八旗最初源於滿洲（女真）人的狩獵組織，是清代旗人的社會生活軍事組織形式，也是清代的根本制度。
女真人原始過著漁獵生活，以上山打獵，下河捕魚為生，結伴而行的狩獵活動因人數增多而需統一指揮，其指揮者稱為牛錄額真，這個多人集體即稱為牛錄。女真人在打獵過程中採取了以牛錄額真統領牛錄的組織形式，為便於統一指揮大規模的圍獵，需將若干個牛錄組成一個更大的單位，以旗幟為標誌作導引而不使方位錯亂。旗幟在滿語中稱為"固山"，因而這個高於牛錄的最大的單位即稱為固山，漢語稱"旗"。
所以此後這一形式被繼承下來，滿洲（女真）社會實行八旗制度，丁壯戰時皆兵，平時皆民，使其軍隊具有極強的戰鬥力。
1584年，出身建州左衛的努爾哈赤興兵，起初以黑旗為幟，5年後，隨著建州三衛的統一，統治人丁也不斷增多，努爾哈赤另設紅旗軍親領，將黑旗軍交由親弟弟舒爾哈齊指揮。
隨著對建州女真的統一，人口進一步增多，努爾哈赤對牛錄組織首次進行大規模改造與重建，參照金代女真人的猛安謀剋制，規定300人為一牛錄，5牛錄為一甲喇，5甲喇為一固山，分別以牛錄額真、甲喇額真、固山額真為首領，即參領，佐領，旗主，改編後的牛錄被分別隸屬於黃、白、紅、藍四旗，以純色為辨。
明萬曆四十三年（1615年），建州已經吞併除葉赫之外的所有女真部落，而且蒙古也多有歸附。麾下牛錄已有百倍於起兵之初的規模，努爾哈赤的軍隊已不下五六萬人。因此，努爾哈赤於該年將紅白黑三旗及所領牛錄析設為八個旗：原紅旗分為正黃、鑲黃二旗；原白旗旗主褚英因罪被誅，所以他的白旗分為正白、鑲白、正藍三旗；舒爾哈齊的黑旗在舒爾哈齊被幽禁致死後被分為正紅、鑲紅、鑲藍三旗。正四旗旗幟為純色四方形，龍首朝後；鑲四旗旗幟為五邊形，黃、白、藍三旗鑲紅邊，紅旗鑲白邊，龍首朝前。
當時各旗的旗主分別是：正黃旗主和鑲黃旗主努爾哈赤、正紅旗主和鑲紅旗主代善、正白旗主皇太極、鑲白旗主杜度（褚英的長子）、正藍旗主莽古爾泰、鑲藍旗主阿敏。
在努爾哈赤生前，曾將自己親掌的正黃旗45個牛錄，分別分給多爾袞三兄弟，並規定阿濟格，多鐸分別為正黃，鑲黃旗主，剩餘的鑲黃旗為自己的親軍，並表示將來自己死後全部留給多鐸，所以一直以來鑲黃旗一直據八旗首位，同時努爾哈赤還表示另賜一旗給多爾袞，將杜度從鑲白旗調往正紅旗，但還沒來得及任命，便因傷勢發作去世，皇太極繼承汗位之後，奪取杜度的原鑲白旗，交由長子豪格擔任，多爾袞只能帶著自己的15個牛錄依附阿濟格。
滿洲以黃為尊，為名正言順，鞏固權力，凸顯大汗威嚴，將多鐸、阿濟格二人統領的正黃、鑲黃二旗改色為正白旗與鑲白旗，而將自己親領的原正白旗改色為正黃旗，鑲白旗改色為鑲黃旗。皇太極首先在每旗仍設管理旗務大臣一名，也即固山額真，職責是"總理一切事務"。分散了主旗貝勒的權力，降低了他們的自主性。
皇太極繼位初期，礙於自身實力，被迫實行四大貝勒共同南面而坐的制度，但這顯然是皇太極不能容忍的，四年後，在皇太極的設計下，阿敏獲罪 ，被罷官幽禁後，鑲藍旗由皇太極的玩伴，心腹，阿敏的弟弟濟爾哈朗掌管。
天聰六年（1632年），皇太極取消了四大貝勒並坐的儀式，改為由皇太極一人"南面獨坐"，正式凸顯出大汗威嚴，提高了皇太極的地位。
清皇太極天聰九年（1635年），正藍旗主莽古爾泰生前意圖謀反事敗遭誅，皇太極藉此對自己的姐姐莽古濟處以極刑，誅連正藍旗1000人，一時間盛京城中慘叫聲不絕於耳，皇太極廢除正藍旗不久又恢復，，皇太極將其與自己親領的正黃旗混編重組，成為新的正黃旗和鑲黃旗，並從中分出8個牛錄給予豪格統領的原鑲黃旗，又再次將其改色為正藍旗。
清順治五年（1648年），豪格因1643年的繼位之爭被攝政王多爾袞陷害下獄暴亡，正藍旗又為多爾袞所得，多爾袞將其與自己統領的正白旗混編重組，成為新的正白旗和鑲白旗，將胞弟多鐸統領的原鑲白旗改色為正藍旗。此後八旗旗色再未變化。
八旗旗主的每一次變遷，都意味著鬥爭和死亡。
