甲马营村现为甲马营镇政府驻地，西靠卫运河。村旧址原在镇驻地以北。一九七二年,为了不影响次年进行的卫运河拓宽取直计划，村庄南迁三百米，于镇政府驻地南侧重建新村。甲马营村的历史可以追溯到一千多年前，隋唐大运河时期和京杭大运河时期，它都是重要码头。相传，宋太祖曾在此巡视兵营，这些都使这座千年古镇充满了神秘色彩。
明朝，朝廷为了进一步发挥运河的漕运作用，在甲马营建起了水驿、漕运所、巡检司，清朝雍正年间，又在甲马营建造了墩台，武城县境内的运河岸上共建造了六处墩台。每处墩台拨兵五名，配备枪支五支，以保护运河漕运的安全。据史料记载，康熙六次下江南，乾隆六次下江南，都是路经此地。当时，甲马营村北有一处大桃园，三月桃花盛开之时，好多游客前来观景游玩。当时的武城县有八大美景，甲马营的“桃园春色”即是其中之一。
民国以前，甲马营镇有好多寺庙，如：大王庙、娘娘庙、观音庙、关公庙、一山庙。镇上每年立有两会，一是二月会，一是十月会。每到会期，就搭台唱大戏，还有说书的、演杂技的。沿河两岸，方圆百里赶会的人成群结队，纷至沓来。甲马营村里横竖三条街上有三、四十家特色小吃，吃熏蒸烧烤肉食找张家，吃大馅肉饼找常家，吃细丝焖饼找李家，吃喝有馆，住宿有店。甲马营镇优越的地理位置和经济环境，吸引了好多商户来此经商，山西的大富商王明就在甲马营开了大染坊，并建起了“山西会馆”。农历“一、六”是甲马营的传统集日，方圆十里远近的人们都到这里来赶集。这些都给甲马营带来了经济的繁荣和文化的积淀。
运河给甲马营带来了富裕，但在解放以前，由于社会生产力低下、吏治腐败等原因，河道失修、水灾旱灾也给当地民众带来了深重的灾难。据武城县水文资料记载：从一八四零年至清末的七十一年间有二十五年发生洪灾，其中一年决口两次的有四个年份，同时多处决口的年份有两个。民国时期三十八年间，运河发生洪灾的年份就有二十一年。其中一九一七年和一九一八年，甲马营镇的西沙河东淹地分别为七十二万亩和四十万亩；一九二三年到一九二六年武城县均遭洪灾，其中一九二三年七月祝官屯处决口，淹村七十九个，淹地二十点七万亩，西沙河东淹恩县洼，八月夏津又决口，水淹武城县的老城、杨庄、祝官屯三乡镇及恩县洼。
一九三七年至一九三九年武城县连续三年遭遇洪水。其中一九三七年闹水灾，全村千亩良田也全被淹，庄稼颗粒不收，村民大都是“冬无御寒衣，家无隔夜粮。”一九四一年至一九四二年，当地又遭遇历史罕见的特大干旱，庄稼全部枯死，人们把草根、树皮挖尽剥光，用以充饥。草挖尽了，树皮剥光了，只好背井离乡，逃往东北。当时，甲马营村有七百零一口人，死的死，逃的逃，最后只剩下了300余人。一九四三年至一九四四年运河又连续决口，淹地毁庄，历经苦难的人们挣扎在死亡线上。
除了水旱灾荒，战乱也多次殃及甲马营。金灭北宋，当地人沦为亡国奴；元灭南宋，当地人被奴役；明朝前期，燕王朱棣与其侄争夺皇位，双方军队形成拉锯战，当地居民被杀戮殆尽，十室九空
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