微生物和人類息息相關，微生物佔據了人體1-3%的重量，微生物總數可以達到3×10^13。人體內的微生物對人體的新陳代謝以及免疫健康起著重要作用，此外微生物和許多疾病相關，例如糖尿病和HIV。人們在日常生活中，身體和環境中的微生物接觸，數以百記的微生物種類和微生物細胞存在身體的各個部位。正常微生物菌群已經和人體形成共生關係，他們通過產生有益營養物質和抑制有害微生物生長來維持人體的健康，同樣，人體也為微生物的生長提供了有利條件，人體的第一批微生物是來自於母體中。以下是常規人體各部位含有的微生物情況。
皮膚表面的微生物
皮膚是人體最大的器官，皮膚表面有很多種微生物，大多數無害的，部分對人體有益。由於經常和環境接觸，皮膚上的微生物種類經常變化，但是也有些地方的微生物是相對固定的（口腔，鼻腔，會陰部位）。
皮膚主要的常駐微生物是：表皮葡萄球菌，金黃色葡萄球菌（小數目），微球菌種、α-溶血性和非溶血性鏈球菌（例如，鏈黴菌屬）、棒狀桿菌物種、丙酸桿菌屬物種、消化鏈球菌屬物種、不動桿菌屬物種、少量其他生物體（念珠菌屬物種，綠膿假單胞菌等）。
正常的口腔和上呼吸道微生物
鼻腔菌群由突出的棒狀桿菌，葡萄球菌（表皮葡萄球菌，金黃色葡萄球菌）和鏈球菌組成。口腔中有弱鹼性唾液，食物殘渣及適宜溫度，是微生物生長繁殖的有利場所。常見的微生物有：凝固酶陰性葡萄球菌，草綠色鏈球菌，類白喉桿菌，奈瑟氏菌屬，乳酸桿菌，梭形桿菌，擬桿菌，放線菌，螺旋體，真菌等。放線菌屬物種通常存在於扁桃體組織和成人牙齦中。上呼吸道的主要生物體，特別是咽部，是非溶血性和α-溶血性鏈球菌和奈瑟球菌。還會遇到葡萄球菌，類白喉，血友病，肺炎球菌，支原體和前伏電弧菌。
腸道正常菌群
胃液pH在3以下，因此正常人空胃一般是無菌的。從十二指腸開始，因有胰液和膽汁的存在，呈弱鹼性，是微生物繁殖的良好條件，在小腸分泌物中，由於有溶菌酶存在，因而微生物的種類和數量很少。大腸中由於各種條件合適，微生物特別多，糞便中微生物的數量可達幹糞重量的三分之一。最近研究證明，在成人的正常結腸中，寄居菌群的96—99％由厭氧菌和1—4％需氧菌組成。在正常糞便菌群中，經常有100種以上的不同類型微生物。隨著食物的改變，可使腸道中的菌群發生改變，如多吃糖類的人，則腸道中乳酸桿菌的數量增多。物質通過人的胃腸道所需時間約為24小時，細菌在腸道中的生長速度是每天增加1—2倍。
尿道正常菌群
在人類的前尿道中，經常發現表皮葡萄球菌、腸球菌和白喉，有時報道大腸桿菌、變形桿菌和Neisseria（非致病性種）（10～30%）。
陰道正常微生物群
陰道可有大腸桿菌、葡萄球菌、陰道桿菌、乳酸桿菌、擬桿菌、雙岐桿菌、白色念珠菌、支原體等。女性青春期前後和絕經前後，微生物菌群稍有變動。女性尿道外部與外陰部的細菌相似，有葡萄球菌，糞腸球菌，大腸桿菌，變形桿菌，乳酸桿菌，真菌等。
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