通常說的茶葉“發酵”並不是一個準確的術語。生物學上的發酵是通過微生物的生長把食物中的一些成分轉化為其他成分，比如酸菜的發酵把碳水化合物轉為乳酸和醋酸，釀酒的發酵把碳水化合物轉化為酒精，醬油的發酵把蛋白質水解等等。而在茶葉的加工中，黃茶、烏龍茶、白茶和紅茶發生的特徵變化都不需要微生物的參與。它們的反應一是茶多酚的不同程度氧化（比如所謂的烏龍茶“半發酵”和紅茶“全發酵”），以及茶鮮葉本身的酶導致的反應，比如白茶的萎凋。有一些茶會有焙火和提香等工藝，過程中發生美拉德反應和焦糖化反應，也跟微生物無關。
在這些過程中，反應產物、酶反應後的產物，以及非酶反應的產物，都沒有發現存在“影響人體健康”的成分。
真正存在生物學上的“發酵”過程的只有黑茶，包括安化黑茶、雅安藏茶以及雲南普洱茶等等。在這些茶的製作工藝中，會有自然發酵的步驟，也就是讓自然存在的微生物在其中生長。黑茶製作完畢之後，會保留比較高的水分（一般水含量在12%左右）。在這樣的水含量下，微生物還能有一定的生長能力。也就是說，黑茶在存放中也還會緩慢發酵。
公眾對茶葉發酵的疑慮在於發酵過程中是否會產生毒素，尤其是黃麴黴毒素。基於人們對普洱茶發酵的研究，茶葉的原料以及發酵條件並不適合黃麴黴毒素的生長和產生毒素。從現在報道過的普洱茶發酵研究以及檢測結果來看，可以這麼認為：規範發酵的普洱茶不會產生黃麴黴等有害物質，但是在存放過程中，有一些普洱茶的存儲環境不好（比如“溼倉普洱”是故意選取潮溼的環境），有可能被環境中的黴菌或者黴菌毒素所汙染。後者其實是各種食物存儲都可能發生的現象，其實跟茶葉的發酵無關。
關於茶葉發酵的另一個極端，是認為發酵產生了許多“營養物質”或者“生物活性物質”，所以產生了各種功效。發酵確實可以產生一些產業中本來沒有的物質，但它們對於人體健康是否有價值，需要臨床試驗的驗證，不能僅僅依靠理論“推測”或者細胞實驗、動物試驗來“演繹”。目前能看到許多各種具體的茶具有“XX功效”的研究論文，報道了許多“功效實驗”。不過，這些論文基本上只能用於營銷文案中，要作為科學證據來分析的話，是遠遠不足以證明“結論”的。
簡而言之，茶是一類很健康的飲料。不同的工藝，不同的茶類，對茶的影響主要是風味和口感上的。至於傳說中不同茶的不同功效，只能作為喝茶時的談資，大家也就不要當真了。選擇自己喜歡喝的茶就好，不要為了所謂的“XX功效”去喝自己不喜歡喝的茶。
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