昨天发的内容：新冠疫情下，再来看猪的冠状病毒 ，里面有讲到在猪身上目前发现有6种冠状病毒。
猪身上已发现的6种冠状病毒
所有已知的猪冠状病毒都属于冠状病毒亚科的α、β和δ冠状病毒属。
胃肠道、呼吸系统、外周神经和中枢神经系统的影响通常可见。
共发现6种猪冠状病毒：
（1）1946年首次定义的传染性胃肠炎病毒（TGEV）；
（2）1984年分离的猪呼吸道冠状病毒（PRCV），TGEV的突变体，1984年分离；
（3）1977年分离的猪流行性腹泻病毒（PEDV）；
（4）1962年分离的猪血凝性脑脊髓炎病毒（PHEV）；
（5）2012年描述的猪delta冠状病毒（PDCoV）。
（6）2017年广州发现的仔猪急性腹泻综合症
前两种病毒，TGEV和PRCV，与猫和狗冠状病毒密切相关的属于α冠状病毒，
PEDV和人冠状病毒（229E和NL63）在α冠状病毒属中形成不同分支。
PHEV和PDCoV分别隶属于β冠状病毒属和δ冠状病毒属。
PDCoV与亚洲豹猫和中国雪貂獾的δ冠状病毒有密切关系。
PRCV主要诱发猪的亚临床感染，而肠道致病性猪α冠状病毒（TGEV、PEDV、SeCoV、猪肠道α冠状病毒）和PDCoV则与不同严重程度的肠道疾病有关，其严重程度取决于动物年龄和免疫状态。
每种猪冠状病毒都只有一种血清型。
猪冠状病毒α、β和δ冠状病毒属的系统发育树。闭合的圆圈表示潜在的非猪冠状病毒祖先
据报道，f cr，最近在欧洲发现并描述了一种致病性重组TGEV/PEDV变种（猪肠道冠状病毒，SeCoV）。
在TGEV主干上含有PEDV S蛋白的SeCoV临床上导致的疾病和TGEV和PEDV导致的类似（表1）。此外，2017年在中国南部发现了一种与哺乳仔猪严重腹泻病相关的新型bat-HKU2样猪冠状病毒[猪肠道α冠状病毒（PEAV），GDS04株]（表1）。然而，其流行率和对猪宿主的适应状况尚不清楚。
猪肠道冠状病毒病机比较
目前，PHEV是唯一一种猪β冠状病毒，在世界范围内流行。
在缺乏母源抗体的新生仔猪（通常是从无感染的猪群购买的）中，PHEV引起脑脊髓炎或以呕吐和消瘦为特征的疾病。
一般来说，母源免疫VV保护吃初乳仔猪长达15周，而在3-4周龄的猪和成年猪中，感染主要主要呈现亚临床的。
因此，很少有人认为它具有经济重要性。
然而，最近一份关于美国成年展览猪出现不常见的呼吸道（流感样）症状和PHEV发病率增加的报告可能表明潜在的倾向性转变，可能导致其流行病学发生重大变化。
为了明确这一复杂的流行病学位置，需要持续监测和发展最先进的快速可靠的工具和技术，以确认和提供明确的鉴别诊断。
冠状病毒为有包膜的多形病毒，直径60-160纳米。
猪冠状病毒游离的单链，聚腺苷，大基因组RNA（25-30kDa）的正链极性核酸是具有传染性的。
基因组图谱、复制策略以及蛋白质表达与其他人和动物冠状病毒相匹配。
大多数猪冠状病毒有四种基本的结构蛋白：一种大的表面糖蛋白（S，形成被定义为冠状病毒的纤突冠状蛋白）；一种小的膜蛋白（E）；一种完整的膜糖蛋白（M）；和一种核衣壳蛋白（N）。
然而，PHEV含有一种血凝素酯酶（HE）蛋白，形成第二层较短的表面穗状花序。TGEV、PEDV和PDCoV还转录由开放阅读框（ORF）3（TGEV和PEDV）、ORF6（PDCoV）和ORF7（TGEV和PDCoV）编码的1-2个辅助蛋白。其全基因组组织为5′UTR-ORF1ab、S、ORF3、E、M、ORF6、N和ORF7-3′UTR。
TGEV和PRCV的核苷酸和氨基酸序列的整体相似性为96-98%，表明PRCV是由TGEV进化而来的。PRCV基因组的两个特征可能解释了其组织取向的改变，包括暴发S基因N-末端缺失（621-681nt）导致S蛋白大小减少和ORF3的可变序列改变。
虽然没有证据表明存在不同的PEDV血清型，从遗传学上讲，PEDV株分为两类：（1）经典株（来自欧亚大陆的与原型CV777株基因相似的株）和（2）新兴的PEDV株。
所有经典的PEDV毒株都含有spike基因（SINDEL）中的插入和缺失，而这些插入和缺失在大多数高致病性的新型PEDV毒株中并不存在。因此，这些最初于2010年在中国出现并传播到美国、欧洲和其他亚洲地区的高毒力毒株被称为新兴的非SINDEL-PEDV毒株。
这两大类PEDV之间的重组体在其S基因中含有一组与经典毒株相同的缺失插入。它们被称为SINDEL株，在亚洲、欧洲和美国流通。
此外，一些报道描述了在S蛋白的N-末端结构域（NTD）中有大量缺失（194-216AA）并被指定为SNTDdel型PEDV的其他不常见的PEDV变体。不同于从肠道TGEV到呼吸性PRCV的组织嗜性改变，这些（SINDEL和S1NTF已被报道为缺失毒株）PEDV毒株保持其肠道偏好，但具有较低的毒力。
猪肠道冠状病毒（TGEV、PEDV和PDCoV）具有高度的传染性，与腹泻和呕吐等严重疾病有关，并增加了仔猪的死亡率（通常为100%）。
它们可在养猪国引起零星暴发（地方性）或大规模流行病。
到目前为止，在不同的地理区域，还没有针对任何猪肠道冠状病毒的特殊治疗方法。
在本章中，我们回顾了家猪和野猪中继续进化的冠状病毒引起的疾病，以及另一个可能的宿主（鸟类或蝙蝠物种）或包括食肉动物在内的第二宿主，或通过种间传播、重组和产生缺失逃逸变体。
我们还回顾了PRCV已失去其肠道倾向性，但能够诱导对TGEV的保护性免疫反应，从而改变其全球流行病学。
猪肠道冠状病毒的不同进化阶段
本文译自：
VLASOVA,A.N.,etal.PorcineCoronaviruses.In:EmergingandTransboundaryAnimalViruses.Springer,Singapore,2020.p.79-110.
