是剛出生的嬰兒都要到寺院去求得文書，以證明本人是佛教徒而非基督教徒。自公元1628年開始，幕府還發明瞭一種“踏繪”的辦法，即強令人民踐踏聖母瑪麗亞的聖像，以此測試其是否為基督徒。對於那些不肯改宗的信徒，則施以用竹鋸鋸頭等難以想象的酷刑。從公元1614年至公元1635年，大概有30萬基督信徒因拒絕改宗而慘遭殺害。人民的信仰如此堅定，也難怪統治者會心驚膽寒，寢食難安了。
公元1637年10月，在島原和天草島，忍無可忍的信徒和群眾發動了武裝暴動，包括婦女兒童在內共計37000民眾固守在島原南端臨海的一座廢城裡，城內樹起高大的十字架，城牆上懸掛起耶穌和聖母的畫像。幕府出動13萬大軍進剿，將城池團團圍住。城內的人民背水一戰，身後就是茫茫的大海，退無可退，只能頑強地與幕府軍周旋。幕府大軍一時難以破城，於是請求荷蘭軍艦從海上向城內炮轟。城內的人民大義凜然，寧死不屈，他們將紙條綁在弓箭上射向幕府大軍，痛斥幕府：“徒事攻城，多喪人命，豈非無用？如欲急攻，日本國內豈少武夫？爾乞求荷蘭人之助，成何體統？”
終究還是實力懸殊，寡不敵眾，在堅守了整整三個月之後，島原被幕府軍攻克。破城之日，幕府軍將城內的男女老幼，甚至連襁褓中的嬰兒盡皆趕盡殺絕，一個未留。這就是豺狼道，日本人稱之為武士道。當初為了獲取貿易之利引入外教，始作俑者的是統治者，而今慘絕人大肆屠殺信徒的還是統治者。統治者出爾反爾，心狠手辣，老百姓只能無辜受難，慘遭屠殺。
島原和天草島之亂
在禁教的同時，日本加緊了鎖國的步伐。自公元1633年至1636年，幕府連下四道鎖國令，主要內容為：所有日本船隻禁止出海離境；海外日本人歸國者一律處死；嚴禁基督教，發現傳教士立即速捕；南蠻人在日本所生之子女全部處死；除中國、荷蘭之商船可在長崎一地進行貿易外，其他諸國商船禁止來航等等。公元1644年，日本國內的最後一位耶穌會傳教土被逮捕並被處以極刑，標誌著日本徹底走入了禁教和鎖國的時代。
對於鎖國一事，學界歷來褒貶不一。有人說閉關鎖國有百害而無一利，尤其是阻隔了西方的先進文明，導致了近代以來民族危機：也有人說鎖國促成了日本國內的長期和平。形成了獨特的民族文化。值得強調的一點是，“鎖國”並非當時當世之概念，而是後世學者創造出來的名詞。在江戶時代初期，幕府禁絕基督教，斬斷貿易，只是為了抵禦外來的宗教勢力，維護國內的穩定，並沒有鎖國，日本還一直保持著與中國、荷蘭、朝鮮和琉球的貿易往來。若是站在江戶時代初期的立場來看，與中國、荷蘭、朝鮮、琉球的貿易也許比之於古代更為繁盛，況且禁教政策也確實保證了德川時代三百年的和平與繁榮。若是以現代的立場來看，閉關鎖國確實導致日本脫離了世界的先進文明，說其有百害而無一利也不為過，可誰又能有如此長遠的眼光，看到西洋的崛起和兩三百年後的民族危機，並因之做出對外開放的決策呢?
至於基督教在日本的傳播，其勢力擴張之迅速很是令人吃驚。比之於日本的落後原始與慘無人道，西方的基督教自然是先進的、人道的宗教。比如說日本人不覺得公然“間苗”(虐殺嬰兒)有何不妥，基督教傳教士告訴他們那樣做是有罪的，是不人道的，於是他們開展收養嬰兒的慈善事業，教導日本人要互相關愛，人人平等。在教會的集會上，傳教上為婦女和兒童準備好了座位，而男人們則是要站在後面的，這自然會給根深蒂固的男尊女卑思想造成不小的衝擊。在戰國時代的亂世裡，文明而人道的基督教很能感化人心，使那些善男信女們樂意將自己的生命和靈魂交給博愛和萬能的上帝。智慧與慈愛然能夠戰勝愚味和殘忍，所以基督教能夠很快地在日本生根發葉，開花結果。
日本的野蠻文明既為基督教提供了機會，也為基督教設置了阻礙，基督教與當時的日本社會是極難相容的。第一，基督教與日本盛行的佛教水火不容。戰國時代的日本佛教早就腐化墮落，寺院有如酒館娼僚，坐擁大量田產卻絲毫不顧人民死活，且僧侶們更是公然蓄養男寵，猥褻幼童，雞姦成風。基督教傳教士極為鄙視日本的佛教徒，曾嚴厲譴責寺院的骯髒醜行，這使得佛教勢力極力排擠基督教；第二，基督教與日本本土宗教神道教不能相容。神道教不過是由原始的自然崇拜衍生出來的一種泛靈論，據說有八百萬神之多，而基督教卻尊奉上帝為宇宙萬物唯一之主宰。在基督教的眼裡，神道教自然是荒誕無稽的，根本就算不上是宗教，二者的分歧太大，根沒有調和的餘地；第三，基督教與日本等級森嚴的統治秩序不能相容。基督教強調上帝面前人人平等，沒有高低貴賤之分，還規定對上帝的敬奉是超越於君主之上的，當君主違背上帝之時，即便是捨棄生命也要維護真理，這顯然會極大地削弱天皇和將軍的權威，撼動整個公家和武家的統治根基。在德川家康寫給西班牙駐印度總督的信中可以看出他對基督教教義的遣責:吾國乃神國也，尊神崇佛，始自日本肇國。佛即神，神即佛，兩者同一。固君臣忠義之道，堅守國家一統，乃吾日本向神誓忠及崇仰神佛之明證也。仁、義、禮、智、信之理，亦皆包含在神意之中，此乃與貴邦實為相殊異者也。”第四、基督教與日本民眾的生活習俗不能相容。最令傳教士無法忍受的是日本極為盛行的同性戀之風。根據基督教義，同性戀者違背了上帝創造亞當和夏娃的初衷，《聖經》明確記載:“男人與男人苟合，總要將他們死，罪孽定要歸在他們身上。”可同性卻被日本人廣泛認可，並且日本人不理解猥褻男童有何罪可言，因為男童沒有“處男膜”可以喪失。並且日本女人幾無貞操觀念，實乃萬世一系的水性楊花，不論婚前婚後，其性行為都極為隨便。這些根深蒂固的社會習俗都與基督教義難以融合，許多日本人在基督教禁止同性戀以及嚴格的一夫一妻制的要求下望而卻步了，基教與日本水土不服，終完還是難以在日本發揚光大。
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