研究院所是獨立於教育部和高校系統之外、以科研工作為業務核心的各級、各類研究機構。獨立研究院所有很多種，其中實力最強、名氣最大、分佈最廣、數量最集中的是直屬國務院的中科院、社科院兩大科研系統中的各類研究所和研究中心。兩大系統下屬的各類研究機構遍佈全國各地，幾乎所有省份都設有其直屬的研究機構，是國家的“思想庫”和“智囊團”，為國家培養源源不斷的研究型後備軍團也是它們的重要任務之一。
另一種獨立研究院所是直屬國家各部委的，主要是為本部委和所屬行業提供科研成果，同時也利用自身成熟而豐富的科研資源為本行業培養研究人才，其中直屬衛生部的中國醫學科學院比較特別，它是我國唯一的國家級醫科學術中心和綜合性醫學科研機構，與中國協和醫科大學實行院校合一的管理體制，醫科院為協和醫大提供雄厚的師資和技術力量，協和醫大為醫科院培養高層次的人才，兩者相互依託，優勢互補，這樣教研相長的的管理模式在我國也是獨一無二的。
還有一種是直屬各省市相關單位的研究機構，它們的級別低一些，規模小一些，但是研究方向更靈活、更有針對性，地域性也更強。它們在向所屬省市政府和相關單位提供科研成果的同時，也為各自領域培養後續的研究力量。
此外，有些同樣以科研為主、不招收本科生的研究院所或研究中心是設在高校內部的，它們歸屬於高校，並沒有完全的獨立性，但具有許多與獨立院所相似的性質和特點，如清華大學核能與新能源技術研究院、山東大學文史哲研究院等。
有些獨立研究院所還有聯合招生的情況。出於共享人才資源以形成更廣闊的學術視野的原因，或實力不足以單獨招生、授課，或其中某些專業方向還沒有單獨招生資格等原因，一些研究院所根據自身情況，與其他相關領域的培養單位(如本地高校的相關院系等)合作，聯合招收、培養研究生。
