就歷史來看，忽必烈的遠征日本絕對算是一個意外，在他從高麗人趙彝口中得知了日本的存在後，他才開始對日本產生興趣。毫無疑問的，忽必烈除了蒙古帝國的大國思想外，他還是蒙古人一貫對外政策的擁護者，也就是成吉思汗的遺志，那句"讓藍天之下都成為蒙古人的牧場。"
可以想見的，在開始的時候，至少從獲得的情報來看，忽必烈並沒有重視日本，他認為像日本那樣的小國，如漢唐時一樣，接到大蒙古帝國的詔書後，肯定樂顛樂顛的跑來朝貢。這點可以從忽必烈給日本的國書中看出端倪。
忽必烈在給日本的國書中，無處不顯出了一個大國的優越感，處處言日本"小國之君無一乘之使"，更以高麗的歸附做榜樣"義雖君臣，歡若父子"，國書的最後還"以至用兵，王其圖之。不宣。"在忽必烈看來，這樣"友好"的措詞已是給足了日本小國的面子，作為大蒙古帝國的皇帝，能認爾小國為兒子，已經是你小日本的榮幸了。當然，如果你不領好意，那就別怪我"用兵不宣"了。
這樣的國書自然引起了日本的重視，日本的公卿們整整開了六天的會議。不過因為閉關鎖國的緣故，日本並不瞭解蒙古的情況，要不最後的結果可能會和歷史的不一樣。當時幕府執權的北條家，是新任家主的北條時宗，剛滿18歲的北條時宗正是年輕氣盛的年紀，在不瞭解蒙古的情況下，自然不會被忽必烈唬住，很快就作出了決定：蒙古國書無禮，不予理睬。
日本在作出對蒙古的態度後，還是加緊了軍備的準備，畢竟從高麗使者那裡，對蒙古的情況還是瞭解了一二的。這時，忽必烈那邊卻是有點不耐煩了，本來"友好"的外交就不是蒙古一貫的對外政策，並且還是在付出了"友好"後，卻遲遲得不到回應。於是忽必烈就開始著手對日本的攻擊了。
忽必烈命令高麗"備兵一萬，造船一千"，不過不知道是不是面子上過不去，期間忽必烈還三番兩次的派出使者出使日本，在日本人的"既然做了初一，不妨把十五也做了"的心態下，自然是毫無結果。隨著南宋重鎮襄陽被元軍攻破，高麗境內的"三別抄"叛亂勢力又被清剿一空，攻擊日本的時機終於到了。
忽必烈的第一次遠征日本是在1273年10月3日，遠征軍一共有3萬2千300人，戰艦900艘，軍隊大半是漢人和高麗人，蒙古人只佔了少數。可以看出來忽必烈對日本真的不太重視，又或者是他覺得對付日本一個小小的島國，這樣的兵力已經足夠了。
不出意料，元軍開始的戰況非常順利，十幾天後就攻上了日本的九州，在面對日本聚集的十餘萬大軍時，元軍仍然佔盡了上風。就當時的情況來看，日軍傳統的會戰模式比元軍的集團作戰落後不少，"一騎討"的戰法讓日軍在元軍的炮火和亂箭的射擊下死傷慘重。日軍很快就被元軍逼退向九州的腹地。
戰況後來出現了一些意外，副帥劉復亨的受傷加上天色地形的阻礙，讓元軍的推進非常艱難，最後只好退回了船上修整。卻沒想到當晚就遇上了颱風，"會夜大風雨，戰艦觸嚴崖，多敗……軍不還者，無慮一萬三千五百餘人"，颱風讓元軍損失過半，士氣低落到極點，加上補給也已經不足，元軍第一次的遠征就這樣結束了。
這裡要說一下日本，在對上元軍時日本也遠遠沒想到會如此的艱難，如果不是因為颱風，結果是怎樣估計日本也是心中沒底，勝利後自然是欣喜若狂，而在一些民間的迷信教派下，特別是在日本有些影響的神道教的宣揚下，"神風"的迷信就漸漸流行了起來。
當然，雖然元軍撤退了，但也沒誰天真的想到元軍不會再來，在加強各種軍備的情況下，北條時宗還組織了民眾，沿著博多灣的海岸，修築了一條長達20公里的石牆，這就是日本稱為"元寇防壘"的防禦措施。
第一次遠征的失敗讓忽必烈惱羞成怒，對於如日中天的大蒙古帝國來說，這是無法容忍的。但是更令人奇怪的是，忽必烈還是繼續派出了使者出使日本，這是基於什麼心理實在難以猜測，有人認為是忽必烈覺得日本應該被打怕了，所以能輕易的馴服來上國朝貢。
不過更大的可能應該是一種強迫心理，忽必烈估計想在出使外交上先拿回一點面子，然後再狠狠的打。日本的表現讓忽必烈完全失去了容忍的底線，日本竟然接連兩次殺了蒙元的使者。第二次徵日就順理成章的發生了。
1281年春，比第一次更大規模的遠征軍分兩路出發，這次忽必烈可是下了狠心。從浙江慶元出發的元軍由范文虎率領，范文虎是南宋降將，卻被忽必烈賦予重任，這點也是讓人奇怪，慶元軍統十餘萬的江南屯田兵，戰艦3500艘。從朝鮮出發的是忻都統帥的四萬作戰部隊，戰艦900艘。兩路軍六月中在日本近海會合，登陸時卻發現因為日本"元寇防壘"的阻礙，在沿岸竟找不到一個安全的登陸地點。
第二次遠征的失敗彷彿早有預定，元軍艱難的登上九州後，就不斷的被日軍騷擾侵襲，因為有過了一次交戰，日軍對元軍的戰術都有了瞭解，也作出了相應的應付手段。戰鬥持續了一個多月，元軍卻還是被抗拒在那"元寇防壘"之外，隨著傷亡的增加和將領的死亡，元軍又被逼退回了船上修整。
大概真是天意，當晚又是颱風肆虐，持續了四天的風暴讓元軍完全沒有了脾氣，戰艦再次損毀大半，士氣低落，剩下的士兵被日軍包圍在了狹窄的海角。此役日軍俘虜了數萬的元軍，戰後日軍將俘虜中的蒙古人，色目人，女真人，高麗人全部處死，南方漢人卻變成奴隸被日本人奴役，回到中國的元軍不足出發時的十分之一，可謂悽慘無比。
第二次失敗後忽必烈還想發動第三次徵日，不過因為惹起民憤而停下了。從成吉思汗開始，遠征日本可算是蒙古人最失敗的戰役，不知道忽必烈是否因此受到了詛咒，此後他的征伐就一直不順，後來的徵安南，佔國都是以失敗告終，最後鬱郁病逝。
後世很多人都在反覆探討忽必烈遠征日本的失敗原因，大多數的意見都認為是戰艦的問題，因為蒙元的壓迫，所以造船的高麗工匠，故意造出了質量低劣的船隻，導致了元軍遠征的失敗。
但不能不說日軍的幸運，兩次颱風都在恰好的時候發生，這也讓日本朝野開始了"神風"膜拜，"神風"迷信甚至成了日本武士道的精神信仰，真可謂是達到了登峰造極。所以有了後來的"神風特攻隊"的出現，這個臭名昭著的名字，成為了日本軍國主義反人類思想的骯髒的代表。
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