一項最大的臨床研究揭示了克羅恩病(小腸的一種週期性炎症)的新致病機制，該研究涉及668兒童，表明克羅恩病患者的腸道有益細菌的數量減少，而潛在的有害細菌的數量在增加。這項研究可能有助於開發新的微創診斷測試，同時它也表明，抗生素，這是不推薦給克羅恩病患者，首先它會導致患者表現為萎靡不振的症狀，然後可能會使病情加重。
克羅恩病是兩個主要的炎症性腸道疾病(的IBD)的一種，另一種是潰瘍性結腸炎，類似的情況隻影響結腸。自20世紀50年代初這兩種疾病的致病率在發展中國家一直向上升，現在，估計美國有140萬人患有IBD，症狀包括腹瀉，腹部疼痛和抽筋，及腸道潰瘍。
遺傳研究發現幾種或導致IBD發生的相關基因，它們大多參與機體的免疫反應。但僅靠基因是無法解釋IBD的發病率大幅度上升，並且科學家們觀察周圍環境，特別是飲食和抗生素的使用，以尋找出答案。
一些研究表明，克羅恩病可能是微生物生態失調導致，即腸道微生物的群落結構發生改變，但這依然很難解開因果關係：在腸道菌群的變化可以引起炎症，但反過來也可能發生。更為複雜的是，被診斷為克羅恩病之前，患者常服用抗生素抵禦一個所謂的腸道感染，而這個也會對住在我們腸道的微生物造成強大沖擊，這可能會造成另一種的症狀。
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