唐太宗于贞观十七年(公元643年)开始图画凌烟阁,当时秦琼已经去世五年。如果李世民不待见秦琼的话,秦琼可能连上凌烟阁的机会都没有。可见,虽然事隔多年,但李世民一直惦念着秦琼。要知道,大唐凌烟阁代表的是一种无上荣耀,无数人尽其一生都无法得到。所以说,只有二十四个位置的阁楼留有秦琼的一席之地,实属不易。
功臣榜的设置,固然是要基于功劳的大小,恰如古人所讲的论功行赏。不过,这种皇家荣誉也势必会掺杂有政治因素的影响。秦琼的年纪,在唐王朝的武将中是比较大的,在政治稳定以后,他已经逐渐退居二线,影响力不及一些武力正盛的人物。至少,当时秦琼是不及尉迟恭的。
排名第一的就是长孙无忌,因为他当时的官职是位列三公的“司徒”,官最大,所以排第一。排第二的李孝恭,第三的杜如晦,第四的魏征,是因为他们在贞观十七年之前就去世了,所以“赠官”都是三公的“司空”,并不见得他们的功劳就比排第七的尉迟恭、第八的李靖高。
李世民与李建成争谪,曾邀秦琼参加,但秦琼态度暖昧。尉迟恭积极帮助李世民夺谪,在玄武门之变中,尉迟恭射杀李建成的同党齐王李元吉。李世民为了感谢尉迟恭,曾打算将公主嫁给他。